New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2772500 = | 50 (0.790) | 3 (0.050) | 3/258 | NT | 5.8% | coding (316/906 nt) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2772541 = | 49 (0.800) | coding (275/906 nt) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
CCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATGAGGCTGGGTTCGTAAATCTGTGGGCTGCTGGC > NC_002947/2772398‑2772686 | gcccagggcagcaagctggcacgcctggggccgcgtaccctggagtacggtgcagggcattacctggtgcaggcgttgtcggtgccgttcatgtgtgaaaccttTGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAgg > 2:308450‑M1/105‑149 (MQ=255) cAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGttt < 4:342611/149‑1 (MQ=255) cAGTGCCGCAGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGAGGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGttt < 7:345644/149‑1 (MQ=255) cAGTGCCGCAGAGGTCATCGATTGAGTTGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTTCCAAGCCCATGCTC‑TGGACCAACTCGCCCATCACGCCACGGTCGATGCCAACCGCCACGCGCAACAGCGGCGCCTCTCGGGTGGCaaattttt < 8:172023/149‑6 (MQ=255) ccagggcagcaagctggcacgcctggggccgcgtaccctggagtacggtgcagggcattacctggtgcaggcgttgtcggtgccgttcatgtgtgaaaccttTGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGtt > 4:184346‑M1/103‑149 (MQ=255) aGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCAGCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTc < 5:384222/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTcac < 3:380793/149‑1 (MQ=255) cgccgAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTcacaca > 6:209209/1‑149 (MQ=255) gccgAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACAt > 6:162116/1‑149 (MQ=255) gccgAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACAt < 5:162116/149‑1 (MQ=255) cgAGGTCATCGAGGGCGTCGCGTGCTCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGACAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCCCCCAGCACGCCACGTGCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGa < 8:349027/149‑1 (MQ=255) aGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAAc < 3:184760/149‑1 (MQ=255) ggTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCCCACATGAACg > 7:262952/1‑149 (MQ=255) tCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACAAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACgg > 1:35450/1‑149 (MQ=255) aTCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCGTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAAGGGCa > 1:102704/1‑149 (MQ=255) aTCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCa < 3:340242/148‑1 (MQ=255) aTCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCa < 7:23723/148‑1 (MQ=255) aTCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCAc < 6:313148/149‑1 (MQ=255) gCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACaa < 3:141837/148‑1 (MQ=255) ccTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAgg > 3:308735/1‑149 (MQ=255) cACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGGGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTaa < 5:95854/148‑1 (MQ=255) aCTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCTTGCACCAGGTAATg < 1:347916/149‑1 (MQ=255) tt‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCCCACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGcc > 1:132736/1‑149 (MQ=255) cGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCa < 5:209209/149‑1 (MQ=255) gTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTAc > 4:231898/1‑149 (MQ=255) aaGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAg < 4:14590/149‑1 (MQ=255) aGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAgg < 2:164597/149‑1 (MQ=255) tGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTAcgc < 8:27351/149‑1 (MQ=255) cACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGcc < 2:132736/146‑1 (MQ=255) ccAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAgg > 6:397397/1‑149 (MQ=255) aCTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGt > 6:220688/1‑149 (MQ=255) cTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGCGTACGCGGCCCCAGGCGTg > 3:213602/1‑149 (MQ=255) accACGCCACGGTCGATGCCCAGCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACAGATGAACGGCAGCGACTACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTTCTCCGTACTCCAGGGTACGCGTCGCCAGGCGTGGCAGCtt < 6:12613/147‑1 (MQ=255) ccACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGcc > 3:208522/1‑149 (MQ=255) cACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGccc < 5:118855/149‑1 (MQ=255) cACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGccc > 6:7521/1‑149 (MQ=255) cACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATACCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGccc > 5:395833/1‑149 (MQ=255) aacctttgccacccgcgaggcgccgctgttgggcgtggcggtgggcaAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTgg > 4:184346‑M2/48‑149 (MQ=255) cctttgccacccgcgaggcgccgctgttgggcgtggcggtgggcaAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGc > 2:308450‑M2/46‑149 (MQ=255) gATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCa < 4:308735/149‑1 (MQ=255) gATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCa > 8:296217/1‑149 (MQ=255) aTGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCAc > 5:378536/1‑149 (MQ=255) cgcACCGCCACGCCCACCAGCGGCGGCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATTAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGTGTACGCGGCCCCAGTCGTTCCAGCTTGCTGCCCTTGGCCACGa < 2:116217/146‑1 (MQ=255) ccacccgcgaggcgccgctgttgggcgtggcggtgggcaAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGa < 1:308450‑M2/109‑1 (MQ=255) CCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACGGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCAGCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGa > 6:297342‑M1/1‑148 (MQ=255) CCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGACacgct < 4:52412‑M1/148‑3 (MQ=255) aCCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCAt < 7:296217/149‑1 (MQ=255) ccGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATg < 5:7521/149‑1 (MQ=255) ccGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAAGTTTCACACATGAACGGCCCCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATg > 1:267203/1‑149 (MQ=255) cACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATGAGGc > 6:75209/1‑149 (MQ=255) gCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATGAGGCTgg < 2:35450/149‑1 (MQ=255) ccAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTg < 3:202143/78‑1 (MQ=255) ccAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTg > 4:202143/1‑78 (MQ=255) cAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCa < 5:64172/137‑1 (MQ=255) cAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCa > 6:64172/1‑137 (MQ=255) cAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATGAGGCTGGGtt > 3:80621/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCGACGATCATGAGGCTGGGTTCGt < 4:213602/149‑1 (MQ=255) ggaaAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATCAGGCTGGGATCGTAAATCTGTGGGCTGCTgg > 6:95258‑M2/5‑149 (MQ=255) gcaAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATGAGGCTGGGTTCGTAAATCTGTGGGCTGCTGGc > 2:345714‑M2/4‑149 (MQ=255) | CCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTT‑CAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTC‑TGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGCCCAACAGCGGCGCCTCGCGGGTGGCAAAGGTTTCACACATGAACGGCACCGACAACGCCTGCACCAGGTAATGCCCTGCACCGTACTCCAGGGTACGCGGCCCCAGGCGTGCCAGCTTGCTGCCCTGGGCCACGATCATGAGGCTGGGTTCGTAAATCTGTGGGCTGCTGGC > NC_002947/2772398‑2772686 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |