New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1114894 | 46 (0.830) | 8 (0.180) | 6/226 | 5.9 | 17.8% | intergenic (‑88/+91) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase |
? | NC_002947 | = 1114920 | 36 (0.790) | intergenic (‑114/+65) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTCCTTCT > NC_002947/1114775‑1115067 | cgcgGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTc < 2:119535/148‑1 (MQ=255) gcgGGTACAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCt > 2:21005/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAGGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTggg < 3:59629/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTgg > 6:172406/1‑147 (MQ=255) aGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGG‑CGCCACCCTCCTGTGGGAGc < 1:191763/149‑1 (MQ=18) aGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCACTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGc > 3:350796/1‑149 (MQ=255) gggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCg < 1:170628/149‑1 (MQ=255) gggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCg < 5:195662/149‑1 (MQ=255) ggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCtt > 5:156689/1‑149 (MQ=255) ttCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTgtgttg < 1:21005/149‑3 (MQ=255) cGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGCGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTcgc < 1:305321/148‑1 (MQ=255) ggggTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTcgcg > 5:185023/1‑148 (MQ=255) gTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTc > 4:229311/1‑142 (MQ=255) gTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTc < 3:229311/142‑1 (MQ=255) tGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGcc < 2:228325/149‑1 (MQ=255) ggCTGTGTCTAGCCCTTTACGAGGGGTGGGTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCTTTTTGCTACACATGGCCTCTCCAAGAGTTGGGTGGG‑GCGTTGAAGGTTGGCGCGGTCCTGTGGGAGGGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGcc < 4:350796/148‑1 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTtgt < 2:221291/134‑1 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTtgt > 1:221291/1‑134 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCg > 2:26854/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGCTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGCAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCCTCCTGTGGGAGCGGCCTAGTGTCGCGAAAGGGcc > 7:240011/1‑148 (MQ=255) cAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGc < 5:267153/149‑1 (MQ=255) aGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGcc > 5:22502/1‑149 (MQ=255) cTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGt < 7:91859/136‑1 (MQ=255) ggTGTCTTGAAGACCCTGTGGCTGCTGCGCAGCCGTTTTGCGAAACAAGGCCGCTCCCACAGGTGGGTGGC‑GCCTTGATTGTGGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTctctct < 6:156689/149‑1 (MQ=38) gTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTa < 5:172406/149‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTGCTGCTCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAgcgc > 7:259408/1‑149 (MQ=255) cccTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCAtgctg < 6:185023/149‑1 (MQ=255) tttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTc > 6:349287/1‑149 (MQ=255) ttGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCg < 5:165117/148‑1 (MQ=255) tggCGACACACGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTGGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCg < 7:319124/146‑1 (MQ=255) caAGGCCGCGCCCACAGGAGGGGGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTg < 7:357330/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAg > 2:336110/1‑149 (MQ=255) tCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGCCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGcc > 3:178582/1‑149 (MQ=255) cccACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCt > 3:275178/1‑149 (MQ=255) acaGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATTCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGtt < 1:26854/149‑1 (MQ=255) acaGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGtt > 4:4152/1‑149 (MQ=255) caGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTTAGACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGAGAAGTTGGCCAGGGCCTg > 1:110762/1‑149 (MQ=255) caGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTc > 3:247803/1‑149 (MQ=255) tGGC‑GCCTTTAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGTGGGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCgg < 6:22502/149‑1 (MQ=255) ggC‑GCCTTGACGGTGGGCCCCGGCCGGGGGGAGCGGCCTTGGGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGc < 4:69376/149‑1 (MQ=255) gc‑gcCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAg < 5:191657/122‑1 (MQ=255) gc‑gcCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAg > 6:191657/1‑122 (MQ=255) gc‑gcCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGc < 1:336110/148‑1 (MQ=255) gacTTGATGGTGGGCGCCTTGCTGTGGGAGCGGCCTTTTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCTCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAg < 6:50047/147‑1 (MQ=255) ggTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGgcgc > 6:137126/1‑149 (MQ=255) ggCGCCGTCCTGTAGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTc > 3:303562/1‑149 (MQ=255) gcgcCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTcc < 7:155215/149‑1 (MQ=255) cgcCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTCCt > 3:49709/1‑149 (MQ=255) gcCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAGGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTCCtt > 1:1805/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTCCTtc < 2:110762/149‑1 (MQ=255) cGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTCCTtct < 1:22172/149‑1 (MQ=255) | CGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGACTCGGCCAGCTTGGCGCGTTCCTTCT > NC_002947/1114775‑1115067 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |