New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 296348 = | 50 (1.180) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 5.8% | coding (79/633 nt) | PP_0242 | TetR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 296399 = | 50 (1.250) | coding (28/633 nt) | PP_0242 | TetR family transcriptional regulator |
AAATGCCCGGTGCACATCTGCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTT > NC_002947/296202‑296496 | ttcgagacgctggcccgcgagtcgctcgccaggcagtccgagctggagcaaaacgaagtcggtgacttcgacctgttcgtcggcgcctaccaggccagcatcctggcaatcagcagttgatgaaccgcaccaccaccccgcgcaaacCa < 7:246229‑M1/2‑1 (MQ=255) gagacgctggcccgcgagtcgctcgccaggcagtccgagctggagcaaaacgaagtcggtgacttcgacctgttcgtcggcgcctaccaggccagcatcctggcaatcagcagttgatgaaccgcaccaccaccccgcgcaaacCAcgc > 4:100625‑M1/145‑149 (MQ=255) ccGGTGCACATCTGCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAg > 8:185069/1‑149 (MQ=255) ggTGCACATCTGCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAgcc > 3:240639/1‑149 (MQ=255) gTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCAc < 8:240237/127‑1 (MQ=255) gTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCAc > 7:240237/1‑127 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctgg > 5:145356/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctgg > 2:84908/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctgg < 5:265847/149‑1 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctgg > 1:2649/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCctggcctggc > 4:61735/1‑149 (MQ=255) aaGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGgct < 4:240639/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGCTCCTGGCATCgctg > 6:164279/1‑149 (MQ=255) cGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTgg > 2:56542/1‑149 (MQ=255) gCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGgcg < 6:150781/149‑1 (MQ=255) aaaacgaagtcggtgacttcgacctgttcgtcggcgcctaccaggccagcatcctggcaatcagcagttgatgaaccgcaccaccaccccgcgcaaacCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTg < 2:167537‑M1/51‑1 (MQ=255) aaaacgaagtcggtgacttcgacctgttcgtcggcgcctaccaggccagcatcctggcaatcagcagttgatgaaccgcaccaccaccccgcgcaaacCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTg > 1:167537‑M1/99‑149 (MQ=255) g‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAg > 1:115666/1‑108 (MQ=255) g‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAg < 2:115666/108‑1 (MQ=255) aagtcggtgacttcgacctgttcgtcggcgcctaccaggccagcatcctggcaatcagcagttgatgaaccgcaccaccaccccgcgcaaacCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTgc > 2:140164‑M1/93‑149 (MQ=255) aaaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGcgcg < 2:2649/149‑1 (MQ=255) aaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCGCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCgg < 6:56392/149‑1 (MQ=255) aaGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCgg > 4:93871/1‑149 (MQ=255) aGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCggg < 3:68309/149‑1 (MQ=255) aTACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGggtgg > 3:164389/1‑149 (MQ=255) aTACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGggtgg < 3:93871/149‑1 (MQ=255) aTACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGggtg < 7:185069/148‑1 (MQ=255) tACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGggtggt > 4:93590/1‑149 (MQ=255) acCGACGAAGCCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGATGCCACCCCTTGATCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGggtggtggt > 5:77471/1‑149 (MQ=255) gaAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctg > 7:242006/1‑105 (MQ=255) gaAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctg < 8:242006/105‑1 (MQ=255) ggAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGgctgct > 7:25381/1‑110 (MQ=255) ggAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGgctgct < 8:25381/110‑1 (MQ=255) gCTCGGCCTCGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCa < 6:77471/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCa < 3:61735/149‑1 (MQ=255) gCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATg < 3:13254/149‑1 (MQ=255) gCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATg > 2:223493/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGTATATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtc < 2:50457/125‑1 (MQ=255) ccACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtc > 1:50457/1‑125 (MQ=255) cGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACGCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTgg < 5:164279/149‑1 (MQ=255) cTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGcc > 6:232398/1‑149 (MQ=255) tGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCt > 7:108915/1‑149 (MQ=255) atagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTgg > 6:167148/1‑146 (MQ=255) atagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTgg < 5:167148/146‑1 (MQ=255) atagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAg > 8:249427/1‑149 (MQ=255) aaaGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGgcgc > 5:231352/1‑149 (MQ=255) ctgcCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCcgacg < 5:265540/148‑1 (MQ=255) cACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAg < 8:108915/149‑1 (MQ=255) ccccTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGt < 1:223493/149‑1 (MQ=255) cccTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTc > 7:115614/1‑149 (MQ=255) gtccGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGaa < 8:88774/144‑1 (MQ=255) gTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGaa < 3:93590/147‑1 (MQ=255) ttCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGt > 2:11562/1‑148 (MQ=255) cGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGt > 1:61963/1‑87 (MQ=255) cGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGt < 2:61963/87‑1 (MQ=255) aaCAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACt > 3:257772/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGGGGTTTGCGCGGGGTGGTGGGGCGGTTCATCACCTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGGCACCGACt > 5:252261/1‑149 (MQ=255) cTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCGGTGACTTCgac < 6:145356/149‑3 (MQ=255) tCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGGCTTCGttt > 2:195862/1‑149 (MQ=255) CACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGttt < 1:195537‑M1/149‑1 (MQ=255) CACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGtttt < 3:88517‑M1/149‑1 (MQ=255) | AAATGCCCGGTGCACATCTGCAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCG‑AAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCG‑CGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTT > NC_002947/296202‑296496 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |