New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3528043 | 44 (1.040) | 4 (0.100) | 4/244 | NT | 8.3% | coding (1254/1419 nt) | imuB | DNA repair DNA linked protein |
? | NC_002947 | = 3528091 | 47 (1.180) | coding (1302/1419 nt) | imuB | DNA repair DNA linked protein |
AAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTG > NC_002947/3527900‑3528190 | aaGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACACCGCCTAc > 3:121367/1‑147 (MQ=255) ggCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTg < 3:2136/149‑1 (MQ=255) ccGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCatcccaccaacctgattcgatgcgttcggca > 3:17946‑M1/1‑118 (MQ=255) ccGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATc > 8:112819/1‑148 (MQ=255) cccGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAGGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATc < 4:11293/149‑1 (MQ=255) cccGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATc < 3:13351/149‑1 (MQ=255) ccGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGTACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAAt > 7:208905/1‑147 (MQ=255) gcCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTtggtg > 6:60209/1‑149 (MQ=255) tttGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATggcg < 6:88992‑M2/149‑5 (MQ=255) gCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCatcccaccaacctgattcgatgcgttcggcatagccctgcacctggtaggcggcgt < 4:17946‑M1/149‑57 (MQ=255) cGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGAt > 5:11991/1‑149 (MQ=255) gTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGa > 8:206653/1‑130 (MQ=255) gTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGa < 7:206653/130‑1 (MQ=255) cccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGac > 1:138453/1‑149 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTGCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGac > 1:202550/1‑149 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCatcccaccaacctgattcgatgcgttcggcatagccctgcacctggtaggcggcgtcatcc < 2:21299‑M1/140‑62 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCatcccaccaacctgattcgatgcgttcggcatagccctgcacctggtaggcggcgtcatcc > 1:21299‑M1/1‑79 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGac > 4:27787/1‑148 (MQ=255) cAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGTACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGacta < 8:208905/149‑1 (MQ=255) cAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTACAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGacta > 4:222710/1‑149 (MQ=255) aaGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGactac > 1:5400/1‑149 (MQ=255) gCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACtactac > 4:113686/1‑149 (MQ=255) tGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATc < 2:40933/149‑1 (MQ=255) gCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAAccc < 6:11991/148‑1 (MQ=255) cACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGt < 5:60209/149‑1 (MQ=255) cACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGt < 3:27787/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCa < 8:183327/69‑1 (MQ=255) aCCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCa > 7:183327/1‑69 (MQ=255) ccGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGa > 2:204179/1‑149 (MQ=255) ccgccCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGac < 3:69432/118‑1 (MQ=255) ccgccCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGac > 4:69432/1‑118 (MQ=255) ccccGGGCGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGcgcg > 7:2294/1‑149 (MQ=255) ccGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCgg > 3:15514/1‑149 (MQ=255) ggTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGTGATGGCGGCGAAGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCACAACCCGAGACGGCCTGCGCGGCTgg > 3:200035/1‑149 (MQ=255) gTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTACAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTggg < 3:222710/149‑1 (MQ=255) tgttgt‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTAc > 6:44285/1‑149 (MQ=255) gttgt‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTAcc > 1:7753/1‑149 (MQ=255) ggCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGAc < 2:7753/148‑1 (MQ=255) cACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTg < 2:5400/149‑1 (MQ=255) aCCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGa < 4:15514/149‑1 (MQ=255) aCCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGa < 5:44285/149‑1 (MQ=255) ccGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTgcgc > 5:56784/1‑126 (MQ=255) ccGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTgcgc < 6:56784/126‑1 (MQ=255) cGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGc > 5:78889/1‑149 (MQ=255) aTCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGc > 2:74236/1‑147 (MQ=255) aTCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCa < 7:112819/149‑1 (MQ=255) aTCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCa < 8:2294/149‑1 (MQ=255) cgcTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGcc > 2:24695/1‑149 (MQ=255) ggATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATggcggcgtcatccagcgcgatcggtgccgacaacagccaccccgggcggctgcccggtgcaaccggcatgttgccttgg < 2:21299‑M2/140‑80 (MQ=255) ggATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATggcggcgtcatccagcgcgatcggtgccgacaacagccaccccgggcggctgcccggtgcaaccggcatgttgccttgg > 1:21299‑M2/1‑61 (MQ=255) aTGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGc < 4:192197/107‑1 (MQ=255) aTGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGc > 3:192197/1‑107 (MQ=255) aCGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATggcggcgtcatccagcgcgatcggtgccgacaacagccaccccgggcggctgcccggtgcaaccggcatgttgccttgggcaccctgctccgc < 4:17946‑M2/149‑94 (MQ=255) ccgccTACAAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTgg > 8:186861/1‑149 (MQ=255) cgccatcccaccaacctgattcgatgcgttcggcatagccctgcacctggtaggcggcgtcatccagcgcgatcggtgccgacaacagccaccccgggcggctgcccggtgcaaccggcatgttgccttgggcaccctgctccgccaaa < 6:88992‑M1/149‑146 (MQ=255) ccTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTg < 4:121367/149‑1 (MQ=255) ccTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTg > 8:215325/1‑149 (MQ=255) | AAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGT‑CGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTG > NC_002947/3527900‑3528190 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |