New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4559104 | 47 (1.110) | 5 (0.130) | 5/244 | NT | 9.9% | coding (60/963 nt) | PP_4046 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 4559118 | 47 (1.180) | coding (46/963 nt) | PP_4046 | hypothetical protein |
CACCCGAGTAGCGCTGGATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCATCTCTACGCCTTGCATGAAT > NC_002947/4558956‑4559251 | cACCCGAGTAGCGCTGGATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAG < 6:95260‑M1/149‑1 (MQ=255) aCCCGAGTAGCGCTGGATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAgg < 7:221720/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTaa < 8:140858/148‑1 (MQ=255) tGGATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAAtgctg > 1:16276/1‑149 (MQ=255) gATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGct < 3:35691‑M2/149‑3 (MQ=255) gCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGcagcattaccacgcctcgac < 4:129817‑M1/149‑21 (MQ=255) gCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATc < 3:209886/149‑1 (MQ=255) cAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCAc < 4:35691/148‑1 (MQ=255) cAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCAc < 8:46643/148‑1 (MQ=255) gTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACggg > 1:255998/1‑149 (MQ=255) gTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACgg < 5:272480/148‑1 (MQ=255) gTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACgg > 6:272480/1‑148 (MQ=255) gtgCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCt > 1:248590/1‑149 (MQ=255) gcCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGcagcattaccacgcctcgacccgtgaaaaa < 2:120689‑M1/138‑31 (MQ=255) gcCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGcagcattaccacgcctcgacccgtgaaaaa > 1:120689‑M1/1‑108 (MQ=255) cGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTc > 8:20594/1‑148 (MQ=255) gagaCTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCg > 6:191801/1‑148 (MQ=255) gagaCTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCg > 2:84124/1‑148 (MQ=255) aGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTc < 1:238052/149‑1 (MQ=255) gCCACGGGAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGGGTATCAGGGTCGGCCAACTCCTTCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGTTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCGGTCGAACGGGTCCa > 5:66183/1‑149 (MQ=255) aCGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAg < 5:191801/149‑1 (MQ=255) gatgCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGAt > 6:255146/1‑121 (MQ=255) gatgCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGAt < 5:255146/121‑1 (MQ=255) ttGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGCAGCATTACCACGCctcgacccgtgaaaaagagcaggagtt > 1:118945‑M2/1‑89 (MQ=255) ttGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGCAGCATTACCACGCctcgacccgtgaaaaagagcaggagtt < 2:118945‑M2/116‑28 (MQ=255) gcgcTCGGCGGACGCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACg < 5:273686/147‑1 (MQ=255) gCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGCGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCAcc > 4:116071/1‑147 (MQ=255) gCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAgcgc < 2:16276/149‑1 (MQ=255) gtgtATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCa > 6:160565/1‑132 (MQ=255) gtgtATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCa < 5:160565/132‑1 (MQ=255) tATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCAc > 4:220336/1‑145 (MQ=255) tATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCAc < 3:220336/145‑1 (MQ=255) aTCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAgc > 7:58765/1‑149 (MQ=255) aGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGcc > 8:182563/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCa > 8:92890/1‑149 (MQ=255) ggCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCCCGGAGCGCCCAtttt > 1:250561/1‑149 (MQ=255) tcAAACTCCTGCGCTTTTTCCCGGGTCGCGGCGTGGTACTGCTGCTCGACCAGCCACGGGGCGCGCTTGAGGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTc < 6:66183/148‑1 (MQ=255) cAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTc < 4:171187/148‑1 (MQ=255) cAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTc > 3:171187/1‑148 (MQ=255) cAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCg < 7:20594/149‑1 (MQ=255) aaaCTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTc < 3:229665/115‑1 (MQ=255) aaCTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGgcgtggtaatgctgctcgacccgtgaaaaagagcaggagtttgccgaccctgatacacaggcattgctggccgagtccgccgagcgcaa > 1:118945‑M1/1‑27 (MQ=255) aaCTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGgcgtggtaatgctgctcgacccgtgaaaaagagcaggagtttgccgaccctgatacacaggcattgctggccgagtccgccgagcgcaa < 2:118945‑M1/116‑90 (MQ=255) aaCTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCt < 8:58765/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCTCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCACTCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGACAAACCAAGGAGCGCCCATTTTCGCTCg > 7:136918/1‑148 (MQ=255) cTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGc < 2:248590/148‑1 (MQ=255) cTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTGCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCa > 5:232147/1‑149 (MQ=255) gCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCAt > 2:44118/1‑148 (MQ=255) tctTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCAtctc > 1:173404/1‑149 (MQ=255) tttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGctcgacccgtgaaaaagagcaggagtttgccgaccctgatacacaggcattgctggccgagtccgccgagcgcaagcatcattaccgtggccttagtctcgactgggc < 2:120689‑M2/138‑109 (MQ=255) tttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGctcgacccgtgaaaaagagcaggagtttgccgaccctgatacacaggcattgctggccgagtccgccgagcgcaagcatcattaccgtggccttagtctcgactgggc > 1:120689‑M2/1‑30 (MQ=255) tttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCaa > 7:159630/1‑108 (MQ=255) tttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCaa < 8:159630/108‑1 (MQ=255) tttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAgc < 4:229294/110‑1 (MQ=255) tttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAgc > 3:229294/1‑110 (MQ=255) ttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAg > 6:109868/1‑108 (MQ=255) ttttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAg < 5:109868/108‑1 (MQ=255) tttCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCATATCTACg > 1:64673/1‑149 (MQ=255) aCGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAGGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCATGTCTACGCCtt > 7:75033/1‑149 (MQ=255) gTCGAGGCGTGGTAATGCTGctcgacccgtgaaaaagagcaggagtttgccgaccctgatacacaggcattgctggccgagtccgccgagcgcaagcatcattaccgtggccttagtctcgactgggcgcacatggcactggagctggc < 4:129817‑M2/149‑130 (MQ=255) agcagcattaccacgcctcgacccgtgaaaaagagcaggagtttgccgaccctgatacacaggcattgctggccgagtccgccgagcgcaagcatcattaccgtggccttagtctcgactgggcgcacatggcactggagctggccatc < 3:35691‑M1/149‑148 (MQ=255) | CACCCGAGTAGCGCTGGATGGCCAGCTCCAGTGCCATGTGCGCCCAGTCGAGACTAAGGCCACGGTAATGATGCTTGCGCTCGGCGGACTCGGCCAGCAATGCCTGTGTATCAGGGTCGGCAAACTCCTGCTCTTTTTCACGGGTCGAGGCGTGGTAATGCTGCTCGACCATCCACGGGTCGCGCTTGATGCTGTCGAACGGGTCCATAGGCCCTCCCGCACGCTATAAGCCTTTCACCAAGCGCCAAACCACGGAGCGCCCATTTTCGCTCGGCATCTCTACGCCTTGCATGAAT > NC_002947/4558956‑4559251 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |