New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1521404 | 51 (1.210) | 5 (0.120) | 5/248 | NT | 9.5% | coding (661/1353 nt) | murD | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
? | NC_002947 | = 1521433 | 46 (1.130) | coding (690/1353 nt) | murD | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
GAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTCGCGGTGCTCACAACCAGAGT > NC_002947/1521295‑1521580 | gAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCt > 3:237466/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCtt < 8:82247/149‑1 (MQ=255) aGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCtt < 8:78363/149‑1 (MQ=255) cGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCg < 7:146485/149‑1 (MQ=255) cacaTGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCaa > 6:166871/1‑149 (MQ=255) tGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAAcccg > 2:165023/1‑149 (MQ=255) aCCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAAcccgccc > 6:1032/1‑149 (MQ=255) cGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGa < 5:1032/149‑1 (MQ=255) cTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCTCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACt > 8:25201/1‑149 (MQ=255) tataGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACtt > 6:205412/1‑149 (MQ=255) ataGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACAGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACtt > 3:58283/1‑148 (MQ=255) taGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTACCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTc < 5:107909/148‑1 (MQ=255) cGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAg < 5:262229/149‑1 (MQ=255) ggCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGc < 1:165023/149‑1 (MQ=255) ccGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCGGCCCGACTTCAAAGCGttt < 4:58283/147‑1 (MQ=255) ccGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGttt < 2:21626/147‑1 (MQ=255) ccGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGttt < 2:17452/147‑1 (MQ=255) ggCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGcc > 1:81106/1‑149 (MQ=255) ccaccTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTg < 4:237466/149‑1 (MQ=255) caccTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTAGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTGGGCCTGAGtt > 8:107932/1‑147 (MQ=255) accTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCGAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGaa < 5:205412/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCgat > 1:227217/1‑133 (MQ=255) ccTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGtt < 2:227217/135‑1 (MQ=255) gCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGa > 5:205729/1‑149 (MQ=255) ccGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTgag > 2:61166/1‑148 (MQ=255) ttttCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATAc < 2:138364/149‑1 (MQ=255) tCCGCTGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCt < 5:166871/148‑1 (MQ=255) cccTCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGa < 6:205729/148‑1 (MQ=255) cccGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCt < 4:55841/112‑1 (MQ=255) cccGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCt > 3:55841/1‑112 (MQ=255) ccGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGt > 7:238723/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTcc < 1:61166/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTc > 2:195694/1‑148 (MQ=255) gtCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGAt < 2:81106/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCgg < 7:25201/149‑1 (MQ=255) cGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCcgtcctggcggttgaccaccacctggcgggcaccgcggaaaatccggtgtttggccaggtggtaggccggaaggccgctatagcggtccatgtggtcttcgctgatgtt < 2:194682‑M2/148‑110 (MQ=255) cGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCa < 6:86459/134‑1 (MQ=255) cGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCa > 5:86459/1‑134 (MQ=255) cGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGgc > 5:234206/1‑149 (MQ=255) gCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCcgtcctggcggttgaccaccacctggcgggcaccgcggaaaatccggtgtttggccaggtggtaggccggaaggccgctatagcggtccatgtggtcttcgctgatgt > 6:171358‑M2/1‑38 (MQ=255) gCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCcgtcctggcggttgaccaccacctggcgggcaccgcggaaaatccggtgtttggccaggtggtaggccggaaggccgctatagcggtccatgtggtcttcgctgatgt < 5:171358‑M2/146‑109 (MQ=255) gCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTcc > 7:204837/1‑132 (MQ=255) gCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTcc < 8:204837/132‑1 (MQ=255) ccAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCcgtcctggcggttgaccaccacctggcgggcaccgcggaaaatccggtgtttggccaggtggtaggccggaaggccgctatagcggtccatgtggtcttcgctgatgtt < 5:166580‑M2/146‑110 (MQ=255) ccgttctgccggccgCTGCCGGTGGAAGTCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAACGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAAc < 7:43445/141‑1 (MQ=255) gAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAgg > 8:135072/1‑149 (MQ=255) ccggccgCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCCGCCTCAACCCGCCCGACATCAAAGCGTTTGGACTGCGAGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTCGCGTTCGAGTTACAGACGCTGATTCCGGCGCGTGAACtacatcgg > 8:43445/1‑141 (MQ=255) cggccgCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTcg > 1:268353/1‑149 (MQ=255) ggccgCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTcgc > 7:87750/1‑149 (MQ=255) ccGGTGGAAGGCcgtcctggcggttgaccaccacctggcgggcaccgcggaaaatccggtgtttggccaggtggtaggccggaaggccgctatagcggtccatgtggtcttcgctgatgttcagaacggtcgccacttcggcgttgag > 6:166580‑M2/1‑12 (MQ=255) ccGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTCGCGGTGCt < 7:135072/147‑1 (MQ=255) gAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTCGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTCGCGGTGCTCACAACCa < 5:252306/149‑1 (MQ=255) ccGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTCGCGGTGCTCACAACCAGAGt > 8:10651/1‑148 (MQ=255) | GAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGCGTGAACTGAAGGTTCGCGGTGCTCACAACCAGAGT > NC_002947/1521295‑1521580 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |