New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1843419 | 45 (1.070) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 6.1% | coding (1375/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | = 1843446 | 49 (1.220) | coding (1348/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
CTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCC > NC_002947/1843304‑1843592 | cTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGAcaggcc < 7:71441‑M2/149‑7 (MQ=255) tGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGAcaggcc < 3:84484‑M2/148‑7 (MQ=255) tCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGa < 3:56822/148‑1 (MQ=255) tCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGAt > 2:49791/1‑149 (MQ=255) cacCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGATATCACCAGGCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCTGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACTGGCCGATGCCg < 3:45614/149‑1 (MQ=255) acCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGCGTTGTCAGCCTGGCTGCAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACCGGCCGATGCCgg > 4:64614/1‑149 (MQ=255) acCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCgg > 1:88334/1‑149 (MQ=255) gccgccCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCt < 8:71441/146‑1 (MQ=255) aTCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACGAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTTCACGCTGAt < 8:133718/149‑1 (MQ=255) cTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTGAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGAt < 8:130009/147‑1 (MQ=255) tGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATgcg > 2:167330/1‑149 (MQ=255) ttCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATgcg < 1:49791/147‑1 (MQ=255) ttCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATgc < 3:53547/146‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACt < 4:84484/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTg > 8:239296/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTgcgcg > 1:120777/1‑148 (MQ=255) cgcTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCa < 6:93749/149‑1 (MQ=255) gAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTc < 2:120777/149‑1 (MQ=255) gAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTc < 1:167330/149‑1 (MQ=255) aaTCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGAt > 2:91093/1‑126 (MQ=255) aaTCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGAt < 1:91093/126‑1 (MQ=255) cAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGt > 3:36321/1‑149 (MQ=255) ccAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTc > 8:159987/1‑136 (MQ=255) ccAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTc < 7:159987/136‑1 (MQ=255) ccAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTc > 8:7957/1‑148 (MQ=255) ccAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTc < 7:7957/148‑1 (MQ=255) cAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTc > 5:47479/1‑147 (MQ=255) cTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCAcgacga < 4:36321/149‑1 (MQ=255) gCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATgg > 4:243642/1‑149 (MQ=255) aGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCgg < 8:8255/149‑1 (MQ=255) gccttCAGCCAGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCggg > 3:70449/5‑149 (MQ=255) tCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGaa > 7:102257/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAAc > 6:8630/1‑149 (MQ=255) ccaggCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATg < 5:118525/125‑1 (MQ=255) ccaggCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATg > 6:118525/4‑128 (MQ=255) ggCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACt < 1:159281/144‑1 (MQ=255) ggCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACt > 2:159281/1‑144 (MQ=255) gAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGAcaggccttcagccaggctgacaactcactggcccgccagcccggcggcaccggtctggggctggtgattt < 4:3031‑M2/106‑71 (MQ=255) gAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGAcaggccttcagccaggctgacaactcactggcccgccagcccggcggcaccggtctggggctggtgattt > 3:3031‑M2/1‑36 (MQ=255) aaGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGt < 7:239296/148‑1 (MQ=255) aGGCCTGGAACAGTGTGAGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGGGCGCAGTCTTGGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATTGTGCCTTCGGGGGTGAACTTGATGGCGTTg < 4:139459/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGAcaggccttcagccaggctgacaactcactggcccgccagcccggcggcaccggtctggggctggtgatttccaaccgcctgatcgaacagatgggcggcgagatcggtgtcgacag < 8:250556‑M2/149‑117 (MQ=255) gCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCt > 2:21136/1‑149 (MQ=255) gCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCt > 8:42905/1‑149 (MQ=255) gAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCa < 8:102257/149‑1 (MQ=255) cAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGt < 5:8630/149‑1 (MQ=255) gtgtGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTg < 1:21136/149‑1 (MQ=255) cgcACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGa < 2:88334/148‑1 (MQ=255) cgcACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAg < 3:243642/149‑1 (MQ=255) gcACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAg > 7:113758/1‑148 (MQ=255) acaTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGAt > 7:44088/1‑149 (MQ=255) caTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATc > 8:109679/1‑149 (MQ=255) caTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATc < 7:51335/149‑1 (MQ=255) caTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATc < 7:109679/149‑1 (MQ=255) caTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGCTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTCGTCAGGAt > 8:51335/1‑148 (MQ=255) gAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTg > 5:28898/1‑149 (MQ=255) ggTGAcaggccttcagccaggctgacaactcactggcccgccagcccggcggcaccggtctggggctggtgatttccaagcgcctgatcgaacagatgggcggcgagatcggtgtcgacagtaccccgggcgaaggttcgcagttctgg > 7:250556‑M2/1‑5 (MQ=255) tGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGcc < 8:113758/149‑1 (MQ=255) | CTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCC > NC_002947/1843304‑1843592 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |