New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2071242 | 35 (0.830) | 3 (0.090) | 3/206 | NT | 9.0% | intergenic (+194/+33) | PP_1846/PP_1847 | group II intron‑encoding maturase/TonB‑dependent ferric siderophore receptor |
? | NC_002947 | 5594183 = | 33 (0.980) | intergenic (‑130/+15) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
GCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATC > NC_002947/5594039‑5594330 | ggtggGTGATGTCATGGTCATGGCCGCAGGCGTGATGTTATGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAg < 4:161329/147‑1 (MQ=255) gctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAg > 4:40601/1‑149 (MQ=255) tGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCCCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCCCACGGGAATGTGCTGCgg > 7:147757/1‑149 (MQ=25) gtcatggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGt > 5:128449/1‑149 (MQ=255) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 1:81949/149‑1 (MQ=255) tCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTtgtg < 3:40601/149‑1 (MQ=255) tCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTtgtg < 6:128449/149‑1 (MQ=255) ccGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACAGGCAAAGCCGGTGCCATTCAACGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTgg > 7:201605/1‑149 (MQ=255) gCAGGAGTGATGTTAAGTGCCATAAACCCCCCTGGGGGAGCGGGCTGCCCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTa < 6:62986/149‑1 (MQ=37) ttAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGGACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCGGCGGTTTAG‑‑ACTTTTTGGTACAGCTGGCTGcc > 5:217798/1‑149 (MQ=255) tcttccgatatACTACCGTGTGGGAGGGGGCTTGCCCGCGAACACCGTCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCTGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGcc < 4:223504/140‑1 (MQ=25) tgccATACACAACGGTGGGGGTGCGGGTTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCTTGCACCGCAGTGTTTGCTTCGCGGTCATGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCt < 8:147757/146‑1 (MQ=25) caccacCCAGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGAGCCATGCACCGCACTTCTTGCTACGCGGGCAATCGCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTCCGGTGTAG‑‑AGATTGTGGTCCCGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGaa > 7:174688/1‑149 (MQ=25) ccaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGcc > 3:223504/1‑135 (MQ=255) tgggggCGCGGCCTTGCCCGCGAACACCGGCAACCCGGGTGCCATGCCCCGCAGTGCTGGCTCCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCgg < 7:160790/146‑1 (MQ=38) gggCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCAc > 5:276840/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGaa < 1:128188/130‑1 (MQ=255) gCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGaa > 2:128188/1‑130 (MQ=255) cttgcccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCa > 6:53407‑M2/76‑149 (MQ=255) ttgcccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacaggGTGAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt > 8:171334‑M2/75‑149 (MQ=255) gCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc > 8:141401/1‑149 (MQ=255) gcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTg > 4:222853‑M2/69‑149 (MQ=255) gAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCTCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGCCACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTg < 1:77144/149‑1 (MQ=255) cacCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGTAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGa > 4:16237/1‑149 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCg > 2:65733/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCt > 4:85614/1‑141 (MQ=255) gCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCt < 3:85614/141‑1 (MQ=255) gCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGt > 8:81673/1‑148 (MQ=255) ccATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGc > 6:104477/1‑148 (MQ=255) tGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTc > 2:54518/1‑103 (MQ=255) tGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTc < 1:54518/103‑1 (MQ=255) cACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGAt > 6:184491/1‑149 (MQ=255) cGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCtt < 8:201605/149‑1 (MQ=255) cGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGG‑AAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGa < 3:197273/123‑1 (MQ=255) cGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGG‑AAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGa > 4:197273/1‑123 (MQ=255) gCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTg < 5:104477/149‑1 (MQ=255) tgcttgctTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTgg > 1:264350/1‑146 (MQ=255) tgcttgctTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCa < 2:264350/148‑1 (MQ=255) gcttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTAc > 4:142438/1‑149 (MQ=255) ttcgcgggcaagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGCCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTc < 7:141401‑M2/123‑1 (MQ=255) cgcgggtaagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCa < 3:16237‑M2/124‑1 (MQ=255) cgggcaagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGc < 6:276840‑M2/127‑1 (MQ=255) ggcaagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCAc > 2:81070‑M2/21‑149 (MQ=255) caagcccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACtt > 5:128962‑M2/19‑149 (MQ=255) cccgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTg > 4:122124‑M2/15‑149 (MQ=255) cgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATc > 7:177113‑M2/13‑121 (MQ=255) cgctcccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATc < 8:177113‑M2/109‑1 (MQ=255) ccacaggGTGAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATc < 7:171334‑M2/142‑1 (MQ=255) ccacaggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATc > 3:246822‑M2/8‑149 (MQ=255) ggGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCAt < 3:222853‑M2/147‑1 (MQ=255) gGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACg < 8:102134‑M2/126‑1 (MQ=255) gGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACg > 7:102134‑M2/2‑127 (MQ=255) gGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGACTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATc > 6:259011‑M2/2‑149 (MQ=255) | GCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAG‑‑ACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTTCCTGGGTGATCTTCATC > NC_002947/5594039‑5594330 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |