New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3913955 | 48 (1.140) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 6.1% | coding (124/1302 nt) | PP_3453 | sensor protein RstB |
? | NC_002947 | = 3913988 | 46 (1.140) | coding (91/1302 nt) | PP_3453 | sensor protein RstB |
CTGCAGTTCCAGCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCTGAACAGG > NC_002947/3913842‑3914115 | cTGCAGTTCCAGCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAca > 5:230993‑M2/1‑147 (MQ=255) tGCAGTTCCAGCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAcag < 3:154299‑M2/149‑4 (MQ=255) gCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAc > 8:21610‑M2/1‑136 (MQ=255) gCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAc < 7:21610‑M2/137‑2 (MQ=255) gCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATg > 8:33386/1‑149 (MQ=255) gTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGgtg < 7:77359/149‑1 (MQ=255) gAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACGGGCCGACGATGGTGTCAg > 7:42922/1‑149 (MQ=255) aaTCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAggg > 5:158673/1‑149 (MQ=255) aaTCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAggg < 7:6484/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAGGTCCGGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCGGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGGCCAGGGTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGaa < 6:85598/149‑1 (MQ=255) gCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACaa > 1:40667/1‑148 (MQ=255) ccAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGc < 7:33386/149‑1 (MQ=255) aGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCaa < 2:128937/149‑1 (MQ=255) aGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCaa > 1:128937/1‑149 (MQ=255) cTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATg > 6:129397/1‑124 (MQ=255) cACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGc < 5:9080/147‑1 (MQ=255) ccGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAg < 8:236772/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAAc > 6:275138/1‑135 (MQ=255) gCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAAc < 5:275138/135‑1 (MQ=255) gCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAg > 5:95463/1‑117 (MQ=255) gCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAg < 6:95463/117‑1 (MQ=255) gCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGcgac > 8:45665/1‑148 (MQ=255) aCTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACgatg < 7:45665/149‑1 (MQ=255) tCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAgg < 6:276861/110‑1 (MQ=255) tCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCAc < 8:217858/149‑1 (MQ=255) gcgcgGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCa > 4:218631/1‑149 (MQ=255) cGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCAc > 6:238892/1‑149 (MQ=255) gAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGACGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCa < 3:29363/149‑1 (MQ=255) cACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGa < 4:9924/149‑1 (MQ=255) aCGATCAACGCTTGTACAGCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTg < 2:95138/147‑1 (MQ=255) aCGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGa > 1:95138/1‑148 (MQ=255) cGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAACAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGc < 2:40667/149‑1 (MQ=255) tCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAg < 4:218768/145‑1 (MQ=255) tCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCag > 3:218768/1‑147 (MQ=255) gTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCCGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACgatga < 4:261338/105‑1 (MQ=255) gTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCCGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACgatga > 3:261338/1‑105 (MQ=255) ccTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAcaggccaagggtgtacaagcgttgatcgtgcgccagttccgccaggctccgcgcgagcagtggccagcggtggagcaggaactggccagtgatttcgcaccgctg < 3:88506‑M2/148‑106 (MQ=255) ttGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAcaggccaagggtgtacaagcgttgatcgtgcgccagttccgccaggctccgcgcgagcagtggccagcggtggagca > 2:123907‑M2/1‑41 (MQ=255) ttGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAAcaggccaagggtgtacaagcgttgatcgtgcgccagttccgccaggctccgcgcgagcagtggccagcggtggagca < 1:123907‑M2/118‑78 (MQ=255) ttGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCAcc < 6:1722/117‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCAcc > 5:1722/1‑117 (MQ=255) gCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCAc > 7:176980/1‑141 (MQ=255) gCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCAc < 8:176980/141‑1 (MQ=255) ccTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTAc > 8:45764/1‑104 (MQ=255) ccTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTAc < 7:45764/104‑1 (MQ=255) cTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGa > 6:77425/1‑149 (MQ=255) ttGTCGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCAGCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCTGaa < 7:219158/149‑1 (MQ=255) ttGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATgg < 7:26475/118‑1 (MQ=255) ttGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATgg > 8:26475/1‑118 (MQ=255) cATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCt < 2:53894/138‑1 (MQ=255) cATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCt > 1:53894/1‑138 (MQ=255) gAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCTGAACAgg < 2:15382/142‑1 (MQ=255) gAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCTGAACAgg > 1:15382/1‑142 (MQ=255) | CTGCAGTTCCAGCGGTGCGAAATCACTGGCCAGTTCCTGCTCCACCGCTGGCCACTGCTCGCGCGGAGCCTGGCGGAACTGGCGCACGATCAACGCTTGTACACCCTTGGCCTGGTCCAGGTTGTAGGCCATGAACCGGTCGCGGAACAGGCCGACGATGGTGTCAGGGATGAACAGCAACGCGCCGGCGTAGGCGACGATGATCACCAGGTACAACCGCACCAGGATCTTGAGCATGGCCGATCAGCACTCCCACTCGACACGGCTGAACAGG > NC_002947/3913842‑3914115 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |