New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4043365 = | 45 (1.070) | 3 (0.080) | 3/240 | NT | 6.8% | coding (379/978 nt) | PP_3564 | AraC family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 4043439 = | 40 (1.020) | coding (305/978 nt) | PP_3564 | AraC family transcriptional regulator |
CTGCAACTGCGGAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCGCGCCACTGCTCGACGGTACC > NC_002947/4043294‑4043585 | ctggtggtgttcggcggtcgcagtgccatggccaccgcggcgctggcgccacgttaccaggcgttgctcagGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGa > 1:10791‑M1/72‑149 (MQ=255) cTGCAACTGCGGAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGgcctgcct > 5:136937/1‑147 (MQ=255) cTGCGGAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACg < 4:97642/149‑1 (MQ=255) cGGAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGc < 3:244418/147‑1 (MQ=255) cGGAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGc < 2:39108/147‑1 (MQ=255) ggAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTg < 8:224058/149‑1 (MQ=255) ggAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTg < 3:48049/149‑1 (MQ=255) aaaCGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTgg > 2:264819/1‑148 (MQ=255) cGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGgcgc < 1:264819/149‑1 (MQ=255) cGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCAGTg > 6:212613/1‑149 (MQ=255) tGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGc < 4:173199/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTg > 7:124472/1‑126 (MQ=255) gCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTg < 8:124472/126‑1 (MQ=255) gCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATg > 5:16601/1‑149 (MQ=255) gTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCAc > 7:128039/1‑149 (MQ=255) tGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACt < 5:248519/149‑1 (MQ=255) accaccacTTTGTGCCCATGCAGCAGGCCGCAGGCAGACAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGc > 1:198491/1‑148 (MQ=255) ccaccacTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑a > 2:236799/1‑149 (MQ=255) cTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACAccacca < 6:136937/149‑1 (MQ=255) tcaggcaggccgccaaggcgggtgtcaagctggtgggggtcgacaatggcgccttcctgctggctgcctgcggcctgcCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAg > 1:10791‑M2/79‑149 (MQ=255) cagcagGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCACCGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAgg > 2:81028/1‑148 (MQ=255) aggccgccaaggcgggtgtcaagctggtgggggtcgacaatggcgccttcctgctggctgcctgcggcctgcCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCAt < 5:149696‑M2/44‑1 (MQ=255) aggccgccaaggcgggtgtcaagctggtgggggtcgacaatggcgccttcctgctggctgcctgcggcctgcCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCAt > 6:149696‑M2/73‑116 (MQ=255) gcagCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTc < 1:34991/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCAc < 8:197792/107‑1 (MQ=255) cagcagGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCAc > 7:197792/1‑107 (MQ=255) agcagGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTc > 1:30034/1‑149 (MQ=255) agGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGt < 8:85590/130‑1 (MQ=255) agGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGt > 7:85590/1‑130 (MQ=255) gAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTg < 7:135566/103‑1 (MQ=255) gAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTg > 8:135566/1‑103 (MQ=255) aGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATa > 5:188216/1‑132 (MQ=255) aGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATa < 6:188216/132‑1 (MQ=255) cgcCATTGTGGACCCCCCCCAGCTTGACACCCGGCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTTACGTGGCGCCAGGGGCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCTCCGAACACCACCAGGTATTCGAATAGGTAAAGGTCGAGCTGATCg < 8:128039/149‑1 (MQ=255) gcCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCgg > 1:162178/1‑149 (MQ=255) tCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGc < 2:162178/149‑1 (MQ=255) aCCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTc > 7:250889/1‑149 (MQ=255) aCCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGACCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAg > 1:37746/1‑131 (MQ=255) aCCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGACCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAg < 2:37746/131‑1 (MQ=255) cccccACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGa < 1:220191/134‑1 (MQ=255) cccccACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGa > 2:220191/1‑134 (MQ=255) gCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCGCCTTCCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTgc < 1:81028/149‑1 (MQ=255) acCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCgcgc > 3:110462/1‑149 (MQ=255) cccGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCgcgc > 8:117430/1‑148 (MQ=255) ccGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCGCGCCa > 3:28407/1‑149 (MQ=255) ggcctgcCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCGCGCCACTGCTCGACg > 2:140927‑M2/8‑149 (MQ=255) ctgcCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCGCGCCACTGCTCGACGGTa < 2:198491‑M2/145‑1 (MQ=255) cCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCGCGCCACTGCTCGACGGTAcc < 6:16601‑M2/147‑1 (MQ=255) | CTGCAACTGCGGAAACGCAGCACGAAACTCGGCTTCGTGACGCCAGTGCACCACCACTTTGTGCCCCTGCAGCAGGCCGCAGGCAGCCAGCAGGAAGGCGCCATTGTCGACCCCCACCAGCTTGACACCCGCCTTGGCGGCCTGCCTGAGCAACGCCTGGTAACGTGGCGCCAGCGCCGCGGTGGCCATGGCACTGCG‑‑‑ACCGCCGAACACCACCAGGTAGTCGAATAGGTCAAGGTCGAGCTGATCGGCAATGGCCTCGACCTGCAGCACCGCGCCACTGCTCGACGGTACC > NC_002947/4043294‑4043585 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |