| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5382398 = | 32 (0.760) | 4 (0.130) | 4/188 | NT | 19.4% | intergenic (+18/+115) | smpB/pdhR | SsrA‑binding protein/DNA‑binding transcriptional regulator LldR |
| ? | NC_002947 | 5382496 = | 10 (0.330) | intergenic (+116/+17) | smpB/pdhR | SsrA‑binding protein/DNA‑binding transcriptional regulator LldR | |||||
TGCGGAACAAGGGCAAGGAAGAGTAACTACTCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTC > NC_002947/5382355‑5382638 | tgCGGAACAAGGGCAAGGAAGAGTAACTACTCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGGCCACAGGCATGGGCCCAGAGTGAAGCCCCGCG‑C‑C‑GAGCCGGTGGGGGCGGGGTTGCCCGGGGAGAGGCCGGGGCTGccc > 1:183048/1‑149 (MQ=255) actactCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTgcgc < 7:67170/149‑1 (MQ=255) ctctTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGct > 7:180031/1‑149 (MQ=255) GGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCg < 7:194141‑M1/149‑1 (MQ=255) CTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑CGC‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCt < 1:74135‑M1/149‑1 (MQ=255) CGCGGGCAAGCCCGCTCCCCCAGCACTGCCACCAGATTCACGCCCGCCG‑C‑C‑TACCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGct > 7:82672‑M1/1‑148 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgcg < 6:234760‑M1/149‑1 (MQ=255) CCCGCGCCCACAGCAAGGGCACCAGATTCACGCCCGGCG‑C‑C‑TAGCGTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgcgc > 8:34580‑M1/1‑149 (MQ=255) CCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCAt < 1:252947‑M1/147‑1 (MQ=255) CCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCAt > 2:252947‑M1/1‑147 (MQ=255) CACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgca > 8:194141‑M1/1‑149 (MQ=255) CACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATg < 2:99083‑M1/147‑1 (MQ=255) cccacaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgcgc < 6:127282‑M2/71‑1 (MQ=255) cccacaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgcgc > 5:127282‑M2/73‑143 (MQ=255) acaGGAATGGCACCAGATTAAAGCCCGGCGCC‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGGTAAGAGGCCGTTACTGCCAATAAAAGCATCAGCG‑CCCGATGCGCCGCTATGCCCGCGCCACCCGCTGGGCttcttc > 1:169559/1‑135 (MQ=255) ACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑CATATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCATCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCttcttc < 1:165710‑M1/135‑1 (MQ=255) ACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCttcttc > 2:165710‑M1/1‑134 (MQ=255) acaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATg < 8:167592‑M2/77‑1 (MQ=255) acaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATg > 7:167592‑M2/70‑146 (MQ=255) cACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTggg > 1:148787/1‑117 (MQ=255) cACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTggg < 2:148787/117‑1 (MQ=255) ccAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGcac < 2:31271/149‑1 (MQ=255) gATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACAt > 7:231791/1‑148 (MQ=255) cGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCAt > 2:24118/1‑120 (MQ=255) cGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCCCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCAt < 1:24118/120‑1 (MQ=255) c‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATa > 4:77703/1‑133 (MQ=255) c‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATa < 3:77703/133‑1 (MQ=255) tATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTg > 1:213234/1‑148 (MQ=255) tcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGTGCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGa > 1:77276‑M2/36‑149 (MQ=255) ctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGTGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGacac > 2:32357‑M2/34‑149 (MQ=255) ctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGacac < 2:74135‑M2/116‑1 (MQ=255) tgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTc < 8:231791‑M2/119‑1 (MQ=255) cgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCgcc < 1:99083‑M2/135‑1 (MQ=255) agaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCgccctgcc < 2:213234‑M2/140‑1 (MQ=255) agaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCgccctgcc > 6:116839‑M2/10‑149 (MQ=255) ggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTc < 2:183048‑M2/143‑1 (MQ=255) gccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTc > 7:201760‑M2/6‑148 (MQ=255) | TGCGGAACAAGGGCAAGGAAGAGTAACTACTCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCG‑C‑C‑TATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCG‑CCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTC > NC_002947/5382355‑5382638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |