New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5630729 = | 38 (0.900) | 3 (0.070) | 3/250 | NT | 7.8% | coding (259/3954 nt) | putA | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
? | NC_002947 | 5630773 = | 34 (0.830) | coding (303/3954 nt) | putA | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
ACTCAACGGTCATGCCAGCAACCCGGCCGACGATGCCGGTGAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTCGGCGGCCGTGCCGGTATCGTCCAGGGCC > NC_002947/5630626‑5630915 | gttgcgcagtttttcggcaatgcttgcggccagcttgttggtggcgtcggccagcggcgcgctcaggcgcgcctgctccagcagcatcggcaccacttcctgcTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑g > 1:14642‑M1/104‑148 (MQ=255) cAGCAACCCGGCCGACGATGCCGGTGAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGa > 7:172490/1‑149 (MQ=255) cAGCAACCCGGCCGACGATGCCGGTGAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGa < 8:164442/149‑1 (MQ=255) cccGGCCGACGATGCCGGTGAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGAtgctgc < 5:92862/149‑1 (MQ=255) gCCGACGATGCCGGTGAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGa < 8:103499/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGTTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAg > 1:157041/1‑149 (MQ=255) aaGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAgc > 5:40681/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGcgcc > 3:46041/1‑149 (MQ=255) gCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGAtgctg > 4:181597/1‑120 (MQ=255) gCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGAtgctg < 3:181597/120‑1 (MQ=255) ccGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTg > 7:25366/1‑149 (MQ=255) ccGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTg < 2:216635/149‑1 (MQ=255) acaGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGAc > 1:246754/1‑149 (MQ=255) ccaccaGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCTGGCGGGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGcca < 8:172490/149‑1 (MQ=255) ccaccaGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGcca > 1:68039/1‑149 (MQ=255) ccaccaGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGcca > 1:171685/1‑149 (MQ=255) tcaggcgcgcctgctccagcagcatcggcaccacttcctgcTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑g < 8:94501‑M1/48‑1 (MQ=255) tcaggcgcgcctgctccagcagcatcggcaccacttcctgcTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑g > 7:94501‑M1/42‑89 (MQ=255) tCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGATGGAGGGAAATTGTGAGAGCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGc > 1:83759/1‑149 (MQ=255) tCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGcgccg < 3:152689/122‑1 (MQ=255) tCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGcgccg > 4:152689/1‑122 (MQ=255) aTTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGc > 7:147600/1‑147 (MQ=255) gagaGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGc > 3:155812/1‑149 (MQ=255) gCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACt < 2:68039/147‑1 (MQ=255) gCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACt < 2:171685/147‑1 (MQ=255) ccGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTgcg < 8:147600/149‑1 (MQ=255) ccGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTgc < 2:3934/148‑1 (MQ=255) ctgctcggggcggcggtaggcggcggtgatcgccgagcgcagtaccgaGCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGa > 7:94501‑M2/49‑89 (MQ=255) ctgctcggggcggcggtaggcggcggtgatcgccgagcgcagtaccgaGCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGa < 8:94501‑M2/41‑1 (MQ=255) ctcggggcggcggtaggcggcggtgatcgccgagcgcagtaccgaGCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAAc > 1:14642‑M2/46‑148 (MQ=255) aCTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTgcgc < 7:250001/139‑1 (MQ=255) aCTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTgcgc > 8:250001/1‑139 (MQ=255) tGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAg > 8:108595/1‑148 (MQ=255) ggCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTcggc < 2:246754/148‑1 (MQ=255) gCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTcggcgg > 7:217970/1‑149 (MQ=255) cACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAg > 7:202950/1‑130 (MQ=255) ccgccgCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTCGGCGGCCGTGcc > 1:233454/1‑149 (MQ=255) ccgccTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑ACGCTGCTGCTGGAGCCGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCCCCCACAAGCTGGCCGCCAGCATTGCCGAAAAACGGCGCCACCAGACAAGCGTCGGCGGCCGTGCCgg > 1:165570/1‑148 (MQ=255) cgccTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTCGGCGGCCGTGCCGGTa < 7:108595/149‑1 (MQ=255) ccgccgCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTCGGCGGCCGTGCCGGTATCGTc > 6:162384/1‑148 (MQ=255) ccccGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTCGGCGGCCGTGCCGGTATCGTCCAGGGcc > 8:24156/1‑149 (MQ=255) | ACTCAACGGTCATGCCAGCAACCCGGCCGACGATGCCGGTGAAGTCCAGGCCGACCACAGCCACCAGTGCTTCCTCGAATTTGCCGAGAGCATCTTGCCGCAGTCGGTACTGCGCTCGGCGATCACCGCCGCCTACCGCCGCCCCGA‑GCA‑GGAAGTGGTG‑‑‑CCGATGCTGCTGGAGCAGGCGCGCCTGAGCGCGCCGCTGGCCGACGCCACCAACAAGCTGGCCGCAAGCATTGCCGAAAAACTGCGCAACCAGAAAAGCGTCGGCGGCCGTGCCGGTATCGTCCAGGGCC > NC_002947/5630626‑5630915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |