New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1723318 = | 30 (0.610) | 4 (0.080) | 3/248 | NT | 11.8% | coding (1951/3066 nt) | PP_1517 | RND family transporter |
? | NC_002947 | 1723400 = | 31 (0.650) | coding (2033/3066 nt) | PP_1517 | RND family transporter |
CTATGTGGGCACCGGTTCGCCGCGCTTCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGTGCGCGAGAACCC > NC_002947/1723173‑1723463 | cTATGTGGGCACCGGTTCGCCGCGCTTCTACCTTCCGTTGGACCAGCAACTGCAGGCATCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCTAATGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCATGTGGCTGATCAGCGCGGTGGACCAGCAGt > 7:123602/1‑149 (MQ=255) cACCGGTTCGCCGCGCTTCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACcagca < 1:41814/138‑1 (MQ=255) cACCGGTTCGCCGCGCTTCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACcagca > 2:41814/1‑138 (MQ=255) ttCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCTCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTc > 3:88358/1‑147 (MQ=255) ttCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTccc < 3:252962/128‑1 (MQ=255) ttCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTccc > 4:252962/1‑128 (MQ=255) ttGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCTAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGaaaa < 2:172679/149‑1 (MQ=255) cAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCCGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGgccc > 6:204641/1‑149 (MQ=255) cAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACgg < 6:293390/146‑1 (MQ=255) cAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACgg > 5:293390/1‑146 (MQ=255) gCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGgcccgc > 7:255442/1‑149 (MQ=255) ttcttcccagtccaggtgcacgttcaccacatgcgggttctcgcgcaccttgtccgccacttcacgggccagtgcacgggccttctcgatatgctcgcCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGgcccgccc < 6:160627‑M1/51‑1 (MQ=255) cccagtccaggtgcacgttcaccacatgcgggttctcgcgcaccttgtccgccacttcacgggccagtgcacgggccttctcgatatgctcgcCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTggg < 7:172877‑M1/56‑1 (MQ=255) ggCAGCCAGCTTTGCTCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCt < 4:88358/149‑1 (MQ=255) cagccagcTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGCTGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTAc < 8:82832/149‑1 (MQ=255) cagccagcTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTAc < 8:255442/149‑1 (MQ=255) gcTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTg < 4:264509/149‑1 (MQ=255) ccAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTcc < 6:304807/149‑1 (MQ=255) tgcgggttctcgcgcaccttgtccgccacttcacgggccagtgcacgggccttctcgatatgctcgcCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTg > 5:160627‑M1/68‑149 (MQ=255) tgcgggttctcgcgcaccttgtccgccacttcacgggccagtgcacgggccttctcgatatgctcgcCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTg > 8:172877‑M1/68‑149 (MQ=255) tgCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGc > 1:294501/1‑149 (MQ=255) tGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAg > 2:18128/1‑149 (MQ=255) ccAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCggg < 8:190361/84‑1 (MQ=255) aaGTCGATGGAAGTCCGCGAGCGGCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGTACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCGGGGTCAAGCGCCTTGTAAACGGCCCGCGCGTGGTCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCatat < 8:123602/149‑1 (MQ=255) gATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCgag > 1:106952/1‑148 (MQ=255) ccGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCggg > 5:181984/1‑119 (MQ=255) ccGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCggg < 6:181984/119‑1 (MQ=255) tGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGt > 3:17884/1‑149 (MQ=255) tGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGa > 4:32168/1‑148 (MQ=255) aGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGGGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCGCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAg < 3:48087/147‑1 (MQ=255) aGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTTCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGt < 1:18128/149‑1 (MQ=255) aGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAg > 4:48087/1‑147 (MQ=255) aGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGt > 7:36192/1‑149 (MQ=255) gCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCTCTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGTg > 8:95920/1‑149 (MQ=255) ggTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGAc > 7:51705/1‑139 (MQ=255) ggTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGAc < 8:51705/139‑1 (MQ=255) gTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATCTCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGTGCGCga < 6:204166/149‑1 (MQ=255) cagcagTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGTGCGCGAGAAccc > 5:62553/1‑149 (MQ=255) | CTATGTGGGCACCGGTTCGCCGCGCTTCTACCTGCCGTTGGACCAGCAACTGCCGGCAGCCAGCTTTGCCCAGTTCGTGGTGCTGGCCAAGTCGATGGAAGACCGCGAGCGCCTGCGCAGTTGGCTGATCAGCACGGTGGACCAGCAGTTCCCCGACCTGCGCGCCCGGGTCACGCGCCTGGAAAACGGCCCGCCCGTGGGCTACCCGGTGCAGTTCCGGGTCACTGGCGAGCATATCGAGAAGGCCCGTGCACTGGCCCGTGAAGTGGCGGACAAGGTGCGCGAGAACCC > NC_002947/1723173‑1723463 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |