New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4822859 = | 44 (0.890) | 3 (0.070) | 3/238 | NT | 6.8% | coding (8331/12954 nt) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
? | NC_002947 | 4822919 = | 41 (0.890) | coding (8271/12954 nt) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
CAGCCAATGCCTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATCGACAGGATCGA > NC_002947/4822717‑4823005 | cAGCCAATGCCTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGAccc < 1:258739/149‑1 (MQ=255) tcaacgttgcccgggtcggcgtgcaggacaacttcttcgagctggggggcgactcgatcctgtcgattcaggtggtcagccgcgcccgccaggccggcttgcaattcaccccgcgcgacctgttccagcatcagaccatcCAGACCCTg < 1:29542‑M1/9‑1 (MQ=255) ccgttctgcccggggcggcgtgcaggacaacttcttcgagctggggggcgactcgatcctgtcgattcaggtggtcagccgcgcccgccaggccggcttgcaattcaccccgcgcgacctgttccagcatcagaccatcCAGACCCTg > 7:261549‑M1/140‑148 (MQ=255) aaTGCCTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGACACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTc > 5:196297/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑Ac > 3:60276/1‑149 (MQ=255) cTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTg < 8:264157/141‑1 (MQ=255) cTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTg > 7:264157/1‑141 (MQ=255) cccgggtcggcgtgcaggacaacttcttcgagctggggggcgactcgatcctgtcgattcaggtggtcagccgcgcccgccaggccggcttgcaattcaccccgcgcgacctgttccagcatcagaccatcCAGACCctc < 8:261549‑M1/9‑2 (MQ=255) cAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGAccc > 6:298097/1‑134 (MQ=255) cAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGAccc < 5:298097/134‑1 (MQ=255) cAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTc > 7:276270/1‑149 (MQ=255) aCCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGc > 1:270455/1‑123 (MQ=255) aCCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGc < 2:270455/123‑1 (MQ=255) aCCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGACACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCgctgag < 6:196297/149‑1 (MQ=255) ccAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCgctgagc < 4:167420/149‑1 (MQ=255) cAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCgctgagct < 7:127478/149‑1 (MQ=255) ggTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAAc > 7:65163/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAgg > 7:134627/1‑149 (MQ=255) gactcgatcctgtcgattcaggtggtcagccgcgcccgccaggccggcttgcaattcaccccgcgcgacctgttccagcatcagaccatcCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCt > 3:133573‑M1/91‑149 (MQ=255) gcaCGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACca > 7:282597/1‑132 (MQ=255) gcaCGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACca < 8:282597/132‑1 (MQ=255) gatcctgtcgattcaggtggtcagccgcgcccgccaggccggcttgcaattcaccccgcgcgacctgttccagcatcagaccatcCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAgg > 3:289349‑M1/86‑140 (MQ=255) gatcctgtcgattcaggtggtcagccgcgcccgccaggccggcttgcaattcaccccgcgcgacctgttccagcatcagaccatcCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAgg < 4:289349‑M1/55‑1 (MQ=255) ttCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATg > 6:25622/1‑149 (MQ=255) tCCAGTG‑TGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCCGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCt > 4:274265/1‑149 (MQ=255) cAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTg < 8:134627/149‑1 (MQ=255) cAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTg < 4:215676/149‑1 (MQ=255) aCGTCACTGTCGAAGACCCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGt < 3:202956/149‑1 (MQ=255) aCTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAAtt < 4:60276/149‑1 (MQ=255) cTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCggg > 5:297312/1‑141 (MQ=255) cTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCggg < 6:297312/141‑1 (MQ=255) tCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGc < 8:276270/147‑1 (MQ=255) aCCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGcc > 3:198894/1‑149 (MQ=255) cAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAg > 2:139729/1‑85 (MQ=255) cAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAg < 1:139729/85‑1 (MQ=255) gTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTggc > 1:177130/1‑149 (MQ=255) cGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCgg < 8:65163/148‑1 (MQ=255) ggCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGc < 4:198894/148‑1 (MQ=255) gCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCgg > 2:300760/1‑146 (MQ=255) gCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCgg < 1:300760/146‑1 (MQ=255) aaCCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGaccac > 7:106639/1‑149 (MQ=255) aaCCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGaccac < 6:64134/149‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCCAACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGaccac > 1:193990/1‑148 (MQ=255) cccGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAAtt < 2:244471/116‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAAtt > 1:244471/1‑116 (MQ=255) cccGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGaccac < 2:193990/147‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCt < 2:177130/149‑1 (MQ=255) ctggccctggcGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATc > 5:115077/1‑148 (MQ=255) gccctggcGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATCGAc < 8:106639/148‑1 (MQ=255) cctggcGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATCGACAg > 1:242933/1‑148 (MQ=255) cgcAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATCGACAGGATCGa < 3:274265/149‑1 (MQ=255) gcAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATCGACAGGATc > 7:251948/1‑146 (MQ=255) | CAGCCAATGCCTGTTCAAGGGTGGCCTCAACCAAGGGTTGGCGCACCTCCAGCAGCACGGTCTGGTTCCAGTGTTGCGGCTGTGGCACGTCACTGTCGAAGAACCAGTGCTGGATCGGCGTCAACCCGGCCTGGCCCTGGCGCAGACCCTGCTCC‑ACCGTGCTCGCGGCTTCGCTGAGCTGAACCACAGTTGCCAGGGTCTGGATGGTCTGATGCTGGAACAGGTCGCGCGGGGTGAATTGCAAGCCGGCCTGGCGGGCGCGGCTGACCACCTGAATCGACAGGATCGA > NC_002947/4822717‑4823005 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |