New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5238639 | 53 (1.070) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 7.4% | coding (151/204 nt) | PP_5701 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 5238748 | 48 (1.000) | intergenic (+56/‑225) | PP_5701/PP_4616 | hypothetical protein/hypothetical protein |
GACCGATTGCCGCAAGGCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCACCGTCGCAGCC > NC_002947/5238498‑5238783 | gACCGATTGCCGCAAGGCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGggcc > 8:270193/1‑149 (MQ=255) ccGATTGCCGCAAGGCACCTTGAGGCATGGCAGGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCTCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGggccgg < 4:35029/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCAAGGCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCct > 1:212929/1‑149 (MQ=255) cAAGGCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTcgcg < 5:108166/149‑1 (MQ=255) ggCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCACTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGc < 7:160152/149‑1 (MQ=255) gCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCt < 3:60589/149‑1 (MQ=255) aCCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGggccgg > 6:190502/1‑133 (MQ=255) aCCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGggccgg < 5:190502/133‑1 (MQ=255) ggCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAgg < 4:34991/121‑1 (MQ=255) ggCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAgg > 3:34991/1‑121 (MQ=255) cATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTccc < 2:212929/149‑1 (MQ=255) aTGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCca < 1:269448/149‑1 (MQ=255) gCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAg > 5:155477/1‑149 (MQ=255) aCGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCg < 1:203143/149‑1 (MQ=255) aTGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGACAAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCAGTAAGGGCCGGCCTCTTCGCGTGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGGcaaca > 4:230845/1‑149 (MQ=255) tGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTcacca > 6:217161/1‑148 (MQ=255) cTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACag > 8:130965/1‑147 (MQ=255) gAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGcaggtccggccctttcgcgggcacgcccgctcccacaggtactgtgcaagtctt > 4:119379‑M1/1‑94 (MQ=255) gAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGccc > 1:276667/1‑122 (MQ=255) gAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGccc < 2:276667/122‑1 (MQ=255) gcgcTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCct > 1:35207/1‑103 (MQ=255) gcgcTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCct < 2:35207/103‑1 (MQ=255) gcTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGAc < 5:217161/149‑1 (MQ=255) gcTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGAc > 3:124845/1‑149 (MQ=255) tGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACtt > 3:127499/1‑149 (MQ=255) cGGCCGCTGCTTGAGGCCGCGCTGGTTCAGGTGAAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTCAGGCTGGTTACCGGGCCGGTAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCCCCGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACtt < 4:39513/147‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGca < 7:130965/149‑1 (MQ=255) ccTCTACTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATTACCGCTGAGCCAAGGAACTTAGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGACCGCTCACACACAGGTCACCACAGTAGTCAAGAATTGcaca > 4:276719/1‑149 (MQ=255) gAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCtgt < 4:124845/148‑1 (MQ=255) aGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGACCTTCGCACTAAGGCGGGTTCCCGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCtgtg < 6:258275/148‑1 (MQ=255) aGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGcaggtccggccctttcgcgggcacgcccgctcccacaggtactgtgcaagtcttgactactgtggtgaccgctgtg < 3:119379‑M1/148‑77 (MQ=255) aGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCtgtg < 7:78197/148‑1 (MQ=255) gTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCtgttg < 3:230845/148‑3 (MQ=255) gTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTgg > 3:290691/1‑148 (MQ=255) cgcTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCgg < 4:290691/149‑1 (MQ=255) gcTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGAGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGGCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGGGGGCGCggg > 7:139402/1‑149 (MQ=255) gtGGTTCAGGTGCAGATGTCCTCTGAGCCCTGGAACTTCTCACTAAGGCTGTTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGGGTCACCTCAGTAGTCAAGACTTGCACAGTTCCTGTGGGAGCGGGc < 3:276719/148‑1 (MQ=38) gtttgaGGTGCAGCTGTCCTCTGAGCAGAGGAACTTCGCACTAAGGAGGGTTAACGGGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 8:139402/144‑1 (MQ=37) gCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGACCGCGa > 5:270993/1‑148 (MQ=255) cAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaaa < 6:155477/149‑1 (MQ=255) aTGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGcaggtccggccctttcgcgggcacgcccgctcccacaggtactgtgcaagtcttgactactgtggtgaccgctgtgggagcgg > 4:255233‑M1/1‑49 (MQ=255) aTGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGcaggtccggccctttcgcgggcacgcccgctcccacaggtactgtgcaagtcttgactactgtggtgaccgctgtgggagcgg < 3:255233‑M1/132‑84 (MQ=255) aTGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAggg > 5:232958/1‑149 (MQ=255) cGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACCGTACCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCggc > 7:294175/1‑148 (MQ=255) gCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGAc > 2:117443/1‑149 (MQ=255) ccAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCCCACCCCCAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACACTACCATTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACGGCCCGACCTGCCGa > 8:108632/1‑149 (MQ=38) cAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCCCTCCCACAGCCGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCCAAAGGGCCCGCCCTGCCGa > 3:150416/1‑148 (MQ=38) cGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATcc < 2:108801/148‑1 (MQ=255) cACTAAGGCGGGTTACCGGGCCGCCTGGCCGGGCCTCTTCGCGGGCTCCCCGGCGCCCACCGCGGTCACCACAGATCCCAACACTTGCACATTCCCGGTGGGTGCGGGCGAGCCCGCTAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCg < 4:150416/149‑1 (MQ=255) gCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGc < 6:270993/149‑1 (MQ=255) cTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCa < 6:232958/149‑1 (MQ=255) cTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCa < 4:127499/149‑1 (MQ=255) tGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCGCAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCAc > 1:84865/1‑149 (MQ=255) gTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGa > 6:305940/1‑92 (MQ=255) gTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGa < 5:305940/92‑1 (MQ=255) aaCGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGca > 4:55945/1‑75 (MQ=255) aaCGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGca < 3:55945/75‑1 (MQ=255) aaCGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCGGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCACCGTCg > 5:169404/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCACCGTCGCa < 7:108632/149‑1 (MQ=255) gCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCACCGTCGCAgcc > 1:104491/1‑149 (MQ=255) | GACCGATTGCCGCAAGGCACCTTGAGGCATGGCACGATGCATGAACTGGAGGCGCTGCGGCCTCTTCTTGAGTCGGCGCTGGTTCAGGTGCAGATGTCCGCTGAGCCCAGGAACTTCGCACTAAGGCTGGTTAACGTGCCGGAAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGCGGTCACCACAGTAGTCAAGACTTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGACCTGCCGACAAATATCCCCGGCCATGCACCGTCGCAGCC > NC_002947/5238498‑5238783 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |