New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 266739 = | 58 (1.170) | 4 (0.090) | 4/242 | NT | 7.6% | coding (449/1260 nt) | PP_0215 | two‑component system response regulator |
? | NC_002947 | 266776 = | 42 (0.900) | coding (486/1260 nt) | PP_0215 | two‑component system response regulator |
ACCTGGATAACCTGCGCAAGCGCCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTG > NC_002947/266628‑266915 | gcgatcagcaccgccgtaacttgcggatcgttacgcacttcctcttcgagcaccctgaggttcaggccctgggggttcagcgctcgattgatcgcaacctgcacatcggccAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGctgctg > 2:135177‑M1/112‑149 (MQ=255) aTAACCTGCGCAAGCGCCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGAt < 5:176326/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCAAGCGCCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGc < 4:220689/149‑1 (MQ=255) gcAAGCGCCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGtt < 6:18280/149‑1 (MQ=255) cAAGCGCCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTg < 7:208677/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGa > 8:176419/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGa < 3:154688/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGa < 1:283082/148‑1 (MQ=255) cgcCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGa > 2:283082/1‑148 (MQ=255) cgcCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGAt < 7:46994/149‑1 (MQ=255) aaGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATc > 5:7386/1‑147 (MQ=255) ttGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCt < 5:324293/149‑1 (MQ=255) ctgGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAAc < 8:283252/147‑1 (MQ=255) ctgGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAAc < 7:176419/147‑1 (MQ=255) ggCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGACCAATCGA‑GCGCTGAAcccc > 6:26352/1‑148 (MQ=255) ccGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGAtg < 5:132148/114‑1 (MQ=255) ccGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGAtg < 5:136951/114‑1 (MQ=255) ccGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGAtg > 6:136951/1‑114 (MQ=255) ccGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGAtg > 6:132148/1‑114 (MQ=255) cGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAgg > 7:119525/1‑149 (MQ=255) gaggagATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGaa > 6:301048/1‑149 (MQ=255) tCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAgg < 3:244240/149‑1 (MQ=255) tCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAgg < 6:7386/149‑1 (MQ=255) tCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGACCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAgg < 5:26352/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAGCCTCAGGGTGc > 4:60096/1‑149 (MQ=255) cTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGc > 2:177171/1‑149 (MQ=255) cTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGc < 7:16635/149‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAgg < 7:230055/148‑1 (MQ=255) ccGGCGGTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGa < 8:101738/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGt < 1:177171/149‑1 (MQ=255) gTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGc < 8:119525/149‑1 (MQ=255) gTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGAGCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGc > 3:10712/1‑149 (MQ=255) aGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCAACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAAc > 1:60126/1‑149 (MQ=255) gggggCCACCCTGTCAGCCTAGCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATc < 2:280669/149‑1 (MQ=255) ccACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCaa < 7:193746/149‑1 (MQ=255) cACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAg > 8:208542/1‑149 (MQ=255) ccTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTg > 4:101728/1‑149 (MQ=255) tACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCt > 7:239030/1‑149 (MQ=255) ttGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATc > 7:58944/1‑149 (MQ=255) cagcagcggcccaccatcggcggtagcgcgacgctgctGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGc > 2:135177‑M2/39‑149 (MQ=255) gcagcggcccaccatcggcggtagcgcgacgctgctGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCaa < 6:119114‑M2/91‑1 (MQ=255) gcagcggcccaccatcggcggtagcgcgacgctgctGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCaa > 5:119114‑M2/37‑127 (MQ=255) cagcggcccaccatcggcggtagcgcgacgctgctGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTgc < 1:135177‑M2/114‑1 (MQ=255) CAGCGTCGCGCTACCGACGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑TCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTgc < 6:56677‑M1/149‑1 (MQ=255) gcgcTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCaa < 7:208542/148‑1 (MQ=255) cTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGATGCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAg > 1:241253/1‑149 (MQ=255) ccgccgATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCg > 8:191519/1‑149 (MQ=255) tggtggGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGc < 2:60126/149‑1 (MQ=255) cgctgctGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTg > 6:237352‑M2/8‑147 (MQ=255) | ACCTGGATAACCTGCGCAAGCGCCTGCAAGAGTTGCTGCTGGCCGTTGGCGAGGAGATCGCCTGCCCGGTACCGGCGTTGCAGGCGGGGGCCACCCTGTCAGCCTACCTTGAGCAGCGTCGCGCTACCGCCGATGGTGGGCCGCTGCTGGCCGATGTGCAGGTTGCGATCAATCGA‑GCGCTGAACCCCCAGGGCCTGAACCTCAGGGTGCTCGAAGAGGAAGTGCGTAACGATCCGCAAGTTACGGCGGTGCTGATCGCTGCCGCCAATAGTGCGGCATTGCACCGTG > NC_002947/266628‑266915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |