New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1596059 = | 43 (0.870) | 6 (0.130) | 6/246 | NT | 14.2% | coding (952/1335 nt) | dctD‑III | C4‑dicarboxylate transport transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 1596148 = | 31 (0.650) | coding (863/1335 nt) | dctD‑III | C4‑dicarboxylate transport transcriptional regulator |
AAGCTTTTCACCGGCAGCACGGGCAAAGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTCGTCGAGGAACACG > NC_002947/1596000‑1596294 | ggggcaaaccagagcatcagcgtcgacctgcgcatcattgctgcgaccaagcctgacctGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCa > 6:71104‑M1/60‑149 (MQ=255) ttttCACCGGCAGCACGGGCAAAGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGCCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGt > 1:54274/1‑148 (MQ=255) gtttCCCCGGCAGCACGGGCATAGTGTTCGAACAGCAGCGTAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTc < 8:111452/148‑1 (MQ=255) aaaccagagcatcagcgtcgacctgcgcatcattgctgcgaccaagcctgacctGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGt < 2:206068‑M1/93‑1 (MQ=255) aaaccagagcatcagcgtcgacctgcgcatcattgctgcgaccaagcctgacctGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCa > 1:206068‑M1/55‑149 (MQ=255) gcagcaCGGGCAAAGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCCGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGt < 5:259119/149‑1 (MQ=255) aaGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAatgat < 2:78332/149‑1 (MQ=255) aGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAgg > 4:107291/1‑125 (MQ=255) aGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAgg < 3:107291/125‑1 (MQ=255) cGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAgg > 1:186215/1‑149 (MQ=255) gAATAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTc > 7:295290/1‑130 (MQ=255) gAATAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTc < 8:295290/130‑1 (MQ=255) gAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGt > 1:112182/1‑149 (MQ=255) gcagcGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACg < 3:30590/149‑1 (MQ=255) cctccCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGCGCCTCCTCGAGCACGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGCTGCGCAGGTCGACGCTGCTGCTCTgg > 5:106021/1‑149 (MQ=255) tgacctgctcgaggaggctcgtgccgggcgcttccgcgaagacctggcctaccgcctgaacgtcgccgaattgcgcctggcaccgctgcgcgagcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGttt > 1:206068‑M2/96‑149 (MQ=255) ccgccgCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGttt < 2:112182/148‑1 (MQ=255) acctgctcgaggaggctcgtgccgggcgcttccgcgaagacctggcctaccgcctgaacgtcgccgaattgcgcctggcaccgctgcgcgagcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGttt < 2:206068‑M2/54‑1 (MQ=255) tgctcgaggaggctcgtgccgggcgcttccgcgaagacctggcctaccgcctgaacgtcgccgaattgcgcctggcaccgctgcgcgagcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGcccc > 6:71104‑M2/91‑149 (MQ=255) TCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAg < 8:216360‑M1/149‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGATTGCCCCCAGGCGCTcc < 2:186215/149‑1 (MQ=255) gccgggcgcttccgcgaagacctggcctaccgcctgaacgtcgccgaattgcgcctggcacgagcctcctcgagcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACtt > 5:247279‑M2/76‑149 (MQ=255) tgccgggcgcttccgcgaagacctggcctaccgcctgaacgtcgccgaattgcgcctggcaccgctgcgcgagcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTc < 5:71104‑M2/75‑1 (MQ=255) ccAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACtt < 3:26793/148‑1 (MQ=255) ccAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTc < 5:241775/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGc < 1:238123/129‑1 (MQ=255) cAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGCCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGc > 2:238123/1‑129 (MQ=255) aGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCA‑GCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGc > 6:29802/1‑149 (MQ=255) ttCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAg > 3:45105/1‑126 (MQ=255) ttCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAg < 4:45105/126‑1 (MQ=255) cgcgaagacctggcctaccgcctgaacgtcgccgaattgcgcctggcacgagcctcctcgagcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTAt < 6:247279‑M2/86‑1 (MQ=255) cGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCA‑GCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTg < 5:29802/149‑1 (MQ=255) ggTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTg > 1:213022/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCAc < 1:218896/130‑1 (MQ=255) ccAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCAc > 2:218896/1‑130 (MQ=255) ttCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTcc < 5:284949/103‑1 (MQ=255) ttCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTcc > 6:284949/1‑103 (MQ=255) ttCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACtt < 2:226059/108‑1 (MQ=255) ttCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACtt > 1:226059/1‑108 (MQ=255) gcgGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTTGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCt < 6:240561/113‑1 (MQ=255) gcgGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCt > 5:240561/1‑113 (MQ=255) ggAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCGGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGc < 2:213022/149‑1 (MQ=255) cccGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGctct > 3:176450/1‑149 (MQ=255) gCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGATCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTtcgtc > 2:56407/1‑149 (MQ=255) cctcctCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCACTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTtcgtc > 5:1242/1‑148 (MQ=255) ctcctcGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGGGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTGCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTGGTCGa < 2:54274/149‑1 (MQ=255) cctcGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTCGTCGAg > 3:20472/1‑148 (MQ=255) ctcGAGCAGGTCACGCTGGCTCGCAGCACTGCCGCGCCGGTCGACGCTGCTGCGCTGGTTGGCCCCCAGCCGCTCCACCTGCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGCTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTCGTCGAg < 8:280726/147‑1 (MQ=255) agcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTtcgtcg < 8:32756‑M2/138‑1 (MQ=255) agcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTtcgtcg > 7:32756‑M2/4‑141 (MQ=255) gcAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTCGTCGAGGAACACg < 3:83685‑M2/147‑1 (MQ=255) cAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTGCGGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTCGTCGAGGAACACg < 1:56407‑M2/148‑1 (MQ=255) | AAGCTTTTCACCGGCAGCACGGGCAAAGTGTTCGAACAGCAGCGGAATGTCCTCCCGCCGCTCGCGCAGCGGTGCCAGGCGCAATTCGGCGACGTTCAGGCGGTAGGCCAGGTCTTCGCGGAAGCGCCCGGCACGAGCCTCCTCGAGCAGGTCAGGCTTGGTCGCAGCAATGATGCGCAGGTCGACGCTGATGCTCTGGTTTGCCCCCAGGCGCTCCAACTTCTGCTCCTGTATCACCCGCAACAGCTTGGCCTGTTG‑GGCCAGGGGCATGCTCTCGATTTCGTCGAGGAACACG > NC_002947/1596000‑1596294 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |