New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2348248 | 44 (0.890) | 4 (0.090) | 4/232 | NT | 8.3% | coding (455/3084 nt) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
? | NC_002947 | = 2348288 | 49 (1.100) | coding (495/3084 nt) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
TATCGCCTGCCGGAAAAAGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGCCAACAACTACCAGG > NC_002947/2348142‑2348433 | tATCGCCTGCCGGAAAAAGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtc < 1:289764‑M2/149‑3 (MQ=255) cGCCTGCCGGAAAAAGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGC‑AGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccgg < 4:206287‑M2/148‑6 (MQ=255) ccGGAAAAAGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCATCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccggtatcga < 5:22210‑M2/149‑12 (MQ=255) cGGAAAAAGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccggtatcgac < 7:276699‑M2/149‑13 (MQ=255) aaaaaGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGc > 3:150777/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTG‑CAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTg < 3:206287/149‑1 (MQ=255) aGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTgg < 2:263416/149‑1 (MQ=255) gCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGc < 2:122439/149‑1 (MQ=255) cTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGcc > 8:22309/1‑148 (MQ=255) cTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGcc > 5:68443/1‑148 (MQ=255) cGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGAGAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCaa < 4:150777/147‑1 (MQ=255) aCCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTg < 2:289764/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTg > 6:219774/1‑147 (MQ=255) gtggtgGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTc < 4:180189/149‑1 (MQ=255) tggtggAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCg < 7:22309/149‑1 (MQ=255) tggAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTc < 5:219774/149‑1 (MQ=255) tCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCAt > 8:272047/1‑149 (MQ=255) ccACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATg > 5:10681/1‑149 (MQ=255) ccgccgTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCGCCGGTATCGCCGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATgcgc > 6:322598/1‑149 (MQ=255) cgTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCtgt < 6:68443/149‑1 (MQ=255) cTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCCGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTg > 5:241555/1‑148 (MQ=255) tgtgGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGa < 6:287844/147‑1 (MQ=255) gTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAg > 8:286110/1‑148 (MQ=255) tttGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCa < 8:4258/149‑1 (MQ=255) tGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAg < 6:10681/148‑1 (MQ=255) ccAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATg > 6:146116/1‑149 (MQ=255) cAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATgg > 3:161435/1‑149 (MQ=255) gACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTCTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCgg > 3:142832/1‑149 (MQ=255) aCAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCggg < 4:142832/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGcgcg > 3:252739/1‑149 (MQ=255) tGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccggtatcgacaggctgtcgctggcaaaccccacataggccacggcggtggagtctcctgccgacagttccaccaccgggtcgtaggctttttcc < 5:82886‑M2/149‑97 (MQ=255) tGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCggg > 2:285368/1‑149 (MQ=255) tCGATACGGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCgggg < 2:122612/148‑1 (MQ=255) tCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCggg < 4:1468/147‑1 (MQ=255) gATACCGTAACTTAGCTATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccggtatcgacaggctgtcgctggcaaaccccacataggccacggcggtggagtcacctgccgacagttccaccaccgggtcgtaggctttttccggc > 6:82886‑M2/1‑49 (MQ=255) gATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccggtatcgacaggctgtcgctggcaaaccccacataggccacggcggtggagtcacctgccgacagttccaccaccgggtcgtaggctttttccgg < 1:184299‑M2/147‑99 (MQ=255) gATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTg < 6:22210/148‑1 (MQ=255) gATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGa > 5:281806/1‑149 (MQ=255) cGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGAcggcg > 8:150756/1‑149 (MQ=255) cGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGAcggcg > 2:261454/1‑149 (MQ=255) gAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCtccggtatcgacaggctgtcgctggcaaaccccacataggccacggcggtggagtcacctgccgacagttccaccaccgggtcgtaggctttttccggcaggcgata > 2:184299‑M2/1‑42 (MQ=255) gAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGAcggcggc < 5:146116/149‑1 (MQ=255) cTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGa < 1:205586/149‑1 (MQ=255) aGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGt > 3:54926/1‑149 (MQ=255) ttACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGgcg > 8:205885/1‑148 (MQ=255) ccTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAgg > 8:211379/1‑149 (MQ=255) ccTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGAGGCGCAgg > 5:71810/1‑149 (MQ=255) cTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGAcggcggc > 6:117686/1‑134 (MQ=255) cTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGAcggcggc < 5:117686/134‑1 (MQ=255) cTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGc > 1:209650/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCg < 8:92501/147‑1 (MQ=255) gggTGGTGGAACCGCAGTGCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGGCGGGCGGCGGGCAGCGCCGGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGTGCAGGCGGTACGt < 5:322598/149‑1 (MQ=255) gtggtgGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGc < 4:252739/149‑1 (MQ=255) ggAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCgg > 7:28131/1‑137 (MQ=255) ggAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCgg < 8:28131/137‑1 (MQ=255) gAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGCcaacaa > 2:231015/1‑149 (MQ=255) cGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGCGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGCCAACAACTAc < 7:272047/149‑1 (MQ=255) cAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGCCAACAACTACCa < 4:161435/149‑1 (MQ=255) ttCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGCCAACAACTACCAgg > 3:101447/1‑148 (MQ=255) | TATCGCCTGCCGGAAAAAGCCTACGACCCGGTGGTGGAACTGTCGGCAGGTGACTCCACCGCCGTGGCCTATGTGGGGTTTGCCAGCGACAGCCTGTCGATACCGGAACTGAGCGATTACCTGTCGCGGGTGGTGGAACCGCAGTTCTCCGGTATCGACGGCGTGGCCAAGGTGCAGTCGTTCGGCGGGCAGCGCCTGGCCATGCGCCTGTGGTTGGACAGTGAGCAGATGGCCGGGCGCGGGGTGACGGCGGCGGACGTGGCGCAGGCGGTACGTGCCAACAACTACCAGG > NC_002947/2348142‑2348433 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |