New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2558200 | 41 (0.830) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 9.2% | coding (460/2235 nt) | fepA | ferric enterobactin transport system outer membrane subunit |
? | NC_002947 | = 2558235 | 40 (0.840) | coding (495/2235 nt) | fepA | ferric enterobactin transport system outer membrane subunit |
GGAAAACACCTTGATCCTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGAAGACAGCGCAGAGGGCGC > NC_002947/2558091‑2558366 | ggAAAACACCTTGATCCTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAACACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCccg > 1:82795‑M2/1‑146 (MQ=255) aaCACCTTGATCCTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGgccgc < 1:218288/149‑1 (MQ=255) cacCTTTATCCTCATCGACGGCAACCCATCCCGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGTAACTGTGCCCGTGATACACGCGGTGAA‑ACCAACTTGGTGCCGGCCGCAGAGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCCTGCCCCGgccgccc > 8:295718/1‑148 (MQ=255) ttGATCCTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACg > 7:236332/1‑149 (MQ=255) tGATCCTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGc > 5:107860/1‑149 (MQ=255) cTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATgg < 8:245202/149‑1 (MQ=255) gACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTgg > 5:248139/1‑149 (MQ=255) aCGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGgc < 6:107860/149‑1 (MQ=255) cAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCa > 5:122381/1‑149 (MQ=255) aGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATg > 8:200622/1‑149 (MQ=255) gCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATgg < 6:242621/149‑1 (MQ=255) cATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACCCTATGGCTGGAACGGTGACCGTCATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTCGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGc > 1:138272/1‑149 (MQ=255) cgcgcAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGGGAGCGTGATACTCGGGGTGAC‑ACCAACTGGGGGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGTACTCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTc < 7:295718/149‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTc > 5:46799/1‑148 (MQ=255) aCGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAAcatc < 8:236332/149‑1 (MQ=255) cGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATgg > 4:112131/1‑124 (MQ=255) aTGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAgcgc > 3:82812/1‑149 (MQ=255) gAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGACGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTCCGTGGCCCGGCCGCCTCACGCTATGCCTCAGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTcc > 2:241204/1‑148 (MQ=255) aaCGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCAc > 6:218236/1‑134 (MQ=255) aaCGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCAc < 5:218236/134‑1 (MQ=255) aaCGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCcga < 6:248139/149‑1 (MQ=255) ggTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGGGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCcgacga < 4:22888/149‑1 (MQ=255) gTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAg < 6:122381/149‑1 (MQ=255) cGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGa > 1:274133/1‑148 (MQ=255) aTACTCGGGGTGAA‑ACCATCTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCTCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGc < 6:158071/149‑1 (MQ=255) cTCGTGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGATGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCGTTTGCGGGGGTGGTGAAATTCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAgg < 1:241204/149‑2 (MQ=255) tCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCg > 4:86393/1‑149 (MQ=255) ggggTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGt > 8:108903/1‑148 (MQ=255) ggggTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTc < 6:46799/149‑1 (MQ=255) ggTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAg < 5:245989/139‑1 (MQ=255) ggTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAg > 6:245989/1‑139 (MQ=255) a‑aCCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGt < 2:90607/149‑1 (MQ=255) aCCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTa > 4:215130/1‑149 (MQ=255) cAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTaca > 8:130101/1‑149 (MQ=255) aaCTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCccggcacccagttggtttcaccccgagtatcacggtcaccgttccagccatagcgtacggcgttgcgcgcgctggatggcttgcc > 2:316153‑M2/1‑48 (MQ=255) aaCTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCccggcacccagttggtttcaccccgagtatcacggtcaccgttccagccatagcgtacggcgttgcgcgcgctggatggcttgcc < 1:316153‑M2/133‑86 (MQ=255) tGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCccggcacccagttggtttcaccccgagtatcacggtcaccgttccagccatagcgtacggcgttgcgcgcgctggatggcttgccgtcgatgaggatcaaggtg < 5:103786‑M2/149‑105 (MQ=255) gccggccgAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGc > 6:27203/1‑149 (MQ=255) gccggccgAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTGCCGACGACCTGAAAGCCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGc > 8:118829/1‑149 (MQ=255) gccgAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCTATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGa < 7:200622/149‑1 (MQ=255) gccgAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCCGCTGCCgt > 5:28150/1‑147 (MQ=255) gccgAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACAGCATCCCCCAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCCGCCTGTACACGCAGCTGCCgg > 5:23459/1‑148 (MQ=255) ccgAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGaa < 7:108903/149‑1 (MQ=255) gAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGAAGa > 1:146696/1‑149 (MQ=255) cGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGAAGACAgc < 4:82812/149‑1 (MQ=255) gcgcATCGAAATCCTGCGTGGCccggcacccagttggtttcaccccgagtatcacggtcaccgttccagccatagcgtacggcgttgcgcgcgctggatggcttgccgtcgatgaggatcaaggtgttttccgggcccatgccgcgcag > 6:103786‑M2/1‑22 (MQ=255) aTCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGAAGACAGCGCAGAGGgcgc > 4:309890/1‑149 (MQ=255) | GGAAAACACCTTGATCCTCATCGACGGCAAGCCATCCAGCGCGCGCAACGCCGTACGCTATGGCTGGAACGGTGACCGTGATACTCGGGGTGAA‑ACCAACTGGGTGCCGGCCGAAGCGGTCGAGCGCATCGAAATCCTGCGTGGCCCGGCCGCCGCACGCTATGGCTCTGGCGCCATGGGCGGGGTGGTCAACATCATCACCAAGCGCCCTTCCGACGAGCTGAAAGGCAGCGTCAGCCTGTACACGCAGCTGCCGGAAGACAGCGCAGAGGGCGC > NC_002947/2558091‑2558366 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |