New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 6019248 = | 75 (1.520) | 5 (0.120) | 5/210 | NT | 9.2% | intergenic (‑49/+96) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
? | NC_002947 | 6019324 = | 37 (0.910) | intergenic (‑125/+20) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
TCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAGGTC > NC_002947/6019178‑6019460 | tCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCaaa > 7:238558/1‑149 (MQ=255) tCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCaaa > 7:233432/1‑149 (MQ=255) gggCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATgg < 1:216478/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATggg > 3:190032/1‑149 (MQ=255) ggCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATgg < 8:233432/148‑1 (MQ=255) gggcgggACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCgg > 6:78563/1‑148 (MQ=255) gggcgggACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGc < 8:234158/149‑1 (MQ=255) gggcgggACGCATAGCGGCTGCCTTATGGGGGTTCGGGGTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGGGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGc < 7:156265/149‑1 (MQ=255) gggACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAg > 8:84261/1‑149 (MQ=255) gACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGc > 4:265004/1‑143 (MQ=255) gACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGc < 3:265004/143‑1 (MQ=255) gACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGc < 7:84261/149‑1 (MQ=255) gggCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGTATTATTCGGGGGCTTGCCCGCTCCCACCGGTCGTGCACAGCTTTCAAACGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTActgc < 7:108804/148‑1 (MQ=255) cGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTActgc < 6:127214/149‑1 (MQ=255) cTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTgg < 7:16278/149‑1 (MQ=255) ccTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGa < 4:281389/149‑1 (MQ=255) ttATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGc > 1:89287/1‑149 (MQ=255) tggtggTTGGGGTTGAAATGGGTGGGGGATTATTCGGGGGCTTGCCCGCTCCCAAAGGTCGTGCACAGCTTTCAACAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTTAGc < 4:179529/146‑1 (MQ=38) tggtggTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGGACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGc > 3:179529/1‑146 (MQ=255) tggtggTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCg < 2:89287/148‑1 (MQ=255) gtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTGGTGGACAGCTTTGATAAGCGGTGGTGTTGCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGGACAGGCTGTTAATTGTGGTGTGCCGgc‑g > 5:198084/1‑149 (MQ=37) gtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTgg > 2:200562/1‑136 (MQ=255) gtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTgg < 1:200562/136‑1 (MQ=255) ttCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCt > 7:181156/1‑149 (MQ=255) ggTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGc < 4:190032/149‑1 (MQ=255) gTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTGGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAACGCGGTGGGGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGcc < 5:170777/149‑1 (MQ=255) aaaTCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGGGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGt < 5:78563/148‑1 (MQ=255) aaTCGGGGGTGGAATATTCGCGGGCTGCCCCGCCCCCACCGGCCGGGCACCGCTTCCAAACGCGGTGGGGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGc < 3:105747/149‑1 (MQ=255) gtggtgGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTActgct > 7:156444/1‑118 (MQ=255) gtggATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCAc > 3:145208/1‑149 (MQ=255) ggATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACtt > 4:172215/1‑149 (MQ=255) gATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACCGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCAGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGGTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGGTTTGacc > 2:102764/1‑134 (MQ=38) ctttattCCCGGGGTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTCCACAGCTATCAAACGCGGTGGGGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGccc < 1:102764/132‑1 (MQ=38) ttCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGc < 1:125761/149‑1 (MQ=255) CGGGCTTGCCCGCTCCGACAGGTCGTGCACAGCTTTCTAAAGCGGTTTTGTTACTGTGTGAGCGGGCAAGGCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTAGTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGTCTAtt > 8:238558‑M1/1‑149 (MQ=255) CGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTAtt > 8:181156‑M1/1‑149 (MQ=255) GGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTg < 2:233464‑M1/149‑1 (MQ=255) GCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGc < 7:338‑M1/131‑1 (MQ=255) ttgcccgctcccacaggaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGcc < 8:169801‑M2/49‑1 (MQ=255) ttgcccgctcccacaggaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGcc > 7:169801‑M2/71‑119 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGcc > 1:111330‑M1/1‑102 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGcc < 2:111330‑M1/102‑1 (MQ=255) tcccacaggaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 2:38519‑M2/63‑146 (MQ=255) cctcaGGTCGTGCACAGCTTTCAATAGCGGTGGTGTTCCTGTGGTAGCGGGCAAGCCGGGAAATGGGCCGGCACAGGGTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCg < 6:32553/125‑1 (MQ=255) ccacaggaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTg > 1:25389‑M2/61‑107 (MQ=255) ccacaggaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTg < 2:25389‑M2/47‑1 (MQ=255) CCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga > 1:233464‑M1/1‑147 (MQ=255) CCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTTGCCACTTCCCg < 5:32553‑M1/128‑1 (MQ=255) CCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgag > 3:172215‑M1/1‑147 (MQ=255) tGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCt > 8:275029/1‑149 (MQ=255) acaGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCg > 2:109353/1‑149 (MQ=255) caGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCgg > 5:111793/1‑149 (MQ=255) tCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACGGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGa > 6:126127/1‑149 (MQ=255) gtgtTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCAGAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCTCTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgag < 7:32805/115‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga < 2:182026‑M2/86‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga > 1:182026‑M2/23‑108 (MQ=255) ggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATc < 4:145208‑M2/132‑1 (MQ=255) agcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAg > 8:10295‑M2/16‑149 (MQ=255) gggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAGGTc > 3:84424‑M2/13‑149 (MQ=255) | TCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGC‑GCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAGGTC > NC_002947/6019178‑6019460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |