New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 159100 | 60 (1.190) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 5.4% | coding (1289/1956 nt) | PP_0149 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 159166 | 49 (1.030) | coding (1223/1956 nt) | PP_0149 | hypothetical protein |
GAACATGGCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTTGGACAGGAACCAGTAGTTGCCGTCATAGCTCCAGTGCATCTCGGCGGCCTGGCGCACCAGGTTCTCGATTTCGTCGCGGTT > NC_002947/158958‑159248 | gAACATGGCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTc < 4:307872/147‑1 (MQ=255) aaCATGGCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCTGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGtt < 3:205313/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGc > 6:209477/1‑149 (MQ=255) gCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGTAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCTGGTCGTTGAGGc < 7:134447/148‑1 (MQ=255) gCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCg > 4:153608/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGACCGGTCGCGGTAAGCATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCTGGTCGTTGAGGc < 7:134448/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCg > 2:230049/1‑149 (MQ=255) ccTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGt < 2:229914/149‑1 (MQ=255) cTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTg < 2:93934/149‑1 (MQ=255) aCCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTg < 1:230049/149‑1 (MQ=255) aCCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTg > 4:257542/1‑149 (MQ=255) cGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGc < 2:194125/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTgg > 7:102033/1‑147 (MQ=255) ggTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTgg < 8:102033/147‑1 (MQ=255) tCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGt < 5:28687/149‑1 (MQ=255) tCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGt < 1:198050/149‑1 (MQ=255) gcgGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGc < 2:178956/149‑1 (MQ=255) ggTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCg > 8:28246/1‑149 (MQ=255) ggTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCg < 4:303723/149‑1 (MQ=255) 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gAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCgcagc < 3:257542/148‑1 (MQ=255) cccAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCATCTTCAACGa < 1:210587/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTTGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAg > 2:5504/1‑149 (MQ=255) gcgcgGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAgttgt > 4:227935/1‑149 (MQ=255) gcacgGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAgttgt < 4:276971/146‑1 (MQ=255) cgcgGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCATGGCACAGTTGTt > 1:196305‑M2/1‑148 (MQ=255) cgcgGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTt > 3:227935‑M2/1‑148 (MQ=255) cgcgGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGGGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTC‑ACGGCACAGTTGTtg > 6:277002‑M2/1‑147 (MQ=255) gcgGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTtg < 8:246028‑M2/149‑3 (MQ=255) gggTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTtgga > 7:298885‑M2/1‑145 (MQ=255) gTTATCAAGCAAGCTGGTATCTGCAAGTCCCATGCACTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTGGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTtggaca > 6:210605‑M2/1‑143 (MQ=255) tCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCg > 5:52144/1‑96 (MQ=255) tCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCg < 6:52144/96‑1 (MQ=255) cAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAacaactgtgccgtggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaacgacctggacagcatc < 7:71285‑M1/149‑78 (MQ=255) aaGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTTGGACAGGAAc < 7:28246/148‑1 (MQ=255) aaGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTTGGACAGGAAc < 1:42974/148‑1 (MQ=255) 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cTGTCCAacaactgtgccgtggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaacgacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaag > 4:157116‑M1/1‑7 (MQ=255) tGTCCAacaactgtgccgtggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaaccacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagtgcatgggacttgcagataccagcttgcttgataac > 6:210605‑M1/1‑6 (MQ=255) gTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTtggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagggcagg < 2:29554‑M2/118‑48 (MQ=255) gTCCAGGTCGTTGAGGCGGGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTtggacagcatcatgcccaaacggtttgctggccgtgctcaagggcagg > 1:29554‑M2/1‑71 (MQ=255) tCCAacaactgtgccgtggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaacgacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagggcaggggactggcagataccagcgtgcttgataaccc > 7:298885‑M1/1‑4 (MQ=255) caacaactgtgccgtggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaacgacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagggcaggggactggcagataccagcgtgcttgataacccgc < 8:246028‑M1/149‑148 (MQ=255) caacaactgtgccgtgagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccccgcctcaacgacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagggcaggggactggcagataccagcgtgcttgataacccgcg > 6:277002‑M1/1‑2 (MQ=255) cAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTTGGACAGGAACCAGTAGTTGCCGTCATAGCTCCAGTGCATCTCGGCGGCCTGGCGCACCAGGTTCTCGATTTCGTCGCGGt > 4:305398/1‑149 (MQ=255) aacaactgtgccgtggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaacgacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagggcaggggactggcagataccagcgtgcttgataacccgcg > 3:227935‑M1/1‑1 (MQ=255) aacaactgtgccatggagtcgttgaagctgctgcgcagcggcaccgccaatccacgcctcaacgacctggacagcatcatgcccaacggtttgctggccgtgctcaagggcaggggactggcagataccagcgtgcttgataacccgcg > 1:196305‑M1/1‑1 (MQ=255) aGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTTGGACAGGAACCAGTAGTTGCCGTCATAGCTCCAGTGCATCTCGGCGGCCTGGCGCACCAGGTTCTCGATTTCGTCGCGGtt < 6:53033/149‑1 (MQ=255) | GAACATGGCCTGGTACCGGTCGCGGTAAGAATCGAAGCGGTAGCCCAGGCGTAACGCTTCGCGCGGGTTATCAAGCACGCTGGTATCTGCCAGTCCCCTGCCCTTGAGCACGGCCAGCAAACCG‑TTGGGCATGATGCTGTCCAGGTCGTTGAGGCGTGGATTGGCGGTGCCGCTGCGCAGCAGCTTCAACGACTCCACGGCACAGTTGTTGGACAGGAACCAGTAGTTGCCGTCATAGCTCCAGTGCATCTCGGCGGCCTGGCGCACCAGGTTCTCGATTTCGTCGCGGTT > NC_002947/158958‑159248 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |