New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4786030 = | 46 (0.910) | 4 (0.080) | 3/242 | NT | 9.4% | coding (1284/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
? | NC_002947 | 4786078 = | 34 (0.720) | coding (1236/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
GCAGCCGGCTGGCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATGGCTGAGGTTGCG > NC_002947/4785882‑4786176 | gcatcaggagctgccgtttgagcaactggtcgatgcgctggccccagagcgcaacctcagccataacccgctgttccagttcaagctcaaccagaacgtcgcgggtgaagctgccggcggcgagcagcgcaagaccctcagcggtctgc > 6:90943‑M1/149‑149 (MQ=255) gcCGGCTGGCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCGGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAgg < 8:133541/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGGCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGt < 3:238945/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGGCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATAGGTGAAGTCGAAGGCCAGGt < 7:28547/149‑1 (MQ=255) caggagctgccgtttgagcaactggtcgatgcgctggccccagagcgcaacctcagccataacccgctgttccagttcaagctcaaccagaacgtcgcgggtgaagctgccggcggcgagcagcgcaagaccctcagcggtctgCAGGt < 6:159652‑M1/5‑1 (MQ=255) ggCTGGCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTc > 1:201049/1‑148 (MQ=255) gCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAAc < 6:15353/148‑1 (MQ=255) tGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTc < 2:183344/149‑1 (MQ=255) cTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAAcgc < 1:135305/130‑1 (MQ=255) cTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAAcgc > 2:135305/1‑130 (MQ=255) cTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACg > 7:67859/1‑149 (MQ=255) tGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGACGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACgg > 1:176220/1‑149 (MQ=255) caacGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTAct < 1:136614/149‑1 (MQ=255) tggccccagagcgcaacctcagccataacccgctgttccagttcaagctcaaccagaacgtcgcgggtgaagctgccggcggcgagcagcgcaagaccctcagcggtctgCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTActc < 3:50086‑M1/39‑1 (MQ=255) aacGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTActc < 8:67859/149‑1 (MQ=255) cGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGATGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTAc < 6:210641/145‑1 (MQ=255) cGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGATGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTAc > 5:210641/1‑145 (MQ=255) cGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTActcct > 7:197232/1‑149 (MQ=255) gtgtGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTActc < 1:166789/146‑1 (MQ=255) gtgtGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTActc > 2:166789/1‑146 (MQ=255) agcgcaacctcagccataacccgctgttccagttcaagctcaaccagaacgtcgcgggtgaagctgccggcggcgagcagcgcaagaccctcagcggtctgCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTg > 4:50086‑M1/102‑149 (MQ=255) aGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTg > 4:133067/1‑149 (MQ=255) gcgcaacctcagccataacccgctgttccagttcaagctcaaccagaacgtcgcgggtgaagctgccggcggcgagcagcgcaagaccctcagcggtctgCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTg > 8:232583‑M1/101‑148 (MQ=255) gcgcaacctcagccataacccgctgttccagttcaagctcaaccagaacgtcgcgggtgaagctgccggcggcgagcagcgcaagaccctcagcggtctgCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTg < 7:232583‑M1/48‑1 (MQ=255) ggCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTTGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGcgcc < 8:290278/123‑1 (MQ=255) ggCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTGGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGcgcc > 7:290278/1‑123 (MQ=255) gTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCCACCTGCATAcc > 4:213056/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCt > 2:212074/1‑149 (MQ=255) ggCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAATTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGcc > 3:290792/1‑89 (MQ=255) ggCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAgg < 2:227955/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAggg > 7:278444/1‑149 (MQ=255) cTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCt > 6:293810/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCTCCGCTGAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCgctgc < 1:212074/149‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCgg < 8:197232/148‑1 (MQ=255) gTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCt > 6:140521/1‑148 (MQ=255) tCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACgg > 6:88746/1‑92 (MQ=255) tCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACgg < 5:88746/92‑1 (MQ=255) ggTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCa < 3:262144/148‑1 (MQ=255) ggTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGt > 2:222788/1‑149 (MQ=255) tGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAAGGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTc < 3:213056/149‑1 (MQ=255) tGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGccgccg < 7:21623/128‑1 (MQ=255) tGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGccgccg > 8:21623/1‑128 (MQ=255) aGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTgg < 5:293810/149‑1 (MQ=255) aGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTg < 5:140521/148‑1 (MQ=255) gCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCCGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAg > 7:174346/1‑149 (MQ=255) ccTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGc < 5:250272/149‑1 (MQ=255) gATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGc > 7:218031/1‑82 (MQ=255) gATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGc < 8:218031/82‑1 (MQ=255) gATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTg < 3:133067/148‑1 (MQ=255) aCCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACt > 3:91131/1‑149 (MQ=255) cATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCggg < 8:278444/149‑1 (MQ=255) aTCAGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGt > 6:168123/1‑149 (MQ=255) gTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATg > 5:59396/1‑149 (MQ=255) tGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATgg < 2:201049/149‑1 (MQ=255) aGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATGGCTg < 4:91131/149‑1 (MQ=255) tCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATGGCTGAg > 4:237731/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATGGCTGAGGTTgcg < 1:222788/149‑1 (MQ=255) | GCAGCCGGCTGGCAGGTGCCGCGACCATGTCCTGCAACAACGTGTGCAGGGCCGTCACCAGGCGCTCGACGGTGCTGGCCTTGAACAGGTCGGTTGCATAGGTGAAGTACGCCTGGATACCGTCGGCGCCATCGGTGAAGTCGAAGGCCAGGTCGAAACGCGCATCGGCGCCGCTCAACGGGTACTCCTCGACCTGCAGACCGCTGAGGGTCTTGCGCTGCTCGCCGCCGGCAGCTTCACCCGCGACGTTCTGGTTGAGCTTGAACTGGAACAGCGGGTTATGGCTGAGGTTGCG > NC_002947/4785882‑4786176 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |