New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5292588 | 52 (1.030) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 7.2% | coding (262/888 nt) | mmsB | 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase |
? | NC_002947 | = 5292610 | 54 (1.120) | coding (240/888 nt) | mmsB | 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase |
ATGAACGTCAGGGTGCCGGCCGCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTGCCCGCCCAGTTCTGC > NC_002947/5292446‑5292732 | aTGAACGTCAGGGTGCCGGCCGCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCAGCGGCCTTCGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAgg < 5:250943/149‑1 (MQ=255) aaCGTCAGGGTGCCGGCCGCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACg < 3:316449/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGTGCCGGCCGCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGaa > 3:116931/1‑148 (MQ=255) gTGCCGGCCGCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGc > 4:143875/1‑149 (MQ=255) ccggccgCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAAt > 5:298851/1‑140 (MQ=255) ccggccgCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAAt < 6:298851/140‑1 (MQ=255) cgccAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGAc > 5:168604/1‑123 (MQ=255) cgccAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGAc < 6:168604/123‑1 (MQ=255) gccAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGt < 5:313544/149‑1 (MQ=255) gTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCaa < 4:67928/149‑1 (MQ=255) ccaccGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTactggccggtattcgtcctggcacgccgac < 1:73678‑M1/137‑31 (MQ=255) ccaccGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTactggccggtattcgtcctggcacgccgac > 2:73678‑M1/1‑107 (MQ=255) caccGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTac > 8:39409/1‑149 (MQ=255) caccGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTa > 3:258060/1‑148 (MQ=255) accGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTaca > 1:278905/1‑149 (MQ=255) ccGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTacac > 2:29741/1‑149 (MQ=255) cGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGt > 1:155849/1‑125 (MQ=255) cGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGt < 2:155849/125‑1 (MQ=255) cGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGca > 5:13937/1‑149 (MQ=255) cGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGca > 5:34397/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGcaca < 4:116931/149‑1 (MQ=255) ccccATGTCCACGCGCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTg < 3:143875/149‑1 (MQ=255) cccATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGc > 2:181038/1‑149 (MQ=255) ccATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGcg > 8:199302/1‑149 (MQ=255) ccACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACAt > 8:135620/1‑135 (MQ=255) ccACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACAt < 7:135620/135‑1 (MQ=255) cGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGgcagc < 2:278905/149‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCTGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATTGGCTGCGGCCGGCAGCATg < 3:38854/149‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATg < 7:199302/149‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATg < 2:130277/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGGCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGGCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATgg < 3:184094/149‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTactggccggtattcgtcctggcacgc > 2:302975‑M1/1‑71 (MQ=255) tttGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTactggccggtattcgtcctggcacgc < 1:302975‑M1/97‑27 (MQ=255) gCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTg < 8:225379/147‑1 (MQ=255) gCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTg > 7:225379/1‑147 (MQ=255) ccGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGAt > 8:181231/1‑148 (MQ=255) acacGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTg > 2:212439/1‑149 (MQ=255) acgtcacgtGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGgc > 8:167679/1‑149 (MQ=255) gtcacgtGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGgccg > 6:67705/1‑149 (MQ=255) tcacgtGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGgccgc > 5:284203/1‑149 (MQ=255) cGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTcc < 1:178798/149‑1 (MQ=255) gTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCtt > 3:88959/1‑149 (MQ=255) tGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGgcagc > 4:15725/1‑108 (MQ=255) tGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGgcagc < 3:15725/108‑1 (MQ=255) cGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCg < 4:88959/149‑1 (MQ=255) gggTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGc > 2:227473/1‑147 (MQ=255) aTGGTGCTGCAGTCAACGGTCCGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCt > 8:73409/1‑149 (MQ=255) ctgcAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTg > 1:86602/1‑149 (MQ=255) tCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTgcccgcc > 5:42733/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTgcccgcc > 4:59302/1‑147 (MQ=255) aaCGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTgcccgcc > 3:204296/1‑147 (MQ=255) aCGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTg > 3:148057/1‑108 (MQ=255) aCGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTg < 4:148057/108‑1 (MQ=255) ggTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTGCCCGCCCAGtt < 5:67705/149‑1 (MQ=255) gTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTacgccgaccgttgactgcagcaccatcgacccgcagaccgcacgtgacgtgtccaaggccgcagcggcaaagggcgtggacatgggggatgcgccggtttccggtgg > 2:73678‑M2/1‑30 (MQ=255) gTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTacgccgaccgttgactgcagcaccatcgacccgcagaccgcacgtgacgtgtccaaggccgcagcggcaaagggcgtggacatgggggatgcgccggtttccggtgg < 1:73678‑M2/137‑108 (MQ=255) gTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTGCCCGCCCAGTTc < 7:181231/149‑1 (MQ=255) tCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTGCCCGCCCAGTTCt < 6:42733/149‑1 (MQ=255) ggCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTGCCCGCCCAGTTCTGc < 1:212439/149‑1 (MQ=255) gCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTacgccgaccgttgactgcagcaccatcgacccgcagaccgcacgtgacgtgtccaaggccgcagcggcaaa > 2:302975‑M2/1‑26 (MQ=255) gCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTacgccgaccgttgactgcagcaccatcgacccgcagaccgcacgtgacgtgtccaaggccgcagcggcaaa < 1:302975‑M2/97‑72 (MQ=255) | ATGAACGTCAGGGTGCCGGCCGCCGCGCCGCCAGTACCACCGGAAACCGGCGCATCCCCCATGTCCACGCCCTTTGCCGCTGCGGCCTTGGACACGTCACGTGCGGTCTGCGGGTCGATGGTGCTGCAGTCAACGGTCGGCGTGCCAGGACGAATACCGGCCAGTACGCCGTCCTCGTTCAAGTACACGCTACGCACATGGGCTGCGGCCGGCAGCATGGTGATCACCAGCTCGCTGTTGGCCGCCGCGTCCTTGGGCGAGGGGCTGATCTGCCCGCCCAGTTCTGC > NC_002947/5292446‑5292732 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |