New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 251034 | 53 (1.050) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 5.6% | coding (169/1347 nt) | nfeD | membrane bound peptidase NefD |
? | NC_002947 | = 251061 | 51 (1.050) | coding (142/1347 nt) | nfeD | membrane bound peptidase NefD |
CGCTGGGGGCAACGTAGCTGGCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGCCAGCAGCGGGCG > NC_002947/250917‑251197 | cgcTGGGGGCAACGTAGCTGGCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTgcg < 3:229591‑M2/148‑4 (MQ=255) cTGGGGGCAACGTAGCTGGCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCAc > 6:20773/1‑149 (MQ=255) gCAACGTAGCTGGCGACGTGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCATCCCGCGCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTa < 6:194126/149‑1 (MQ=255) tAGCTGGCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGgc < 8:253745/149‑1 (MQ=255) tAGCAGGCGACGGGTTCGGTGCGGGAGCGCATGCCCTTGATCATCTGGCGCTTGTCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATCCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCGT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGgc < 8:253561/149‑1 (MQ=255) ggCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGCAGCCTC‑G‑GCCAGGCCCAGGCGCAAG‑GCcgcaactggtggttatccgc > 8:301900‑M2/1‑127 (MQ=255) ggCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGCAGCCTC‑G‑GCCAGGCCCAGGCGCAAG‑GCcgcaactggtggttatccgc < 7:301900‑M2/147‑21 (MQ=255) tACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGa < 1:248764/149‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGAt < 4:313511/148‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATg < 5:20773/149‑1 (MQ=255) aTTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGtt < 4:229591/149‑1 (MQ=255) ttGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTc < 5:242038/149‑1 (MQ=255) cTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAGCGCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTgg < 1:4591/120‑1 (MQ=255) cTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTgg > 2:4591/1‑119 (MQ=255) cTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGACCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCa > 7:270746/1‑149 (MQ=255) atcatcTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCca < 5:149913/149‑1 (MQ=255) tcatcTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCcac > 1:283838/1‑149 (MQ=255) atcTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCcaca < 1:287258/148‑1 (MQ=255) tcTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACGcc > 4:9675/1‑149 (MQ=255) gcgcATTGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTTAGCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTg < 1:67560/107‑1 (MQ=255) gcgcATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTg > 2:67560/1‑106 (MQ=255) gcATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTTGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCg < 6:314744/149‑1 (MQ=255) tGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGgc > 5:147547/1‑149 (MQ=255) gCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGACCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGgcg < 8:270746/148‑1 (MQ=255) tGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGcc > 5:265129/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCt < 2:283838/148‑1 (MQ=255) cccgcccgGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCAc > 1:155432/1‑149 (MQ=255) ggTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACGCCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGa < 3:9675/149‑1 (MQ=255) tCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGcc < 2:155432/149‑1 (MQ=255) tCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGc > 3:194389/1‑148 (MQ=255) gCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCg > 1:312394/1‑64 (MQ=255) gCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCg < 2:312394/64‑1 (MQ=255) aTAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGcaacaa > 6:308483/1‑149 (MQ=255) aaCCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGcaacaa > 1:219297/1‑147 (MQ=255) aaCCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGcaacaa > 7:240318/1‑147 (MQ=255) accaccAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAacaaca < 6:265129/148‑1 (MQ=255) accaccAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAAcag > 4:108082/1‑149 (MQ=255) ccaccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCAc > 5:215952/1‑94 (MQ=255) ccaccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCAc < 6:215952/94‑1 (MQ=255) ccaccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAAcagc < 4:194389/149‑1 (MQ=255) caccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCa < 1:247114/89‑1 (MQ=255) caccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCa > 2:247114/1‑89 (MQ=255) caccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTgg < 4:243972/126‑1 (MQ=255) caccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTgg > 3:243972/1‑126 (MQ=255) ccaGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAAccgcag > 6:276954/1‑148 (MQ=255) gTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTgcgcaactggtggttatccgcatggataccccgggcgggctggccagtggcatgcgcgagatgatcaagggaattgtctcaagcaccttacccgtcgccagctacgttgcccc < 3:177825‑M2/147‑114 (MQ=255) gcgc‑gcCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCaacaac < 8:243164/137‑1 (MQ=255) gcgc‑gcCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCaacaac > 7:243164/1‑137 (MQ=255) cgc‑gcCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGcc < 6:147547/149‑1 (MQ=255) tt‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGc > 3:289101/1‑148 (MQ=255) gcgcCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGCcag > 6:319363/1‑149 (MQ=255) gcctgggcctggC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGCcagca > 8:245774/1‑149 (MQ=255) gcctggC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGCCAGCAGCGGGc > 5:332924/1‑149 (MQ=255) ctggC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGGGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGCCAGCAGCGGGCg > 8:111325/1‑148 (MQ=255) tggC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCATCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGcaa > 4:276841/1‑113 (MQ=255) tggC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCATCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGcaa < 3:276841/113‑1 (MQ=255) | CGCTGGGGGCAACGTAGCTGGCGACGGGTACGGTGCTGGAGAGAATTGCCTTGATCATCTGGCGCATGGCACTGTCCAGCCCGCCCGGGGTATCCATGCGGATAACCACCAGTTGCGC‑GCCTT‑GCGCCTGGGCCTGGC‑CGAG‑GCTGCGCACCAGGTAGTCGGCGCTGGCCGGGCCGATGGCGTCGTCGATGTTCAGCACCCACACCGCGCCGGGCGCTGCCTGGCCACCTGGCGTGATGCCAAGCAACAACAGCAGCAACAGCCAACGCCAGCAGCGGGCG > NC_002947/250917‑251197 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |