New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 743324 | NA (NA) | 4 (0.080) | 4/252 | NT | NA | intergenic (+3/+271) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
? | NC_002947 | = 743350 | NA (NA) | intergenic (+29/+245) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
CAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTT > NC_002947/743248‑743494 | cAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTgcg < 1:285630/149‑1 (MQ=11) cAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTgcg < 2:151403/149‑1 (MQ=11) aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTgcgc > 8:106335/1‑149 (MQ=31) aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTgcgc > 5:238832/1‑149 (MQ=31) aaCTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAAt < 5:305186/149‑1 (MQ=35) cTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAAt > 8:12385/1‑147 (MQ=35) tgGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGa < 7:106335/148‑1 (MQ=38) tgGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGAc < 6:203198/149‑1 (MQ=39) ggACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCt < 6:144358/149‑1 (MQ=40) ccGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGaaa < 3:95414/138‑1 (MQ=34) ccGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGaaa > 4:95414/1‑138 (MQ=34) ccGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGcc > 8:252631/1‑149 (MQ=255) ggCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCtt < 6:55381/149‑1 (MQ=255) gCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGcc > 5:295358/1‑149 (MQ=255) cTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGccc < 1:13884/149‑1 (MQ=255) gTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGc < 7:12385/148‑1 (MQ=255) gATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAtgt < 6:295358/148‑1 (MQ=255) gATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGAGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAAc > 3:271570/1‑149 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑TGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCg > 2:111041/1‑149 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑Gaa > 5:26107/1‑139 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑Gaa < 6:26107/139‑1 (MQ=255) aCCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAGTCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGc < 6:158869/149‑1 (MQ=255) ccGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCg < 1:156378/149‑1 (MQ=255) cGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGt > 8:65436/1‑149 (MQ=255) gCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTa > 3:223687/1‑149 (MQ=255) gCCTCGTAACCTGAACCTCCGTGTACGGAACCGGAGGGACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCGTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCGAAGGTTGCTTCACATa < 4:226963/148‑1 (MQ=18) ccGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGc < 4:271570/149‑1 (MQ=255) cgcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg < 6:246054/149‑1 (MQ=255) cgcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg < 3:276242/149‑1 (MQ=255) cgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGAACTGCCTTGTGTGTCCGCTATGT‑AACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCggg < 7:188223/149‑2 (MQ=18) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGacaca > 4:108736/1‑147 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGacaca > 1:235645/1‑147 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGAcacaca < 6:238832/149‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGc > 8:57667/1‑149 (MQ=255) cgccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTAGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg < 1:24900/136‑1 (MQ=255) cgccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg > 2:24900/1‑135 (MQ=255) gccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGcgtcgt < 4:223687/149‑1 (MQ=255) ccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGcgtcgt > 1:95401/1‑148 (MQ=255) cgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGa < 4:185161/149‑1 (MQ=255) gtgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGAc > 5:173646/1‑149 (MQ=255) gtgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGAc > 4:125521/1‑149 (MQ=255) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGGAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTTTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACATTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGa > 1:67172/1‑148 (MQ=255) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACTAGAGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTTTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTAAATAGCGGACACACAGCGTCGTg > 1:253761/1‑148 (MQ=37) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGtt < 4:254145/122‑1 (MQ=255) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGtt > 3:254145/1‑122 (MQ=255) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGa < 2:67172/147‑1 (MQ=255) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACt > 5:256160/1‑149 (MQ=255) cGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGcc > 4:234999/1‑149 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCg > 7:65506/1‑149 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCg > 8:230112/1‑149 (MQ=255) cGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGa < 4:43836/148‑1 (MQ=255) cGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGa > 3:43836/1‑148 (MQ=255) gCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAactac < 7:65436/149‑1 (MQ=255) cACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAt < 5:284836/83‑1 (MQ=255) cACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAt > 6:284836/1‑83 (MQ=255) aCGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACtt < 8:65506/149‑1 (MQ=255) | CAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGT‑GAATCCGCCTCCTACT‑‑CGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGT‑GAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTT > NC_002947/743248‑743494 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |