New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 750249 | 44 (0.870) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.3% | coding (615/1185 nt) | PP_0640 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 750274 | 48 (1.020) | coding (590/1185 nt) | PP_0640 | hypothetical protein |
TTACAGCTAGAGCAAATCCTACAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTGTACATGTG > NC_002947/750128‑750419 | ttACACCTAGAGCAAATCCTACAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAAAGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATg < 6:134825‑M2/148‑2 (MQ=255) agagCAAATCCTACAAATCCTGGCAGTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGAAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATg < 8:20044/149‑1 (MQ=255) agCAAATCCTACAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGc > 2:281603/1‑149 (MQ=255) tACAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTg > 2:155284/1‑148 (MQ=255) aCAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAATTCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGt > 7:135831/1‑148 (MQ=255) cAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAATGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCa < 6:231668/149‑1 (MQ=255) cAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTc < 1:155284/148‑1 (MQ=255) cAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCa < 5:113420/149‑1 (MQ=255) aaaTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAg > 4:204022/1‑149 (MQ=255) aaaTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAg > 5:284558/1‑149 (MQ=255) aaTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGc < 7:98504/149‑1 (MQ=255) aaTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCATGC‑‑AACCATTGAAAGGTTTGGAAAggaatacaaaaacatgctactagag > 2:104080‑M2/1‑124 (MQ=255) aTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACAtt < 4:37097/142‑1 (MQ=255) aTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACAtt > 3:37097/1‑142 (MQ=255) aTCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCt < 3:107127/149‑1 (MQ=255) tttGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCt > 2:187125/1‑148 (MQ=255) gTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATAtt > 3:183447/1‑147 (MQ=255) tttGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAg < 1:187125/149‑1 (MQ=255) gACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGcc < 7:157104/114‑1 (MQ=255) gACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGcc > 8:157104/1‑114 (MQ=255) tgtgGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAAtct > 2:313057/1‑149 (MQ=255) gTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCATCATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGc > 5:96450/1‑149 (MQ=255) gTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGc > 3:104724/1‑149 (MQ=255) aaCGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAAtta < 3:5386/117‑2 (MQ=255) aaCGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTc > 4:5386/1‑117 (MQ=255) cGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTgg < 1:313057/149‑1 (MQ=255) gTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGa < 5:134825/149‑1 (MQ=255) tCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCTCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAgtg > 8:147338/1‑149 (MQ=255) cTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAgtgt < 3:204022/148‑1 (MQ=255) cTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTc > 3:145877/1‑149 (MQ=255) cTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCATTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTc < 4:145877/149‑1 (MQ=255) ggCAAAATACTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATTGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGATGTTTGCGGAAAGTGTCGAttt < 1:16131/147‑1 (MQ=255) gCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGc > 4:19749/1‑148 (MQ=255) tCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTc < 8:52713/149‑1 (MQ=255) tctAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAg < 7:46616/128‑1 (MQ=255) gCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATggaatacaaaaacatgctactagaggattttgacgagataggatacctttgcgatgacgttttaaccacacaagtcgcaaaccatcaaatgccaggatttgtaggat < 4:198405‑M2/149‑108 (MQ=255) aTGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATggaatacaaaaacatgctactagaggattttgccgagataggatacctttgcgatgacgttttaaccacacaagtcgcaaaccatcaaatgccaggatttgtaggattt < 3:70426‑M2/149‑110 (MQ=255) aTGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCg < 8:135831/149‑1 (MQ=255) tGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCgg < 6:284558/149‑1 (MQ=255) tttttGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACAATGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGt > 1:84694/1‑148 (MQ=255) tttGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTaa > 1:291689/1‑148 (MQ=255) gTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCaaa > 4:210569/1‑126 (MQ=255) gTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCaaa < 3:210569/126‑1 (MQ=255) aTTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGc > 5:298118/1‑147 (MQ=255) tCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTa < 3:19749/148‑1 (MQ=255) aaCCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGcc > 7:211023/1‑149 (MQ=255) cAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAgt < 1:231993/92‑1 (MQ=255) cAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAgt > 2:231993/1‑92 (MQ=255) cAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGtt < 4:183447/148‑1 (MQ=255) cAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTg > 6:313259/1‑149 (MQ=255) aaTGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTg > 4:141802/1‑148 (MQ=255) gTT‑‑TCATGGATTACATGTCCAACATTGTCAGCTATTTCGCTTATATTTAGTTCGTCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGGGGTAAGTGTCGATTTGCCATAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGGCCCAGTTGTACa < 2:84694/148‑1 (MQ=255) gTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTTGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTaa < 1:317241/120‑1 (MQ=255) gTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGaaa > 2:317241/1‑120 (MQ=255) tt‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTGTACAt < 1:281603/148‑1 (MQ=255) tt‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTGTACAt < 8:211023/148‑1 (MQ=255) gCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTGTACAtgtg > 7:178289/1‑149 (MQ=255) gCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTGTACAtgt < 7:147338/148‑1 (MQ=255) | TTACAGCTAGAGCAAATCCTACAAATCCTGGCATTTGATGGTTTGCGACTTGTGTGGTTAAAACGTCATCGCAAAGGTATCCTATCTCGGCAAAATCCTCTAGTAGCATGTTTTTGTATTCCTTTCCAAACCTTTCAATGGTT‑‑GCATGGAATACATGGCCAACATTGTCAGCTAATTCGCTTATATTTAGTTCGGCAATCTCGGCTGATTGGAGGTTTGCGGAAAGTGTCGATTTGCCAAAGTCTGATCCAAAGCGGTAACAGCAAGCCGTAACGCCCCAGTTGTACATGTG > NC_002947/750128‑750419 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |