| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1695804 | 72 (1.430) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 5.4% | coding (481/648 nt) | PP_1491 | CheW domain‑containing protein |
| ? | NC_002947 | = 1695829 | 72 (1.490) | coding (506/648 nt) | PP_1491 | CheW domain‑containing protein | |||||
GTTGGTGCCGTGCCTGTCCCTGGCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGCCGTGCAGCGGAGCCTGTCATGACCC > NC_002947/1695683‑1695974 | gTTGGTGCCGTGCCTGTCCCTGGCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATtc > 1:51466‑M2/1‑147 (MQ=255) ccgtgccTGTCCGTGGCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCt < 2:101621/149‑1 (MQ=255) tGTCCCTGGCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCg > 1:149792/1‑149 (MQ=255) gTCCCTGGCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCg > 4:129388/1‑148 (MQ=255) ccTGGCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGt > 5:73258/1‑149 (MQ=255) gCTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGTCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGc < 7:137649/148‑1 (MQ=255) gCTGACGTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGc < 8:179677/148‑1 (MQ=255) cTGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTg > 7:31784/1‑149 (MQ=255) tGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTgg > 8:189425/1‑149 (MQ=255) tGACTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTgg > 2:181536/1‑149 (MQ=255) aCTTGCTCGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTggg < 7:189425/148‑1 (MQ=255) cGGGGTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAGTCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGcc > 7:97350/1‑149 (MQ=255) ggggTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCg < 8:31784/149‑1 (MQ=255) ggggTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTAAGATGATTCTGTCCGCCGAAGGCGTGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACAGGCTCGACCCCCAGTTGCTGGGCAGTGTCCg > 8:233665/1‑149 (MQ=255) gggTGTAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCgg < 8:3760/149‑1 (MQ=255) gggTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCgg < 5:34232/149‑1 (MQ=255) ggTGCAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCggg > 3:140890/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGGCTCCACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGc > 2:165560/1‑149 (MQ=255) 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cACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTgg > 7:303187/1‑122 (MQ=255) cACCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTgg < 8:303187/122‑1 (MQ=255) aCCGAGCAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCAc < 4:57465/149‑1 (MQ=255) cAACGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCAccgccg < 6:33093/148‑1 (MQ=255) aaCGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCa < 6:73258/149‑1 (MQ=255) aCGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCt > 4:234272/1‑111 (MQ=255) aCGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTAGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAg < 3:129388/149‑1 (MQ=255) cGCAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGt > 5:183913/1‑149 (MQ=255) cAGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTcc > 2:290685/1‑149 (MQ=255) aGCGCACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCt > 3:80308/1‑149 (MQ=255) gcgcACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTg < 1:290685/149‑1 (MQ=255) gcgcACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTATGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCTACGGTAGTAACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGCCAGTGGCCGCGCCGCCACACGCTTCACCGCCGCAgagctg > 8:276624/1‑144 (MQ=255) cgcACGGGCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTg > 2:256481/1‑148 (MQ=255) ggCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGgc < 7:66037/149‑1 (MQ=255) gCGATGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGgcg > 3:114649/1‑149 (MQ=255) aTGCCACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCgg < 4:114649/149‑1 (MQ=255) cACGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCg > 2:115719/1‑148 (MQ=255) aCGTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCg > 5:239033/1‑147 (MQ=255) gTATGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGc < 6:183913/149‑1 (MQ=255) aTGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTc < 7:117495/126‑1 (MQ=255) aTGCTGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTc > 8:117495/1‑126 (MQ=255) tGATTCTGGCCGCCGAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCgg > 3:254196/1‑149 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ccgccgAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGAc > 3:223452/1‑149 (MQ=255) gccgAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCgg < 6:167601/138‑1 (MQ=255) gccgAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCgg > 5:167601/1‑138 (MQ=255) gccgAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCgg > 7:206469/1‑138 (MQ=255) gccgAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCgg < 8:206469/138‑1 (MQ=255) gccgAAGGCGGGCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGa < 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gggCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTgg < 5:40408/136‑1 (MQ=255) ggCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTa < 3:31719/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGGTGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATtcaccaccggcccgccttcggcggccagaatcagcatacgtggcatcgcccgtgcgctgcgttgctcggtggagccggcctgcaccccgagcaagtcagccagggacaggcac < 5:283184‑M2/149‑114 (MQ=255) ggtggtGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGt < 8:178552/149‑1 (MQ=255) ggtggtGATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGt < 8:124945/149‑1 (MQ=255) gtggtgATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATtcaccaccggcccgccttcggcggccagaatcagcatacgtggcatcgcccgtgcgctgcgttgctcggtggagccggcctgcaccccgagcaagtcagccagggacaggcacggca < 1:137185‑M2/149‑118 (MQ=255) tggtgATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATtcaccaccggcccgccttcggcggccagaatcagcatacgtggcatcgcccgtgcgctgcgttgctcggtggagccggcctgcaccccgagcaagtcagccagggacaggcacggcac > 6:283184‑M2/1‑31 (MQ=255) gtgATGGCTGTCGAGGAAATCGACAGCCAtcaccaccggcccgccttcggcggccagaatcagcatacgtggcatcgcccgtgcgctgcgttgctcggtggagccggcctgcaccccgagcaagtcagccagggacaggcacggcacc < 1:12718‑M2/148‑120 (MQ=255) tgATGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGcc < 4:80308/149‑1 (MQ=255) aTGGCTGTCGAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGTCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCTCCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGCCg < 7:233665/148‑1 (MQ=255) gAGGAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTGCTGGAGGATCAACACTTACTGTCTGCCGTCCCGCggcg > 3:291913/1‑147 (MQ=255) ggAAATCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGCCGTGCAGCGGAGcc > 2:173801/1‑149 (MQ=255) aaaTCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGCCGTGCAGCGGAGCCTg < 2:59804/149‑1 (MQ=255) aaTCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGCCGTGCAGCGGAGCCTGt > 2:98533/1‑149 (MQ=255) aTCGACGGTATTCACCGGCTCGACCCGCAGTTGCTGGGCAGTGGCCGGGACGCCACACGCTTCACCGCCGCAGTCCTGCAGTGGCGCGGCCGCAGCGTGCGGGTTCTGGACGATCAACACTTACTGTCTGCCGTGCAGCGGAGCCTGt > 5:38403/1‑148 (MQ=255) 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NC_002947/1695683‑1695974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |