New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1736845 | 42 (0.830) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 9.0% | coding (795/1035 nt) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
? | NC_002947 | = 1736867 | 41 (0.850) | coding (773/1035 nt) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
GTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTT > NC_002947/1736719‑1737015 | gTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCt > 4:32116/1‑149 (MQ=255) cgcgGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcg < 1:280213‑M2/149‑3 (MQ=255) gcgGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcg > 2:280213‑M2/1‑146 (MQ=255) gggCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcgcc < 8:240695‑M2/148‑5 (MQ=255) cTTGACCACTTTGACCAGTTCGTAGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACtt < 3:191865/149‑1 (MQ=255) cTTGACCACTTTGACCAGTTCGTAGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACtt < 3:187949/149‑1 (MQ=255) gACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTtga > 5:100398/1‑149 (MQ=255) aCCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTtgat > 5:295046/1‑149 (MQ=255) aCCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTtgat < 5:103686/149‑1 (MQ=255) aCCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTtga < 3:127843/148‑1 (MQ=255) tGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCTCCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATAGCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGAt < 7:223445/148‑1 (MQ=255) cAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTgc > 7:46775/1‑149 (MQ=255) gttgttCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCAc < 6:100398/149‑1 (MQ=255) ctcGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGa > 3:19164/1‑147 (MQ=255) ctcGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGa > 8:105178/1‑147 (MQ=255) cagcagGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTg < 6:295046/148‑1 (MQ=255) gcagGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGc > 8:294073/1‑147 (MQ=255) gcagGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGc < 7:294073/147‑1 (MQ=255) cagGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCa > 3:106516/1‑149 (MQ=255) ggTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATg < 7:240695/149‑1 (MQ=255) cTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAgg > 1:199681/1‑133 (MQ=255) cTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAgg < 2:199681/133‑1 (MQ=255) tACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGa < 7:105178/149‑1 (MQ=255) aCAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGccc < 4:300302/140‑1 (MQ=255) aCAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGccc > 3:300302/1‑140 (MQ=255) ccGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCtt > 5:62983/1‑149 (MQ=255) ttCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAggg < 1:229545/105‑1 (MQ=255) ttCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAggg > 2:229545/1‑104 (MQ=255) ttCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCcga > 5:258425/1‑149 (MQ=255) aCGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGaa < 3:32116/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGaa < 6:62983/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATAc > 5:231631/1‑149 (MQ=255) ttGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGc > 7:224208/1‑148 (MQ=255) cGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAg < 4:106516/148‑1 (MQ=255) gCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGaaa > 6:154170/1‑149 (MQ=255) cccAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAAc > 8:7411/1‑149 (MQ=255) aaCGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCATGTCCGa < 7:97362/116‑1 (MQ=255) aaCGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGa > 8:97362/1‑116 (MQ=255) ccgataccgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcgccggtatcggtattccgttgggcgaccgcaacaccgtcgaagccggcctgtacatcaccgcgggcaccaaggtgaacctgctggacgagaacaacgaactggtcaaagtg < 6:72214‑M2/146‑113 (MQ=255) ccgataccgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcgccggtatcggtattccgttgggcgaccgcaacaccgtcgaagccggcctgtacatcaccgcgggcaccaaggtgaacctgctggacgagaacaacgaactggtcaaagtg > 5:72214‑M2/1‑34 (MQ=255) ccgataccgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGAt < 6:258425/149‑1 (MQ=255) ataccgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcgccggtatcggtattccgttgggcgaccgcaacaccgtcgaagccggcctgtacatcaccgcgggcaccaaggtgaacctgctggacgagaacaacgaactggtcaaagtggtcaag < 5:257680‑M2/149‑119 (MQ=255) accgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTcgccggtatcggtattccgttgggcgaccgcaacaccgtcgaagccggcctgtacatcaccgcgggcaccaaggtgaacctgctggacgagaacaacgaactggtcaaagtggtcaaggc < 4:67313‑M2/149‑121 (MQ=255) ccgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGcc < 6:231631/149‑1 (MQ=255) cgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGccc < 2:208182/92‑1 (MQ=255) cgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGccc > 1:208182/1‑92 (MQ=255) cgGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGcac > 4:86645/1‑147 (MQ=255) ggCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCg > 6:107668/1‑149 (MQ=255) aGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCcgc > 4:80385/1‑149 (MQ=255) ggC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCcgcg > 5:57427/1‑149 (MQ=255) gC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGt > 3:79029/1‑149 (MQ=255) gCCCTcgccggtatcggtattccgttgggcgaccgcaacaccgtcgaagccggcctgtacatcaccgcgggcaccaaggtgaacctgctggacgagaacaacgaactggtcaaagtggtcaaggcccgcgacctggccggccagaccga > 3:67313‑M2/1‑5 (MQ=255) tCGCCGACCTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGtt > 2:180291/1‑149 (MQ=255) | GTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGC‑AGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTT > NC_002947/1736719‑1737015 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |