New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1792172 | 47 (0.930) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 7.3% | coding (822/1359 nt) | rseP | regulatory intramembrane protein RIP |
? | NC_002947 | = 1792216 | 33 (0.700) | coding (866/1359 nt) | rseP | regulatory intramembrane protein RIP |
CGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGAA > NC_002947/1792069‑1792363 | cGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGt > 2:208131/1‑148 (MQ=255) ggCCTGGAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgac < 7:22278‑M2/149‑4 (MQ=255) ccTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgacct < 7:220246‑M2/149‑6 (MQ=255) ccTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTga > 8:225114‑M2/1‑144 (MQ=255) ccTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTga < 7:225114‑M2/146‑3 (MQ=255) cTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgacctt < 3:86313‑M2/149‑7 (MQ=255) aaaaCCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgaccttgg > 5:321210‑M2/1‑140 (MQ=255) cAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAggggg < 3:244685/149‑1 (MQ=255) cAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAggggg < 5:199728/149‑1 (MQ=255) aaGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGAAGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAgggg > 5:244952/1‑147 (MQ=255) gctgctGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGa > 8:168096/1‑147 (MQ=255) gctgctGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGa < 7:168096/147‑1 (MQ=255) gCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAgg < 8:250842/148‑1 (MQ=255) gCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAgg < 4:138835/148‑1 (MQ=255) gatgatTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAggacccagc > 8:120295/1‑142 (MQ=255) gatgatTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCgg > 5:280578/1‑149 (MQ=255) gatTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAgg < 2:208991/127‑1 (MQ=255) atTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTgg < 8:22278/148‑1 (MQ=255) gTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTgg < 6:280578/149‑1 (MQ=255) cGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGa < 3:78669/117‑1 (MQ=255) cGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGa > 4:78669/1‑117 (MQ=255) agcagGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCaaa < 7:11755/149‑1 (MQ=255) gTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTTGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGc > 3:151833/1‑149 (MQ=255) gcccgGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTc > 2:291521/1‑149 (MQ=255) cgGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCcgc > 5:39779/1‑149 (MQ=255) gATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTcc > 8:140877/1‑145 (MQ=255) gATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTcc < 7:140877/145‑1 (MQ=255) tGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccaga < 3:54626‑M2/127‑74 (MQ=255) tGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccaga > 4:54626‑M2/1‑54 (MQ=255) gCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTgactcttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccagagccagcagcttgtcaccggttt < 1:88778‑M2/149‑97 (MQ=255) cAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCa < 1:208131/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTg < 3:248706/70‑1 (MQ=255) gAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTg > 4:248706/1‑70 (MQ=255) cgcgACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCggt < 6:244952/149‑1 (MQ=255) cgcgACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCggt < 1:291521/149‑1 (MQ=255) gACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACa < 2:229884/109‑1 (MQ=255) gACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACa > 1:229884/1‑109 (MQ=255) cgcTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTTGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTgaga < 4:151833/149‑1 (MQ=255) gcTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCCGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGagag > 7:262228/1‑149 (MQ=255) cccTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGCGTGAGCGCtgg > 8:203928/1‑147 (MQ=255) gAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTcgcg < 4:86313/149‑1 (MQ=255) gAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTcgcg > 3:301496/1‑149 (MQ=255) cTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTa > 5:232957/1‑148 (MQ=255) gTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCATGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGaa > 1:182686/1‑149 (MQ=255) | CGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGAA > NC_002947/1792069‑1792363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |