New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3528136 = | 39 (0.770) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 7.2% | coding (1347/1419 nt) | imuB | DNA repair DNA linked protein |
? | NC_002947 | 3528177 = | 40 (0.840) | coding (1388/1419 nt) | imuB | DNA repair DNA linked protein |
GATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCA > NC_002947/3528032‑3528324 | gATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGt < 3:187363/147‑1 (MQ=255) gtcggcgctcgacgcaccgcgctggaagctgaagttggaaaggcaatgcagctcggcataacccggggtgttcatgcgaaccaaccctgcagccaaagcggacCGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTc > 6:264107‑M1/104‑147 (MQ=255) gccgccTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACAGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTg > 8:141082/1‑149 (MQ=255) ggCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCg > 4:269315/1‑148 (MQ=255) cTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTc > 4:221900/1‑145 (MQ=255) cTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTc < 3:221900/145‑1 (MQ=255) cGAACGCATCGAATCAGGGTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAacac > 6:140779/1‑149 (MQ=255) tCGAATCAGGGTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGt > 8:204186/1‑148 (MQ=255) gAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTa < 1:194894/148‑1 (MQ=255) gAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTAt < 7:303210/149‑1 (MQ=255) aGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGa < 4:181323/149‑1 (MQ=255) ttGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCt > 3:134929/1‑149 (MQ=255) gcggcgATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCttt < 3:269315/149‑1 (MQ=255) ggcgATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCggg > 1:320316/1‑124 (MQ=255) ggcgATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCggg < 2:320316/124‑1 (MQ=255) ggcgATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTc > 4:96699/1‑148 (MQ=255) tgtgCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCATGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACtt < 5:231778/149‑1 (MQ=255) tgCGGCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGCCGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGGTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCCACTTCa < 6:98458/149‑1 (MQ=255) gACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAg > 8:53703/1‑149 (MQ=255) ctacCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGcgcg < 3:96699/148‑1 (MQ=255) tacCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGt > 5:217492/1‑149 (MQ=255) gCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTc > 4:17892/1‑123 (MQ=255) gCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTc < 3:17892/123‑1 (MQ=255) gCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCCCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGt > 1:164162/1‑149 (MQ=255) cATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTc > 6:149898/1‑149 (MQ=255) cATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTc > 6:12161/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAgcg > 6:109559/1‑149 (MQ=255) cccGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCcg < 5:12161/149‑1 (MQ=255) tGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCcgacga < 7:204186/149‑1 (MQ=255) gaccggcctggctcaggtcgcggtaggcccagccgcgcaggccgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCcgac > 6:264107‑M2/45‑147 (MQ=255) cggcctggctcaggtcgcggtaggcccagccgcgcaggccgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTcc < 2:245172‑M2/67‑1 (MQ=255) cggcctggctcaggtcgcggtaggcccagccgcgcaggccgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTcc > 1:245172‑M2/42‑108 (MQ=255) gcgGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGc < 2:90352/149‑1 (MQ=255) gcgGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGc < 5:109559/149‑1 (MQ=255) gCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc < 5:140779/149‑1 (MQ=255) gCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 7:24513/1‑149 (MQ=255) ccTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 2:26271/1‑148 (MQ=255) cTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 3:182261/1‑147 (MQ=255) cTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTACAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 4:13867/1‑147 (MQ=255) ccGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAg > 3:260608/1‑102 (MQ=255) ccGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAg < 4:260608/102‑1 (MQ=255) ccGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCg > 8:295760/1‑114 (MQ=255) ccGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCg < 7:295760/114‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCCTGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTc < 5:75175/79‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTc > 6:75175/1‑79 (MQ=255) gAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTAc > 5:11210/1‑147 (MQ=255) caGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCAtt > 3:118165/2‑70 (MQ=255) caGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCAtt < 4:118165/69‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGc > 6:247692/1‑149 (MQ=255) caggccgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGcc > 5:310239‑M2/8‑149 (MQ=255) ggccgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCtt < 7:141082‑M2/144‑1 (MQ=255) gccgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGNCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTg < 1:26271‑M2/145‑1 (MQ=255) cgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTgg > 4:214321‑M2/3‑148 (MQ=255) cgGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGc < 2:164162‑M2/147‑1 (MQ=255) gGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCa < 5:264107‑M2/148‑1 (MQ=255) | GATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCA > NC_002947/3528032‑3528324 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |