New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3955280 | 54 (1.070) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 7.5% | coding (5105/5844 nt) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
? | NC_002947 | = 3955300 | 47 (0.970) | coding (5085/5844 nt) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
GACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTCCAGGTGGCCGGC > NC_002947/3955152‑3955446 | gacgacTATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATg < 1:164324/149‑1 (MQ=255) gacgacCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGGACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATg < 8:18649/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCcca > 5:29269/1‑149 (MQ=255) tCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCccac < 2:107416/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCcca > 4:83849/1‑145 (MQ=255) gCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCcca < 3:83849/145‑1 (MQ=255) cccAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTTGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAgg < 1:72337/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGc < 7:135480/149‑1 (MQ=255) cgcgcTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTtg < 6:53834/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTtga > 4:86576/1‑149 (MQ=255) cgcTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTtgat < 2:223223/149‑1 (MQ=255) acacCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCt > 7:256153/1‑149 (MQ=255) ccGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGAc < 6:154467/149‑1 (MQ=255) cGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGAcc > 6:22279/1‑148 (MQ=255) aaGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAg > 3:213145/1‑149 (MQ=255) gcgGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGa < 4:149843/149‑1 (MQ=255) cgGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTtg > 8:32697/1‑123 (MQ=255) cgGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTtg < 7:32697/123‑1 (MQ=255) cgGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAg < 6:222784/149‑1 (MQ=255) gTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGATTGATGATGTCTGACGGGGTCATGTTGAGgccgc > 6:105661/1‑149 (MQ=255) tCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGgccgcc > 7:3474/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACt < 7:9919/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGGCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGa < 5:236757/149‑1 (MQ=255) ccGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGAt < 4:213145/149‑1 (MQ=255) gACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCg < 8:3474/149‑1 (MQ=255) cTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCgtgg > 4:149522/1‑149 (MQ=255) ttCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCgtggt > 6:326937/1‑149 (MQ=255) cGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTa > 4:160487/1‑149 (MQ=255) gTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAt < 3:160487/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAt < 4:227257/149‑1 (MQ=255) tGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGT‑GCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtgt < 2:137517/149‑1 (MQ=255) cTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtg < 4:295569/145‑1 (MQ=255) cTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTAtg > 3:295569/1‑145 (MQ=255) tGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTc > 8:163463/1‑149 (MQ=255) tGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTc > 4:61874/1‑149 (MQ=255) ggTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCa < 3:149522/149‑1 (MQ=255) tACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACt < 5:326937/149‑1 (MQ=255) gTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTc > 3:211815/1‑140 (MQ=255) gTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTc < 4:211815/140‑1 (MQ=255) tAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCgg < 8:289662/149‑1 (MQ=255) ccTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTg < 6:175444/148‑1 (MQ=255) ccTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTg > 5:175444/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGc < 7:163463/148‑1 (MQ=255) cTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGc > 8:198313/1‑148 (MQ=255) ggTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGgcgccacctggaccgaggatactgctacccgtacccaggccacggtgaaggtcagcggccagccggactaccgcgacttcgtcacggtgt < 7:83516‑M2/118‑91 (MQ=255) ggTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGgcgccacctggaccgaggatactgctacccgtacccaggccacggtgaaggtcagcggccagccggactaccgcgacttcgtcacggtgt > 8:83516‑M2/1‑28 (MQ=255) gTGGCGCTTTGCGGCTGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCATCTGCGACACCGGttt < 8:256153/149‑1 (MQ=255) gTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGgcgccacctggaccgaggatactgctacccgtacccaggccacggtgaaggtcagcggccagccggactaccgcgacttcgtcacggtgtggcagcgcgcac > 2:48600‑M2/1‑27 (MQ=255) gTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGgcgccaccgtggaccgaggatactgctacccgtacccaggccacggtgaaggtcagcggccagccggactaccgcgacttcgtcacggtgtggcagcgcgaac < 1:48600‑M2/130‑104 (MQ=255) cGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCgtggtg > 7:183591/1‑97 (MQ=255) cGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCgtggtg < 8:183591/97‑1 (MQ=255) cGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGc > 8:284826/1‑148 (MQ=255) ggCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTc < 6:29269/149‑1 (MQ=255) ggCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTc > 6:212057/1‑149 (MQ=255) gCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTc > 5:2846/1‑148 (MQ=255) gATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTc < 3:211066/78‑1 (MQ=255) gATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTCCAGGt > 4:148510/1‑149 (MQ=255) aTGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTCCAGGTGGCCg < 3:148510/147‑1 (MQ=255) aTGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTCCAGGTGGCCGGc > 8:179301/1‑149 (MQ=255) | GACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTGACCTTCACCGTGGCCTGGGTACGGGTAGCAGTATCCTCGGTCCAGGTGGCGCTTTGCGGCAGGATGCTCATGGCGCCCACCAGGCCTTTTTGCGGCTGCTTGATGAAGTCTGACGGGGTCAGGTTGAGGCCGCCGAACTCGATAGGCGTGGTGTTTATGTTGTCCACTGTGCGGCCCAGCTGCGACACCGGTTTGCCTTCACGCTCCAGGTGGCCGGC > NC_002947/3955152‑3955446 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |