New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1419549 | 7 (0.130) | 19 (0.360) | 15/258 | NT | 58.6% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1419636 | 20 (0.380) | intergenic (‑125/+11) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
AGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1419406‑1419549 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCACCACAGCCGTCACGCACTGCACAGTACCTGTGGGA < NC_002947/1419636‑1419569 agcGGATGCCGGTTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTATTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGAGGTGGGTTCTGTTGTGTTTTCGGTGGGCATAGATTTGTTTCCCTTGATTCTGGGTTGCCTGCGCTGGCCTCTT > 2:168682/4‑149 GGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGC < 8:188512/149‑1 ATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTTGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGG > 5:127010/1‑149 CCGGGTTCGATGCGGAACAGGGGGTGAGTCTTGTTTTCGCCTTTGTAGATGCAGGTCTTGCAGACTGTGGTGGGTTCTTTTTAGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTGTTTGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGC < 1:168682/148‑1 GGTTCGTTGCGGAACTGCGGGTGAGGGTTGTTTTGGCGTTGGTAGAAGCAGGTGTTGCCGACTGTGGTGGGTGCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGC < 7:78510/149‑1 GATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCT > 5:98332/1‑149 GATGCGGAACAGCGGATGAGTGTTGTTGTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGC < 4:104445/148‑1 ATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGACGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTC > 1:257607/1‑149 AACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTTGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTTGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 6:127010/149‑1 AGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGta > 2:192114/1‑147 AGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGC < 5:304099/126‑1 AGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGC > 6:304099/1‑126 GTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCAC > 7:236450/1‑127 GTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCAC < 8:236450/127‑1 TGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGta > 4:217461/1‑137 TGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGta < 3:217461/139‑3 AAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCACCACAGCCGTCACGCACTGCACAGTACC > 6:172758/1‑149 TCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCACCACAGCCGTCACGCACTGCACAGTACCTGTGGGA < 5:172758/149‑1 TTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCACAACAGCCGTCACGCACTGCACAGTACCTGTGG > 7:163850/1‑145 GCCGACTGTGGGGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCACCACAGCCGTCACGCACTGCACAGTACCTGTGGGA < 8:163850/145‑1 AGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1419406‑1419549 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCACCACAGCCGTCACGCACTGCACAGTACCTGTGGGA < NC_002947/1419636‑1419569 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |