New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1451149 | 45 (0.840) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 8.0% | coding (333/906 nt) | PP_1270 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 1451175 | 50 (0.980) | coding (359/906 nt) | PP_1270 | LysR family transcriptional regulator |
CGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGCCCGGAAATCAAG > NC_002947/1451003‑1451296 | cGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCC > 5:258902‑M1/1‑147 (MQ=255) ttGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAgctgct > 1:280763/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCa > 1:159199/1‑149 (MQ=255) cTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCat > 5:244679/1‑149 (MQ=255) gcgAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCtgggccagcatcatgcg > 4:139864‑M1/1‑131 (MQ=255) aGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTg < 2:159199/149‑1 (MQ=255) gCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAgg < 8:316220‑M2/149‑3 (MQ=255) tGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCtgggccagcatcatgcgcagcagctgggcgc < 2:45647‑M1/149‑32 (MQ=255) gtggAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTAc > 4:254768/1‑149 (MQ=255) gtggAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTAc > 1:125184/1‑149 (MQ=255) gtggAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCAACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCtgggccagcatcatgcgcagcagctgggcgccgtaaag < 6:149083‑M1/149‑39 (MQ=255) tggAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCtgggccagcatcatgcgcagcagctgggcgccgtaaagg < 3:139864‑M1/149‑40 (MQ=255) gAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGgt > 6:46152/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCg > 3:106532/1‑149 (MQ=255) ccGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCgg < 3:208369/149‑1 (MQ=255) cGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGt < 6:258902/149‑1 (MQ=255) gCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTg > 1:22496/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTcc < 2:22496/149‑1 (MQ=255) gCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAggg > 8:153321/1‑148 (MQ=255) gATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACga > 1:16993/1‑149 (MQ=255) tCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACgatga < 3:254768/148‑1 (MQ=255) gACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGatgatg > 4:51534/1‑148 (MQ=255) gTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGtgct < 2:280763/149‑1 (MQ=255) aaCCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGtgctgc < 6:244679/148‑1 (MQ=255) ccTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTgcgc > 6:17654/1‑148 (MQ=255) ggACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACg > 6:330200/1‑149 (MQ=255) gACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACg < 7:316220/148‑1 (MQ=255) ccGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACggg > 2:100155/1‑148 (MQ=255) ccGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGc < 1:324507/149‑1 (MQ=255) gTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCa > 4:212256/1‑148 (MQ=255) ccTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATc < 3:51534/149‑1 (MQ=255) cTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATc > 5:187143/1‑148 (MQ=255) cTTCAACATCCACACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATc > 6:162200/1‑148 (MQ=255) cAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGAc < 3:212256/148‑1 (MQ=255) ccGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGatca > 8:159669/1‑149 (MQ=255) cGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGatca > 2:335238/1‑148 (MQ=255) acACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGatcatc < 5:162200/148‑1 (MQ=255) aCCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAg > 5:336529/1‑149 (MQ=255) aTGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCg > 5:308788/1‑149 (MQ=255) gTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCAtt < 1:335238/148‑1 (MQ=255) ttCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGTCGCCGCGTACGGAGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTg > 5:266976/1‑148 (MQ=255) ttGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTg > 4:184799/1‑149 (MQ=255) ttGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGAGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCAGGAGTGGAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTg > 6:147976/1‑149 (MQ=255) gCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTgg < 1:100155/148‑1 (MQ=255) gCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTgg < 5:69092/148‑1 (MQ=255) cccTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGatcat < 8:148530/127‑1 (MQ=255) cccTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGatcat > 7:148530/1‑127 (MQ=255) cccTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGc > 5:149391/1‑149 (MQ=255) cccTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGc > 3:57750/1‑149 (MQ=255) cccTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGc > 7:149321/1‑149 (MQ=255) ccTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAggcgccgtaaagggcaatgaacaaatcattggtgcggatgttgaaggcacggtccaggttcaccaggtcgacatcgtcacggctgcggaacacctgcccggcctgctcca < 3:139864‑M2/149‑111 (MQ=255) cTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAggcgccgtaaagggcaatgaacaaatcattggtgcggatgttgaaggcacggtccaggttcaccaggttgacatcgtcacggctgcggaacacctgcccggcctgctccac < 6:149083‑M2/149‑112 (MQ=255) ggCGCCCAGCTGCTGTGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGCCCGGaaa > 1:39629/1‑148 (MQ=255) gcgcCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAggcgccgtaaagggcaatgaacaaatcattggtgcggatgttgaaggcacggtccaggttcaccaggtcgacatcgtcacggctgcggaacacctgcccggcctgctccaccaggcca < 2:45647‑M2/149‑119 (MQ=255) gcgcCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGCCCGGAAAt > 2:78022/1‑148 (MQ=255) cctgggccagcatcatgcgcagcagctgggcgccgtaaagggcaatgaacaaatcattggtgcggatgttgaaggcacggtccaggttcaccaggtcgacatcgtcacggctgcggaacacctgcccggcctgctccaccaggccatgc < 8:316220‑M1/149‑148 (MQ=255) cccAGCTGGTGCGGATGATGCTGGCCCAGGGGCCGGGTACGGTGTTGCGGTTTGTGCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATGTTAAGCTCGGGCATTGAACTGGGACGGGAAATGAAg < 6:266976/149‑1 (MQ=255) cccAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGCCCGGAAATCAAg < 6:187143/149‑1 (MQ=255) cccAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGCCCGGAAATCAAg < 4:106532/149‑1 (MQ=255) | CGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGCCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGATGCTGGCCCAGGCGCCGCGTACGGTGTTGCGGTTTGTCCCGGAGGGCAGTGGTGACGATGATGCAGTGCTGCGCAACGGGCATATCGACCTGATCATCAGCTCGGCCATTGAACTGGGCCCGGAAATCAAG > NC_002947/1451003‑1451296 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |