New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4832391 = | 38 (0.710) | 4 (0.080) | 4/252 | NT | 10.0% | coding (800/1014 nt) | pvdY | hydroxyproline acetylase |
? | NC_002947 | 4832416 = | 36 (0.700) | coding (775/1014 nt) | pvdY | hydroxyproline acetylase |
TGGAAAGTCGAACTCCTTGTCGCAATGGAAACATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCAAACGGCTCGTCATCGAAA > NC_002947/4832243‑4832534 | gacccgcatacgttgacgttgatcggttgtttcgatgacgagccgtttgcctacttcgaggcgtactgggccaaggaggaccgcattgcccccttctacccggccgatgactacgaccgtggtatccatatgctggtgggagaggagag > 6:15358‑M1/149‑149 (MQ=255) gTCGAACTCCTTGTCGCAATGGAAACATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTTCGAGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACAAAAGCAGATAGCCAGCTggagatcg > 6:106830/1‑143 (MQ=255) cTTGTCGCAATGGAAACATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGcc > 8:98078/1‑149 (MQ=255) gCAATGGAAACATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGt < 8:307009/149‑1 (MQ=255) aaTGGAAACATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTgg < 8:35173/149‑1 (MQ=255) aaaCATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCa < 1:152707/124‑1 (MQ=255) aaaCATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCa > 2:152707/1‑124 (MQ=255) gTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTc‑ccc > 7:192073/1‑148 (MQ=255) gTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑cca > 5:282155/1‑149 (MQ=255) gTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCGGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑ccac > 1:47978/1‑147 (MQ=255) tGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAg < 3:136102/149‑1 (MQ=255) aTGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCa > 2:252143/1‑148 (MQ=255) aaTCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATAc < 8:192073/149‑1 (MQ=255) catcTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGctctcc > 2:123604/1‑124 (MQ=255) catcTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGctctcc < 1:123604/124‑1 (MQ=255) atcTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACg < 6:282155/149‑1 (MQ=255) ttGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTc > 7:213078/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCa < 2:47978/148‑1 (MQ=255) gcgcgcGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGc > 6:7302/1‑149 (MQ=255) ccaaggaggaccgcattgcccccttctacccggccgatgactacgaccgtggtatccatatgctggtgggagaggagaGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGctctc < 6:304947‑M1/29‑1 (MQ=255) ccaaggaggaccgcattgcccccttctacccggccgatgactacgaccgtggtatccatatgctggtgggagaggagaGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGctctc > 5:304947‑M1/79‑107 (MQ=255) cgGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGt < 1:252143/149‑1 (MQ=255) ggCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCg < 5:188353/145‑1 (MQ=255) ggCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCg > 6:188353/1‑145 (MQ=255) gCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCggg > 3:314607/1‑146 (MQ=255) gCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAg < 1:313422/149‑1 (MQ=255) ggCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAgg < 4:41546/149‑1 (MQ=255) caccacCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAggggg < 6:140039/149‑1 (MQ=255) attgcccccttctacccggccgatgactacgaccgtggtatccatatgctggtgggagaggagaGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGctc > 1:170993‑M1/65‑91 (MQ=255) attgcccccttctacccggccgatgactacgaccgtggtatccatatgctggtgggagaggagaGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGctc < 2:170993‑M1/27‑1 (MQ=255) accaccCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAggggg > 7:287935/1‑148 (MQ=255) caccCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATAcc > 4:176810/1‑114 (MQ=255) cccGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATg > 1:314176/1‑149 (MQ=255) gCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCgg > 8:22129/1‑149 (MQ=255) tGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTTGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGtc < 8:213078/149‑1 (MQ=255) tgTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGAACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACTGTCGTAGTCATCTGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGtc < 7:37226/146‑1 (MQ=255) gcgGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTg < 8:287935/149‑1 (MQ=255) gggTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGc > 2:117785/1‑149 (MQ=255) gggTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGc < 7:98078/149‑1 (MQ=255) gTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAg > 5:265580/1‑148 (MQ=255) cACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTCACCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCACGAAGTAGGc > 1:263631/1‑148 (MQ=255) cACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCa < 5:7302/148‑1 (MQ=255) aCCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCaaa > 7:222297/1‑149 (MQ=255) aCCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCaaa > 8:77043/1‑149 (MQ=255) cAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCAAACg > 4:229732/1‑149 (MQ=255) cAACCCCGATAGCCAGCTGGCCACCGTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCAAACg < 4:196206/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCAAACGGCTCGTCATCGaaa < 6:265580/149‑1 (MQ=255) GCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGa > 4:179556‑M1/1‑49 (MQ=255) | TGGAAAGTCGAACTCCTTGTCGCAATGGAAACATTGGTCGTGCATGTAGCCAATCATCTTGCCATTGTCGGCGCGCGGCTCGGCCACCACCCGCTGGGTGCGCGGGTCATCCAGGAAAAGGTAGTGCACCAACGCCGATAGCCAGCTGGCCACCTTGTGCGGCCCTCGGTGGCTCTCCTCTC‑CCACCAGCATATGGATACCACGGTCGTAGTCATCGGCCGGGTAGAAGGGGGCAATGCGGTCCTCCTTGGCCCAGTACGCCTCGAAGTAGGCAAACGGCTCGTCATCGAAA > NC_002947/4832243‑4832534 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |