New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4933522 = | 79 (1.470) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 5.9% | coding (927/1308 nt) | flhF | flagellar biosynthesis protein FlhF |
? | NC_002947 | 4933601 = | 54 (1.080) | coding (848/1308 nt) | flhF | flagellar biosynthesis protein FlhF |
TCAGGATGCAGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCTGAGC > NC_002947/4933374‑4933668 | tCAGGATGCAGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAggg > 1:82843/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGAAGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAggg > 6:119984/1‑149 (MQ=255) aagctggccgcgcgctacgtgctcaagtacggcgcgcagaacctggcgctggtgagcatggacagcttccgtatcggcgctcaggaacagctcaagaccctgggccgcatcctcaacgtgccggtgacttacgtcgacccgggccaGTc > 7:236503‑M1/147‑149 (MQ=255) tGCAGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTg < 5:256291/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTgg < 4:261810/148‑1 (MQ=255) aGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCt > 4:304735/1‑149 (MQ=255) gCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCtt < 4:264967/149‑1 (MQ=255) ggccaggccaCAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGGAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCa < 1:105936/149‑1 (MQ=255) gccaggccaCAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAg < 5:119984/149‑1 (MQ=255) caggccaCAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGc < 2:144614/149‑1 (MQ=255) aggccaCAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGcc < 2:95678/149‑1 (MQ=255) ggccaCAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCg > 1:335033/1‑149 (MQ=255) gccaCAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCgg > 1:273874/1‑149 (MQ=255) acaGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAg > 3:76744/1‑149 (MQ=255) cTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGa < 2:101907/149‑1 (MQ=255) tGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTACAGGCCGGCAGTATCGAt > 1:6476/1‑148 (MQ=255) gTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCGAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCCCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATc < 2:208893/148‑1 (MQ=255) gTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGAt > 7:12509/1‑147 (MQ=255) 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tggtggCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCtgctgc > 8:145427/1‑148 (MQ=255) gtggCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAg > 5:132392/1‑149 (MQ=255) tggCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGc > 4:317614/1‑149 (MQ=255) tcggcgctcaggaacagctcaagaccctgggccgcatcctcaacgtgccggtgacttacgtcgacccgggccaGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGc > 3:163674‑M1/74‑149 (MQ=255) ggcgctcaggaacagctcaagaccctgggccgcatcctcaacgtgccggtgacttacgtcgacccgggccaGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGa > 5:84484‑M1/72‑149 (MQ=255) 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ccAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAgg > 3:166867/1‑149 (MQ=255) aGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGt < 4:314180/149‑1 (MQ=255) aTGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAg > 5:24247/1‑149 (MQ=255) aGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTc < 3:230468/149‑1 (MQ=255) aGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTc < 7:145427/149‑1 (MQ=255) aGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTc < 1:33073/149‑1 (MQ=255) aGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTc > 1:24782/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCt > 7:118448/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCt < 8:167470/149‑1 (MQ=255) cAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCTg < 3:98641/148‑1 (MQ=255) cAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCTGa < 6:293711/149‑1 (MQ=255) cAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCTGa < 5:58116/149‑1 (MQ=255) gggTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCTGAgc < 8:12509/149‑1 (MQ=255) | TCAGGATGCAGCCGGCCAGGCCACAGCGCTTGTAGCTGTGGTAGGCGGCGGTCAGCACCTGCTTCTGGCTGGTGGTGGCCAGCACCAGGTAGTTCTTCGCGGCAATGCCACGCCCGGCCAAGGTTTCCAGTTGCATGCGCAGTGCAGGGTCGCTGGCTTGCAGGCCGGCAGTATCGATCAGCACCACGCGCTTGCGCAGCAGTGGTTCCAGCGCTGCTGCCAGCGACTGGCCCGGGTCGACGTAAGTCACCGGCACGTTGAGGATGCGGCCCAGGGTCTTGAGCTGTTCCTGAGC > NC_002947/4933374‑4933668 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |