New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5874726 = | 66 (1.230) | 5 (0.100) | 5/254 | NT | 7.1% | coding (1445/1515 nt) | ilvA‑II | threonine deaminase |
? | NC_002947 | 5874768 = | 67 (1.290) | coding (1403/1515 nt) | ilvA‑II | threonine deaminase |
TCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGG > NC_002947/5874578‑5874871 | tctcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGNTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAgcg > 1:107541/1‑149 (MQ=255) tctcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCcgcg > 1:103489/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCCGTACGGGTAACCGCTCTTGGCCAgcggg > 2:290170/1‑147 (MQ=255) tcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCt > 5:312303/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCt > 3:244438/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCt > 3:202142/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCt > 3:17458/1‑149 (MQ=255) ccagcgacgaaatggtgctgcgcttcgaattccccgagcggccaggggcactgttcagcttcctcaacaagctgggcgggcgctggaacatctcgatgttccactaccgcaaccatggcgcggctgacgggcgcgtggtggcgggGCTg < 8:199210‑M1/4‑1 (MQ=255) cTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCgg > 3:255681/1‑148 (MQ=255) ggCCTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAg < 4:17458/149‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGt < 1:290170/148‑1 (MQ=255) gcgcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGAc > 5:27576/1‑149 (MQ=255) cgcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGa < 6:143560/147‑1 (MQ=255) cgcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGa < 6:45515/147‑1 (MQ=255) cgcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACg < 7:176561/149‑1 (MQ=255) cgcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCAAGCGCttca > 6:237942/1‑132 (MQ=255) cgcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCAGCTCAGACCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGcc < 5:237942/135‑1 (MQ=255) gcAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGt > 7:131953/1‑149 (MQ=255) aggaCCTGGGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGTTTTTCGGTCTCGGCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTc < 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gagcggccaggggcactgttcaacttcctcaacaagctgggcgggcgctggaacatctcgatgttccactaccgcaaccatggcgcggctgacgggcgcgtggtggcgggGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGc > 1:91387‑M1/111‑149 (MQ=255) gCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTg > 7:167169/1‑147 (MQ=255) aaGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGc < 6:239078/149‑1 (MQ=255) cccGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGcccc < 4:255681/149‑1 (MQ=255) cgAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTTGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGcca > 1:64720/1‑149 (MQ=255) 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ccATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACgcgc < 6:27576/149‑1 (MQ=255) cATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGcc > 7:258449/1‑149 (MQ=255) cttcctcaacaagctgggcgggcgctggaacatctcgatgttccactaccgcaaccatggcgcggctgacgggcgcgtggtggcgggGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGc > 4:185480‑M1/88‑129 (MQ=255) cttcctcaacaagctgggcgggcgctggaacatctcgatgttccactaccgcaaccatggcgcggctgacgggcgcgtggtggcgggGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGc < 3:185480‑M1/42‑1 (MQ=255) cccTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAg > 7:17025/1‑149 (MQ=255) aGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCcgc > 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ggTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCTCGATGTTCCac < 4:203933/149‑2 (MQ=255) ttttCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCCCCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAgcg > 7:108756/1‑149 (MQ=255) ttttCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAgcg > 1:246071/1‑149 (MQ=255) ttCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAgcgc < 4:104743/148‑1 (MQ=255) gTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGGACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCt > 5:4835/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |