New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1748689 = | 69 (1.280) | 4 (0.080) | 3/252 | NT | 5.6% | intergenic (‑22/‑310) | PP_1548/PP_5744 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1748732 = | 70 (1.360) | intergenic (‑65/‑267) | PP_1548/PP_5744 | hypothetical protein/hypothetical protein |
CGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCTGCC > NC_002947/1748584‑1748880 | cactaggcgccgagttaatccggcgattgagttctggtggacgttacgcaacgtagcaagcttcctcgctcgacatgtcggcccgcaggcttgctgagcaacaccGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCg > 6:149045‑M1/106‑149 (MQ=255) caccaggcgccgagttaatccggcgattgagttctggtggacgttacgcaacgtagcaagcttcctcgctcgacatgtcggcccgcaggcttgctgagcaacaccGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCg > 6:156358‑M1/106‑149 (MQ=255) gCCTGTATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCgg < 2:143032/149‑1 (MQ=255) gCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCg < 2:218147/148‑1 (MQ=255) cATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTg > 2:212797/1‑149 (MQ=255) aTCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGc > 6:276105/1‑149 (MQ=255) aGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGTCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCt > 4:262713/1‑147 (MQ=255) gTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCTAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGc < 1:7928/149‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCTTGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgt > 1:156785/1‑136 (MQ=255) gcgGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCCTGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgt < 2:156785/136‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgt < 2:322160/136‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGgt > 1:322160/1‑136 (MQ=255) gTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCt > 2:55568/1‑149 (MQ=255) ttCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTg > 7:231355/1‑149 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cgcgGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGTC‑CGACATGTcgagcgag > 6:222256/1‑148 (MQ=255) gggCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAgg > 3:204191/1‑146 (MQ=255) cTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCtt < 2:184463/149‑1 (MQ=255) cACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTg < 3:114007/147‑1 (MQ=255) cACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTg < 5:276105/147‑1 (MQ=255) cACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGc < 2:278738/148‑1 (MQ=255) cACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGc > 1:305524/1‑148 (MQ=255) ccTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGtt < 4:205642/149‑1 (MQ=255) cTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTg > 6:164245/1‑149 (MQ=255) tCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCg < 2:305524/148‑1 (MQ=255) 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ttGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCtggt > 8:301750/1‑149 (MQ=255) cgatttcactggctggccttggcaacagggccagacgggaaatcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCtggtg > 6:156358‑M2/45‑149 (MQ=255) cgatttcactggctggccttggcaacagggccagacgggaaatcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCtagtg > 6:149045‑M2/45‑149 (MQ=255) ATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCtggtgg > 4:126261‑M1/1‑148 (MQ=255) TTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCt < 4:260041‑M1/148‑1 (MQ=255) cactggctggccttggcaacagggccagacgggaaatcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCAt > 6:155997‑M2/39‑149 (MQ=255) actggctggccttggcaacagggccagacgggaaatcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATc > 6:283975‑M2/38‑149 (MQ=255) cGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATct < 7:270913/149‑1 (MQ=255) tCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATctgc < 7:258861/149‑1 (MQ=255) tCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATctgc < 7:254191/149‑1 (MQ=255) gCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATctgctg < 3:30517/147‑1 (MQ=255) gCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATctgct < 1:55568/146‑1 (MQ=255) ttGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTa < 4:7112/148‑1 (MQ=255) ccAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAaga < 3:322681/149‑1 (MQ=255) cAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAagag > 6:305305/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAagag < 3:255635/149‑1 (MQ=255) gccagTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGAGTTAATCCGgcgattga > 2:46670/1‑110 (MQ=18) gccagTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGAGTTAATCCGgcgattga < 1:46670/115‑6 (MQ=18) agTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGcc > 6:137018/1‑149 (MQ=255) gTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCg < 6:280337/139‑1 (MQ=255) gTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCg > 5:280337/1‑139 (MQ=255) aaatcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGa < 7:301750‑M2/143‑1 (MQ=255) atcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCt > 3:93513‑M2/4‑149 (MQ=255) atcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCt > 5:7350‑M2/4‑149 (MQ=255) atcGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCt < 5:155997‑M2/146‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCTGcc < 4:204191/149‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCTGc < 3:131386/148‑1 (MQ=255) | CGCCTGCATCAGGTCGCGGTTCTGAACCACCTGCATTGCAGCGCGGGCTTCACGACCTTTCTTGCCGAACAGTTTTCCAAGCATGGGGTGTTGCTCCGTGGGGTTGATTTCCCGTCTGGCCCTGTTGCCAAGGCCAGCCAGTGAAATCGGTGTTGCTCAGCAAGCCTGCGGGC‑CGACATGTCGAGCGAGGAAGCTTGCTACGTTGCGTAACGTCCACCAGAACTCAATCGCCGGATTAACTCGGCGCCTGGTGGCTCATCTGCTGGTTTTTAAAGAGCGGTGGCTGCCGGAGCTGCC > NC_002947/1748584‑1748880 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |