New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3555324 | 40 (0.740) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 7.2% | coding (940/1203 nt) | PP_3139 | group 1 family glycosyl transferase |
? | NC_002947 | = 3555357 | 39 (0.770) | coding (973/1203 nt) | PP_3139 | group 1 family glycosyl transferase |
GCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCATGG > NC_002947/3555212‑3555498 | gcagcagcaAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtga < 5:334087‑M2/149‑4 (MQ=255) gcagcagcaAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCACCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtg > 6:69641‑M2/1‑146 (MQ=255) agcagcaAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtgac < 2:183293‑M2/148‑5 (MQ=255) gcagcaAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtgacca > 5:126034‑M2/1‑143 (MQ=255) aGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATg < 1:18896/149‑1 (MQ=255) tATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCgg < 2:9464/149‑1 (MQ=255) tATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCgg > 5:140165/1‑149 (MQ=255) tATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCgg < 4:202642/149‑1 (MQ=255) ctggctggATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTAt > 6:230917/1‑148 (MQ=255) ctggctggATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTAt < 5:230917/148‑1 (MQ=255) ctggATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCg < 7:229318/149‑1 (MQ=255) tggATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGa < 3:40031/149‑1 (MQ=255) atccagccagTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAg > 7:270499/8‑149 (MQ=255) gATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTTATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGa < 1:166368/147‑1 (MQ=255) gcagTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCGGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGt < 3:276470/148‑1 (MQ=255) cagTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGc < 7:232736/149‑1 (MQ=255) gcAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTg < 8:270499/149‑1 (MQ=255) aGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGGGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGc < 5:35005/149‑1 (MQ=255) gAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCTGTCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACgg‑ct > 1:60900/1‑149 (MQ=255) gAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACgg‑ctg < 6:334087/149‑1 (MQ=255) aTCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACgg‑ctggct > 3:321509/1‑149 (MQ=255) tCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGg‑ctggctg > 8:55880/1‑149 (MQ=255) gccCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGc < 2:60900/149‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCg > 2:98271/1‑149 (MQ=255) tGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTg > 8:275953/1‑149 (MQ=255) tGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGAc < 3:143833/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGt > 4:87850/1‑149 (MQ=255) aGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTgg > 4:2848/1‑148 (MQ=255) gCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCCGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACt > 5:191333/1‑149 (MQ=255) gCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGAc < 5:13671/148‑1 (MQ=255) cGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtgaccacgggcaagccctcggcgaagctgggtagcaccagcgcacgggcggccaggatttcctcgcgtacctgcgcactgctgatccagccagtgatacgcacttgct < 8:290221‑M2/149‑109 (MQ=255) cGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGcc > 7:36340/1‑149 (MQ=255) gTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtgaccacgggcaagccctcggcgaagctgggtagcaccagcgcacgggcggccaggatttcctcgcgtacctgcgcactgctgatccagccagtgatac < 3:260305‑M2/136‑100 (MQ=255) gTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCtgaccacgggcaagccctcggcgaagctgggtagcaccagcgcacgggcggccaggatttcctcgcgtacctgcgcactgctgatccagccagtgatac > 4:260305‑M2/1‑37 (MQ=255) gTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGgc < 3:87850/149‑1 (MQ=255) taataatGGCGGCCATGGGCTTGCGCCGGGCCGGGCGGTCCACCTATTTTGGGGGTATCCCCGTGCGGGTGGGGCCTGGCGAAAACGGCCTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGgc < 1:98271/144‑1 (MQ=255) ccATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGCCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAg < 1:183293/149‑1 (MQ=255) cATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATg < 7:314910/121‑1 (MQ=255) cATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATg > 8:314910/1‑121 (MQ=255) cATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAgg > 4:197822/1‑149 (MQ=255) gcCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAg > 4:47486/1‑95 (MQ=255) gcCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAg < 3:47486/95‑1 (MQ=255) ccGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCa > 4:320182/1‑149 (MQ=255) ccGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCa > 3:167148/1‑149 (MQ=255) gCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCATgg < 6:191333/149‑1 (MQ=255) gCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCATgg < 4:167148/149‑1 (MQ=255) gCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCATgg > 3:45826/1‑149 (MQ=255) | GCAGCAGCAAGTGCGTATCACTGGCTGGATCAGCAGTGCGCAGGTACGCGAGGAAATCCTGGCCGCCCGTGCGCTGGTGCTACCCAGCT‑TCGCCGAGGGCTTGCCCGTGGTCATCATGGAGGCCATGGCCTTGCGCCGGCCCGTGCTGACCACCTATGTAGCGGGTATCCCCGAGCTGGTGCGGCCTGGCGAAAACGG‑CTGGCTGTTCCCAGCCGGTGCCGTGGACGAGTTGGCAACAGCCATGGCCGACTGCCTGGCGCAACCGGCCGAGGTACTGCAGCGCATGG > NC_002947/3555212‑3555498 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |