New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3957090 = | 46 (0.850) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 6.7% | coding (3295/5844 nt) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
? | NC_002947 | 3957124 = | 39 (0.760) | coding (3261/5844 nt) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
CGTACACCCCAGCTTCATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATGGGTGAAGATGGTACCCAGGCCACGGTCGACGT > NC_002947/3956979‑3957272 | cGTACACCCCAGCTTCATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGGACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCACCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCggg < 4:247345/149‑1 (MQ=255) acCCCAGCTTCATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTa < 2:55204/149‑1 (MQ=255) ccccAGCTTCATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTAc < 3:313913/149‑1 (MQ=255) cccatcgacccaccagcaactgggcctgtatgccaccgtgctggccgaaccggccggttccacctggtaccacgccgaaaccggcgagcagctgtacaacccgGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAg > 3:32958‑M1/104‑149 (MQ=255) ttCATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAgctgct > 3:226589/1‑149 (MQ=255) cATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCg > 1:211667/1‑149 (MQ=255) gCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTc > 6:218586/1‑143 (MQ=255) gCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTc < 5:218586/143‑1 (MQ=255) gCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGTCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAg < 1:19330/133‑1 (MQ=255) gCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAg > 2:19330/1‑133 (MQ=255) tGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGc > 5:55302/1‑149 (MQ=255) gAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGc < 4:226589/147‑1 (MQ=255) gAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGt < 6:58637/149‑1 (MQ=255) tACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAgg < 3:119289/148‑1 (MQ=255) aCTCCAGGAAGAACTCGCGGTTGGTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGt < 7:150694/148‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTgg > 5:148639/1‑148 (MQ=255) cAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAAc > 6:228640/1‑149 (MQ=255) aGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAAcc > 8:209111/1‑149 (MQ=255) gaagaaCTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAAccgg > 5:227109/1‑149 (MQ=255) aaCTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAAccggccgg > 3:95398/1‑149 (MQ=255) ggTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGc > 4:183672/1‑148 (MQ=255) gTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGc > 7:275437/1‑147 (MQ=255) ttGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATa > 7:263169/1‑149 (MQ=255) gCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATa > 8:311404/1‑147 (MQ=255) gCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGcc > 1:128460/1‑147 (MQ=255) gCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCa < 6:148639/149‑1 (MQ=255) ccATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAg < 1:230616/149‑1 (MQ=255) aTCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGtt < 8:263169/149‑1 (MQ=255) gTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCtggt < 3:253825/149‑1 (MQ=255) gTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCtggt < 6:227109/149‑1 (MQ=255) gTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCtgg < 2:211667/148‑1 (MQ=255) ccGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTGCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGt < 5:228640/149‑1 (MQ=255) cGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTAGTGGGTc > 1:295233/1‑149 (MQ=255) tCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGAt < 7:311404/149‑1 (MQ=255) cTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGcc < 8:155150/129‑1 (MQ=255) cTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGcc > 7:155150/1‑129 (MQ=255) ctgtacaacccggccacgcgccaggacggcggcccgacctcgtggcCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATggg > 3:32958‑M2/47‑149 (MQ=255) gATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGc > 3:165181/1‑149 (MQ=255) aTCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTg > 8:239958/1‑114 (MQ=255) aTCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTg < 7:239958/114‑1 (MQ=255) aCCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTAGTGGGTCGATGGGCCAAg < 2:295233/149‑1 (MQ=255) CCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAgg > 6:270897‑M1/1‑142 (MQ=255) CCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAgg < 5:270897‑M1/142‑1 (MQ=255) ACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATgg < 3:37197‑M1/149‑1 (MQ=255) ACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATgg > 2:303815‑M1/1‑149 (MQ=255) CGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGGCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATggg > 6:55302‑M1/1‑149 (MQ=255) GAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATggg < 1:228837‑M1/148‑1 (MQ=255) GAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATggg > 2:228837‑M1/1‑148 (MQ=255) GAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATGGGt > 2:128460‑M1/1‑149 (MQ=255) gccaggacggcggcccgacctcgtggcCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTgg > 4:152940‑M2/28‑61 (MQ=255) gccaggacggcggcccgacctcgtggcCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTgg < 3:152940‑M2/34‑1 (MQ=255) ccgTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATGGGTGAAGATGGTAcc > 4:245016/1‑149 (MQ=255) gcCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCaa < 6:71171‑M2/107‑1 (MQ=255) gcCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCaa > 5:71171‑M2/3‑109 (MQ=255) gcCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATGGGTGAAGATGGTACCCAGGCCACGGTCGa < 4:165181‑M2/146‑1 (MQ=255) cGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATGGGTGAAGATGGTACCCAGGCCACGGTCGACGt > 8:295231/1‑149 (MQ=255) | CGTACACCCCAGCTTCATAGGCATGCTGGAAGTCACTGTACTCCAGGAAGAACTCGCGGTAGCTGTCGTTCTTGCCGTCGCCATCGTGGTCGCCGGTCTTGATCACCGCCTGCCACGAGGTCGGGCCGCCGTCCTGGCGCGTGGCCGGGTTGTACAGCTGCTCGCCGGTTTCGGCGTGGTACCAGGTGGAACCGGCCGGTTCGGCCAGCACGGTGGCATACAGGCCCAGTTGCTGGTGGGTCGATGGGCCAAGGTGGTCATGGGTGAAGATGGTACCCAGGCCACGGTCGACGT > NC_002947/3956979‑3957272 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |