| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 221178 = | 264 (0.880) | 17 (0.060) | 10/146 | NT | 6.7% | intergenic (‑224/+50) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 221218 = | 236 (0.870) | intergenic (‑264/+10) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAGACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 2:2090382/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 2:2089413/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:5048364/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:5494678/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:589874/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 2:4009367/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 2:4821551/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC > 2:550706/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:1367474/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:5129934/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:2286154/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:4200979/1‑91 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT > 1:3993232/1‑91 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT < 1:5730851/91‑1 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT < 1:4396751/91‑1 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT < 2:5521554/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 2:4982946/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:2723294/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:2554707/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:3095971/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT > 1:4283953/1‑91 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:2634352/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:1459040/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:3326653/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:3500841/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:5634166/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:3500361/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:3885482/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:1664887/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:2267890/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:1226051/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:5458814/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:886040/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT < 1:5360942/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 2:1084828/1‑91 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 1:3910312/1‑91 GCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGCTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCGAATAATTGA > 2:1164129/1‑91 TACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAA > 1:2577472/1‑91 AACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTTTAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCC > 1:2328012/1‑91 ACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCA > 1:5465901/1‑91 CAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCAT > 2:3619813/1‑91 GGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGT > 1:4842904/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 1:2953251/1‑91 TATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCT > 2:2468148/1‑91 TATACCTTCATAAGGTGACGCGACTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGTCAAATGAAATGTTGCTATGTTAACCT > 2:1489437/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:5521986/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:301437/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:1793372/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 2:2446592/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 2:1577999/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:93932/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:1683200/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:1684255/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:2159538/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 2:2275373/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:2409381/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 2:903190/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:682521/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:2758136/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 1:3441362/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:2017643/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 1:1998536/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGATTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGATTTGTAA > 2:5580849/1‑91 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAAT > 2:1350906/1‑91 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAAT < 2:2924453/91‑1 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAAT > 2:2409173/1‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 1:252248/91‑1 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG > 1:3288096/1‑91 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TTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTT < 1:2466310/91‑1 TTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTT > 2:2299155/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:228785/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 2:5494678/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 2:2001929/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:1711702/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 2:5094989/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 1:2766720/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 1:2766905/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 1:3270391/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:4139636/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:4154199/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 2:176420/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCACCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:4153890/1‑91 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |