| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 269 (0.900) | 13 (0.050) | 9/132 | NT | 5.5% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 229 (0.930) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/760129‑760026‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcag‑ttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT > 1:1083358/1‑91AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT > 1:2918089/1‑91AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT > 2:4226344/1‑91 GTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC > 1:4123766/1‑91 TAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA < 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1:522109/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:627188/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:5638163/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:2543118/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTG‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:3443875/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:163040/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T > 2:2785328/1‑91 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 1:1854820/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 1:3760262/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 2:2469307/91‑1 TAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TT > 2:2128217/1‑91 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 2:4096051/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 2:5194556/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 1:5422760/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 1:1047686/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT > 2:820064/1‑91 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT < 1:321550/91‑1 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT < 1:1564797/91‑1 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT > 1:3510108/1‑91 ATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT < 2:5002510/91‑1 ATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT > 1:3134041/1‑91 TTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTA > 1:960733/1‑91 TT‑AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAA > 1:1051015/1‑91 GGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTA > 2:1239399/1‑91 GGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTA > 2:4618780/1‑91 GTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAA > 1:3835276/1‑91 TTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAAT > 2:4400226/1‑91 TTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTATTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAAT > 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USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |