| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 269 (0.900) | 13 (0.050) | 9/132 | NT | 5.5% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 229 (0.930) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 499 total aligned reads displayed.
GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/759936‑760116 | gATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA < 1:506110‑M1/91‑1 (MQ=255)gATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA < 2:1097363‑M1/91‑1 (MQ=255)gATAAATGGTAAAAGAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA < 2:4441792‑M1/91‑1 (MQ=255)aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaaaaataaaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 2:2581256‑M1/91‑91 (MQ=255) aaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaa < 2:2759002‑M1/2‑1 (MQ=255) aataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttcgaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaa > 1:4842816‑M1/89‑91 (MQ=255) taattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaa < 1:5194556‑M1/5‑1 (MQ=255) taattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaa > 1:3077166‑M1/87‑91 (MQ=255) aaTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAA > 1:723084‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA > 2:3884532‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA > 2:5515786‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:4098874‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:1689866‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAAAAAAAAAAAAAA < 2:4995299‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aaaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTT < 1:2138646‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTG > 2:4244712‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTAATGGAATAAGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTag > 2:3305934‑M1/1‑89 (MQ=255) aTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA < 2:1425585‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATAAATAAAAAAACTGCTTGAt < 2:2368290/91‑1 (MQ=255) aGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATa < 2:4324253/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAgg < 1:1056455/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAgg > 2:2245846/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAgg > 1:2784699/1‑91 (MQ=255) tGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGc > 1:3501336/1‑91 (MQ=255) aaaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTa > 2:72276/1‑91 (MQ=255) aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTaa > 2:1654048/1‑91 (MQ=255) aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTaa > 1:4998311/1‑91 (MQ=255) aaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 2:4559349/91‑1 (MQ=255) caattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGa > 2:1937251‑M1/68‑91 (MQ=255) gggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGaa < 1:3296084/91‑1 (MQ=255) 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aaCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCt > 1:3222242/1‑91 (MQ=255) aCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt > 1:880509/1‑91 (MQ=255) aCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt > 2:573487/1‑91 (MQ=255) aTCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtca > 2:4109479‑M2/1‑88 (MQ=255) aTCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtca > 1:186636‑M2/1‑88 (MQ=255) tCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaa < 1:2684519‑M1/91‑21 (MQ=255) tCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaa > 2:34723‑M2/1‑87 (MQ=255) tCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaa > 2:2450994‑M2/1‑87 (MQ=255) 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tAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaacta < 1:1629/91‑1 (MQ=255) aaTCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaactaa < 1:3569116/91‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACa < 1:2518725/91‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACaa > 2:4731487/1‑91 (MQ=255) cAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACaa > 1:1484483/1‑91 (MQ=255) cAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACaa > 1:2299505/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAGACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt < 1:5719772/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt > 1:3152301/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |