| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205288 | 207 (0.690) | 27 (0.100) | 10/150 | NT | 12.2% | intergenic (‑169/‑400) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1804927 | NA (NA) | intergenic (‑215/+426) | USA300TCH1516_01684/pyk | hypothetical protein/Pyruvate kinase | |||||
TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1205194‑1205288‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgcc‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < USA300TCH1516_ALE/1804927‑1804838 TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAG > 2:474110/1‑91TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAG < 1:1168008/91‑1TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAG < 2:3878854/91‑1TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAG > 1:239277/1‑91TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAG > 1:238972/1‑91 AGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGT > 2:769560/1‑91 AGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGT > 2:5188714/1‑91 AGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGT < 1:705299/91‑1 AGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGT > 1:2025676/1‑91 GACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG < 1:5409034/91‑1 GACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG < 2:2812902/91‑1 GACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG < 1:4051962/91‑1 GACGATTCATGTCTTATTGTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG < 2:2814641/91‑1 ACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGC > 1:3284678/1‑91 ACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGC < 2:2564113/91‑1 CGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC < 1:4536408/91‑1 CTTATTTTTTAAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCT > 2:1248319/1‑91 TTATTTTTTAAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTC < 1:1622714/91‑1 TTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGT < 2:5365166/91‑1 TTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTC < 2:2901598/91‑1 TTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCTCAGCCTCGGTC < 2:438688/91‑1 tttcAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 2:550213/87‑1 tttcAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 1:411788/87‑1 tttaAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 1:582790/87‑1 TTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 1:3383011/91‑1 taAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTCG < 2:4738063/89‑1 TTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCG < 1:2252923/91‑1 aAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTCGA < 1:481477/90‑1 TAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCG > 1:3347176/1‑90 TAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCG < 2:3347176/90‑1 AAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGAC < 1:58134/91‑1 AAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACT < 1:467931/91‑1 AAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACT < 2:4948660/91‑1 AGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTG < 1:5611696/91‑1 AGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTG < 1:640537/91‑1 AGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGAC > 2:11657/1‑89 AGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGAC < 1:11657/89‑1 atgTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCA < 1:1248319/88‑1 ttcAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTCGACTGGCACT < 1:787621/88‑1 tcAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTG < 1:897787/89‑1 AGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCC < 1:456501/91‑1 AAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTC < 1:1425134/91‑1 CATGTTAAGACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGAC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTC < 2:5695994/91‑1 CAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTA > 2:5015216/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 1:1565110/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:1355534/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:26499/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 1:1232615/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 1:3188521/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 2:3286926/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:4851828/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:1285839/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:1355437/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:1284640/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 2:1126372/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 2:112303/1‑91 TGCC‑GTCTCATCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAACACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACAT < 1:5840190/91‑1 TGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACAT < 1:215088/91‑1 TGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACAT < 2:5267029/91‑1 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GCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAA > 1:3551450/1‑76 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 2:1108057/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 2:686371/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC > 2:382111/1‑91 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 1:1212443/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 2:1982769/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 1:5310167/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 1:2403195/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 1:2612106/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 1:4152066/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 1:1129167/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 1:1919608/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:5581420/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:5473174/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:5372219/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:4417280/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 1:1037877/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:1686913/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:3735449/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:4170903/91‑1 TAGACGATTCATGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1205194‑1205288‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgcc‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < USA300TCH1516_ALE/1804927‑1804838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |