| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901318 | 212 (0.710) | 15 (0.060) | 8/142 | NT | 6.6% | intergenic (‑314/‑209) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901341 | 234 (0.880) | intergenic (‑337/‑186) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
ATTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1901220‑1901318‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaggtgattAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTAGTTGAATTTATTTTGTAATCAAGGGTATTGATTAAGAAGCTTTGTTTTTACGACTAA < USA300TCH1516_ALE/1901341‑1901252 ATTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTA > 2:3363391/1‑91 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 2:5755531/91‑1 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 2:3563543/91‑1 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 2:5454598/91‑1 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 2:352953/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |