| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087015 | 291 (0.970) | 20 (0.080) | 13/142 | NT | 6.8% | intergenic (‑166/‑519) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087021 | 288 (1.090) | intergenic (‑172/‑513) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein | |||||
ATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2086917‑2087015‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggtaagcaTTTCGGTGCTTACCTTTTTTTGTTTTTCTATAAATACAATAAGGTATGTCAATTTGATAATTTATTAATTTTCATTTAATAAGAAGATCT < USA300TCH1516_ALE/2087021‑2086932 ataCATAAACTATATAGAGCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATAGCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAA < 1:4912046/88‑1 TTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTCTAGAAAAACAAAAAAAG < 1:5688372/91‑1 TTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAG < 1:4924367/91‑1 TTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAG < 2:4007792/91‑1 TTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAG < 1:3462688/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |