| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 12620 | 97 (0.090) | 10 (0.010) | 5/148 | NT | 13.4% | coding (114/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0016 | IS257 transposase |
| ? | CP000731 | = 12627 | 40 (0.040) | coding (121/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0016 | IS257 transposase | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/12525‑12620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaacgtTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT < CP000731/12627‑12538 AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 2:636022/91‑1AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 1:1233526/91‑1AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 2:5622236/91‑1AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 2:2592659/91‑1AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG > 2:1462283/1‑91AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 1:5799864/91‑1AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 1:4707004/91‑1AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAACATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGG < 2:5407609/91‑1 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTGCTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 2:1928697/1‑91 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 1:856580/1‑91 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 2:4868460/1‑91 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA < 2:4333902/91‑1 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA < 2:4206201/91‑1 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 1:5263825/1‑91 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 1:3460475/1‑91 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 1:3460393/1‑91 AACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGA > 1:1582838/1‑91 ACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAA > 2:1287741/1‑91 ACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAA < 1:3689063/91‑1 ACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAA > 2:4643037/1‑91 ACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAA > 1:5147807/1‑91 ACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATGAAGGGAA > 1:4640024/1‑91 ACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATAGAGTTATCGTGATATATCTCAAACATTAAGGGAA > 2:4702834/1‑91 CAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAAC > 1:3364843/1‑91 CAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAAC > 1:3023382/1‑91 CAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAAC > 1:3475137/1‑91 CAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAAC > 2:4500712/1‑91 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGTCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATACTAAGGGAACG > 1:5829602/1‑91 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACG > 2:3241989/1‑91 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACG < 1:745490/91‑1 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACG < 2:1327834/91‑1 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACG < 1:2821430/91‑1 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACG > 2:5062536/1‑91 AATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACG > 2:1719709/1‑91 agTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCGAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT < 2:4394592/89‑1 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 2:559026/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 1:1043068/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT < 1:851684/91‑1 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 1:2405757/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 2:2878717/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 1:1339289/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT < 1:1525194/91‑1 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT < 1:1382494/91‑1 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 1:5517688/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 2:5103634/1‑91 ATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT > 2:5103560/1‑91 CAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTTACAC < 1:374890/91‑1 CAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTTACAC < 2:4158905/91‑1 AAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTTACACC < 1:737999/91‑1 AGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTTACACCA < 1:2438030/91‑1 GATGTTATCACAGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCCTGGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTTACACCACG < 2:5825920/91‑1 TCACTGTAGCCTTTGGCTACTATCTAAGAGATACATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTTACACCACGTTCCCTT < 2:306564/91‑1 TAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAA > 1:3120656/1‑91 GATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTA > 2:334973/1‑91 GAAATATTAAGGGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCAGGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACggc < 1:4478319/91‑4 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAAGAGCTACAGTGATAAC > 2:4526461/1‑91 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC > 2:4108134/1‑91 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC > 2:4109038/1‑91 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC > 2:4615926/1‑91 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:1947532/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 2:2388247/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:121791/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:563179/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:3001496/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC > 1:364803/1‑91 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:2834750/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC > 1:4928715/1‑91 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:4939863/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:536476/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 2:1938605/91‑1 GAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAAC < 1:733217/91‑1 AACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACA > 2:1484281/1‑91 AACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACA < 1:3681700/91‑1 AACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACA < 2:1301908/91‑1 AACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACA > 1:5591073/1‑91 AACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACA > 2:3125895/1‑91 ACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACAT > 1:878560/1‑91 ACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACAT > 2:5366344/1‑91 ACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACAT > 1:4495286/1‑91 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC > 2:1548858/1‑91 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC < 1:3683516/91‑1 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC > 2:5077553/1‑91 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC < 1:4871064/91‑1 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC < 2:123550/91‑1 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC > 1:5445787/1‑91 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC > 2:4581802/1‑91 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC < 1:830946/91‑1 CGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATC < 2:3371071/91‑1 GTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATGACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGT > 1:5810266/1‑81 GTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCC < 1:251771/91‑1 GTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCC < 2:572356/91‑1 GTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCC < 1:2877795/91‑1 GTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGT < 2:5810266/81‑1 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT < 2:1010411/91‑1 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT > 2:2948256/1‑91 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT > 1:1632680/1‑91 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT > 1:699183/1‑91 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT > 2:3341398/1‑91 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT > 2:3920011/1‑91 TTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT < 2:3646138/91‑1 AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/12525‑12620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaacgtTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCT < CP000731/12627‑12538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |