New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1426794 | NA (NA) | 10 (0.040) | 5/146 | NT | NA | intergenic (‑525/+447) | pstS/cvfB | Phosphate‑binding protein PstS/Conserved virulence factor B |
? | USA300TCH1516_ALE | 1443594 = | NA (NA) | intergenic (‑167/+186) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCAAAAGCTTTCTGAACCAGAAACGAAAAAAATCTATAGTCATAGAAAAA > USA300TCH1516_ALE/1426721‑1426884 | gCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTg < 1:3422881/91‑1 (MQ=31) tCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGAGTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTTGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa < 2:5441665/91‑1 (MQ=255) tCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa < 1:2969896/91‑1 (MQ=34) tCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa < 2:5568135/91‑1 (MQ=34) tCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa < 2:5519186/91‑1 (MQ=34) tCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa < 1:5779112/91‑1 (MQ=34) cTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAAt > 1:16159/1‑91 (MQ=34) gtgtTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATAc > 2:5093637/1‑91 (MQ=34) gtgtTGGGGCCCCTGTCATCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATAc > 1:4446353/1‑91 (MQ=21) tgtTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACa > 2:4173919/1‑91 (MQ=35) gtTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACAt > 1:5032139/1‑91 (MQ=37) gtTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACAt > 2:2623153/1‑91 (MQ=37) gtTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACAt > 1:4561731/1‑91 (MQ=37) tGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTa > 2:4851601/1‑91 (MQ=38) tGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTa < 2:876071/91‑1 (MQ=39) 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aCTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCaa < 1:2676124/91‑1 (MQ=255) aCTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCaa < 1:2676092/91‑1 (MQ=255) tGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCaaaa > 2:2850301/1‑91 (MQ=255) ggCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCAAAAg > 1:5096894/1‑91 (MQ=255) ggCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCAAAAg < 2:3605981/91‑1 (MQ=255) ggCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCAAAAg > 1:4166936/1‑91 (MQ=255) cACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCAAAAGCt > 2:1131669/1‑91 (MQ=255) cACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACATTAAAGCCCAAATTAATCAAAAGCt > 1:3002318/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |