| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2473265 = | 334 (1.120) | 14 (0.060) | 10/126 | NT | 5.5% | intergenic (+99/+131) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2473309 = | 218 (0.930) | intergenic (+143/+87) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein | |||||
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
TTTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/2473175‑2473355 | tttCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAata < 2:2825035/91‑1 (MQ=255)tttCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAata > 2:1576725/1‑91 (MQ=255) gataaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaat > 1:4408387‑M1/90‑91 (MQ=255) tCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAAtata < 1:2728064/91‑1 (MQ=255) ataaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaatacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaata < 1:4562044‑M1/3‑1 (MQ=255) ataaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaata > 2:4511979‑M1/89‑91 (MQ=255) taaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgtgctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaataa > 1:906169‑M1/88‑91 (MQ=255) taaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaataa > 1:982075‑M1/88‑91 (MQ=255) aaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaataaa < 2:7101‑M1/5‑1 (MQ=255) aTTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaaa > 1:5595913/1‑91 (MQ=255) aTTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaaa < 2:3242168/91‑1 (MQ=255) acatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcgaaaataaaaa < 2:4669931‑M1/7‑1 (MQ=255) acatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaataaaaa > 2:1226115‑M1/85‑91 (MQ=255) cTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAGGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAAt > 1:5820073/1‑91 (MQ=255) cTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATCTAAAAAt > 2:5576617/1‑91 (MQ=255) cTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAAt > 1:1436015/1‑91 (MQ=255) taataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATg > 2:3554613/1‑91 (MQ=255) atagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATg < 2:2304164‑M1/9‑1 (MQ=255) atagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATg < 2:4738500‑M1/9‑1 (MQ=255) tagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGc < 2:1436015‑M1/10‑1 (MQ=255) aataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGc > 2:4587805/1‑91 (MQ=255) agtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGcc > 2:5330502‑M1/81‑91 (MQ=255) taaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCg < 1:3239623/91‑1 (MQ=255) taaAGAAATGCTATAAAACAACGAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCg < 1:4123031/91‑1 (MQ=255) gtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCg > 1:3213419‑M1/80‑91 (MQ=255) gtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCg > 2:4854626‑M1/80‑91 (MQ=255) gtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCg > 2:1934241‑M1/80‑91 (MQ=255) gtttcttctattatatggaattgaaaaatgaaaaaacaaaacttgagctatgaatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCg > 1:1925858‑M1/80‑91 (MQ=255) ttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCgag < 1:293109‑M1/14‑1 (MQ=255) aaGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGcc > 2:2042201/1‑88 (MQ=255) tcttctattatattaaaatgaaaaaataaaaaacaaaacttgagcgattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCgaga > 2:5652995‑M1/77‑91 (MQ=255) tcttctattatattgaattgaaaaattaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGAt > 2:2517098‑M1/76‑91 (MQ=255) gAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGAt > 1:5487195/1‑91 (MQ=255) cttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGAt < 2:3686077‑M1/16‑1 (MQ=255) aTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTc > 1:1172986/1‑91 (MQ=255) aTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAAAGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTc > 2:3472408/1‑91 (MQ=255) gCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCca < 2:4249459/91‑1 (MQ=255) gCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCca > 2:2213281/1‑91 (MQ=255) gCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCca < 1:3127995/91‑1 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat < 2:5679664/91‑1 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat > 1:616273/1‑91 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat < 2:1602175/91‑1 (MQ=255) ataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACat < 2:785746/91‑1 (MQ=255) taAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACata < 2:1774527/91‑1 (MQ=255) gaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACAtaataa > 2:5156162‑M1/63‑91 (MQ=255) acaacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACAtaataa > 2:3720335/1‑91 (MQ=255) caacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATaataat < 1:822491/91‑1 (MQ=255) acTAGATAAAGTTAACCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtct > 1:4994620/1‑91 (MQ=255) acTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtct < 1:1367490/91‑1 (MQ=255) cTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtctc > 2:3124271/1‑91 (MQ=255) gATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGc > 1:4318718/1‑91 (MQ=255) aTAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa < 1:5772690/91‑1 (MQ=255) tAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCat < 1:3666552/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 1:1698130/91‑1 (MQ=255) 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ataGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATa > 1:3730235/1‑91 (MQ=255) taGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAg < 1:3578418/91‑1 (MQ=255) aGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATacg > 2:2610800/1‑89 (MQ=255) tACATATGTAACTGTGCTATCAATATAAAAATGCCTAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAgacc < 2:5487195/91‑4 (MQ=255) agacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTc > 1:352649‑M1/25‑91 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt > 1:953444/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt > 2:5792277/1‑91 (MQ=255) cATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTa > 1:1028802/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |