New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2473265 = | 334 (1.120) | 14 (0.060) | 10/126 | NT | 5.5% | intergenic (+99/+131) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2473309 = | 218 (0.930) | intergenic (+143/+87) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
Only 100 of 417 total aligned reads displayed.
AAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCAT > USA300TCH1516_ALE/2473219‑2473399 | aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 1:3898975/1‑91 (MQ=255) aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 2:2800605/1‑91 (MQ=255) ccAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattttt > 1:258090/1‑91 (MQ=255) ccAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTACTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattttt > 2:2883043/1‑91 (MQ=255) aaaTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGa > 2:4081569/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg > 2:2092800/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg > 1:81527/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg < 2:1456875/91‑1 (MQ=255) tGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGc < 1:4198715/91‑1 (MQ=255) ggATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCt > 1:3686077/1‑91 (MQ=255) ggATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCt > 2:44340/1‑91 (MQ=255) gatagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGTCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTa < 2:5668502/91‑1 (MQ=255) tagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATGAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaaa < 1:3720931/91‑1 (MQ=255) tagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaaa < 1:2405775/91‑1 (MQ=255) tagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaaa < 2:1635755/91‑1 (MQ=255) tagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaaa < 1:61859/91‑1 (MQ=255) aataataGTACATATGTAACGGTGCCATCAATATAAAAATGCCGAGGTTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAAtt < 2:181220/90‑1 (MQ=255) aGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATacg > 2:2610800/1‑89 (MQ=255) gTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGt > 2:3657695/1‑91 (MQ=255) tACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTc < 1:576782/91‑1 (MQ=255) tACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTc < 2:5509920/91‑1 (MQ=255) gacctatgaatttagcatcaaaaataaaaatgccgagattattatgtggaaatctcggcatttttatTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt > 1:352649‑M2/68‑91 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt > 2:5792277/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt > 1:1660304/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAACGATGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt < 2:3888686/91‑1 (MQ=255) cATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTa > 2:1997432/1‑91 (MQ=255) tatGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATg > 2:426925/1‑91 (MQ=255) tGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGaa > 2:3231152/1‑91 (MQ=255) tGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGaa < 1:1737201/91‑1 (MQ=255) tAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATa > 1:3235055/1‑91 (MQ=255) tAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATa > 1:2475673/1‑91 (MQ=255) aaCGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAg > 1:3443470/1‑91 (MQ=255) aaCGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAg > 2:2123365/1‑91 (MQ=255) aCGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGc < 1:4733695/91‑1 (MQ=255) cGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCt < 1:899098/91‑1 (MQ=255) gTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCa < 2:216064/91‑1 (MQ=255) gTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCa < 2:848244/91‑1 (MQ=255) tGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCaa > 1:5012488/1‑91 (MQ=255) tGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCaa < 2:1915947/91‑1 (MQ=255) tGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCaa < 2:369862/91‑1 (MQ=255) tGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCaa > 2:3530941/1‑91 (MQ=255) gCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAg > 1:3563499/1‑91 (MQ=255) gCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAg > 1:4579581/1‑91 (MQ=255) cTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgt < 1:3026597/91‑1 (MQ=255) tATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgtt > 2:4511584/1‑91 (MQ=255) tATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgtt < 1:4107860/91‑1 (MQ=255) aTCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttt > 2:3104158/1‑91 (MQ=255) cAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttg > 1:922035/1‑91 (MQ=255) aaTATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgt > 1:3847554/1‑91 (MQ=255) atatAAAAATGTCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtt < 2:5855467/91‑1 (MQ=255) ATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAgttttgtttt > 2:2286831‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGttttt < 1:5455162‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGtttttt > 2:5611691‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGtttttt < 1:1132390‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAt > 1:5576617‑M1/1‑91 (MQ=255) AATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTGTTGTTTTTTAAt > 2:1519624‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAtt > 2:2382921‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAtt < 1:3376655‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAttt > 2:3343099‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAtttt < 2:3052432‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAtttt > 1:2158309‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAAtttt > 1:1309418‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ttatTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTa > 1:42882‑M2/5‑91 (MQ=255) tatTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTAt < 1:5261417‑M2/88‑1 (MQ=255) atTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATc > 1:4408387‑M2/3‑91 (MQ=255) tTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCa > 2:4632612‑M2/2‑91 (MQ=255) tTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCa < 1:2712313‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCa > 1:1158947‑M2/2‑91 (MQ=255) | AAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCAT > USA300TCH1516_ALE/2473219‑2473399 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |