| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 34 = | 388 (0.370) | 25 (0.030) | 14/146 | NT | 5.1% | intergenic (–/‑198) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | 65 = | 575 (0.610) | intergenic (–/‑167) | –/repA | –/replication protein A | |||||
Only 100 of 1282 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAT > CP000731/1‑124 | tatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaa > 2:3717003‑M1/58‑91 (MQ=255) atttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaa > 2:4619042‑M1/90‑91 (MQ=255) tttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaaaa < 1:5399355‑M1/36‑1 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaaa < 1:2470458‑M1/3‑1 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcc < 1:3188316‑M1/38‑1 (MQ=255) taggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcc > 2:496419‑M1/87‑91 (MQ=255) taggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcc < 2:2554014‑M1/5‑1 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgatagagctatattttcccttttataagcttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAccc > 2:5422193‑M1/53‑91 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAccc > 1:482221‑M1/53‑91 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAccc > 1:1028201‑M1/53‑91 (MQ=255) aggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAccc < 1:1455252‑M1/6‑1 (MQ=255) aggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAccc > 2:5121351‑M1/86‑91 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc > 2:4405227‑M1/52‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaagagtttctaaacgttttattacaAAAcccc < 2:3573363‑M1/7‑1 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:5760506‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:1381414‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 1:152138‑M1/85‑91 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAact < 2:2972783‑M1/44‑1 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAact < 1:596423‑M1/44‑1 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAact < 2:303861‑M1/44‑1 (MQ=255) ggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAacta < 2:1741155‑M1/45‑1 (MQ=255) gtatataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGAGCTATAATAAACTTAATATAACAAACACCACAactac < 2:5555686‑M1/46‑1 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 2:3428293‑M1/48‑1 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 1:5648982‑M1/48‑1 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 2:4796845‑M1/48‑1 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 2:5330688‑M1/48‑1 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 2:2245537‑M1/48‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 2:781224‑M1/49‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:4494881‑M1/49‑1 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt > 1:1328498‑M1/42‑91 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa < 1:3635748‑M1/51‑1 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa > 2:3222572‑M1/41‑91 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa < 1:3018441‑M1/51‑1 (MQ=255) agatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAAt > 2:1121960‑M1/72‑91 (MQ=255) aacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAAt > 1:4359654‑M1/39‑91 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg > 1:4704085‑M1/37‑91 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg < 1:3115600‑M1/55‑1 (MQ=255) tattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCGACTACTGGTAATAGt > 2:5209609‑M1/69‑91 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGt > 2:1544650‑M1/36‑91 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGt < 1:1119356‑M1/56‑1 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGt < 1:4098174‑M1/56‑1 (MQ=255) cttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTc > 2:2106870‑M1/35‑91 (MQ=255) tgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgg < 1:5479879‑M1/59‑1 (MQ=255) tgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgg < 1:4183696‑M1/59‑1 (MQ=255) ttcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgggg > 1:5268063‑M1/64‑91 (MQ=255) ataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgggg < 1:2045644‑M1/61‑1 (MQ=255) taaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGt > 2:4147079‑M1/30‑91 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGtt > 1:2314236‑M1/29‑91 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTg < 1:3236278‑M1/65‑1 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg < 1:3993585‑M1/66‑1 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg > 1:3566787‑M1/26‑91 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGATTgg < 2:1455252‑M1/66‑1 (MQ=255) ctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGt > 1:2717796‑M1/25‑91 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat < 1:5056988‑M1/70‑1 (MQ=255) attttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaata < 1:2613981‑M1/71‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa > 1:1753431‑M1/20‑91 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa > 2:447853‑M1/20‑91 (MQ=255) cttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGtt < 2:1201970‑M1/78‑1 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATACAACGTTtag < 2:2433799‑M1/81‑2 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTtag > 1:119795‑M1/11‑90 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTtag < 1:893318‑M1/81‑2 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa < 1:4982576‑M1/82‑1 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa < 2:2863594‑M1/83‑1 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 2:2028660‑M1/9‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:515239‑M1/7‑91 (MQ=255) gtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTg > 1:3736251‑M1/5‑91 (MQ=255) tttatttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagc > 2:1640580‑M1/4‑67 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt < 2:3958139‑M1/88‑1 (MQ=255) tgtttAAAGTTCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGttt < 2:4658814/89‑1 (MQ=255) ttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttatt < 2:1845585/91‑1 (MQ=255) 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taACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta < 1:3856682/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtattat > 1:3469669/1‑91 (MQ=255) aCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtata > 1:1864891/1‑91 (MQ=255) aCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtata > 1:4609008/1‑91 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa < 1:286578/91‑1 (MQ=255) AAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAt > 2:913578‑M1/1‑91 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAT > CP000731/1‑124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |